Paul Martin
2016-04-06 2fca824e349f5fecbf71d940c4521644e92cb0dd
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
254
255
256
257
258
259
260
261
262
263
264
265
266
267
268
269
270
271
272
273
274
275
276
277
278
279
280
281
282
283
284
285
286
287
288
289
290
291
292
293
294
295
296
297
298
299
300
301
302
303
304
305
306
307
308
309
310
311
312
313
314
315
316
317
318
319
320
321
322
323
324
325
326
327
328
329
330
331
332
333
334
335
336
337
338
339
340
341
342
343
344
345
346
347
348
349
350
351
352
353
354
355
356
357
358
359
360
361
362
363
364
365
366
367
368
369
370
371
372
373
374
375
376
377
378
379
380
381
382
383
384
385
386
387
388
389
390
391
392
393
394
395
396
397
398
399
400
401
402
403
404
405
406
407
408
409
410
411
412
413
414
415
416
417
418
419
420
421
422
423
424
425
426
427
428
429
430
431
432
433
434
435
436
437
438
439
440
441
442
443
444
445
446
447
448
449
450
451
452
453
454
455
456
457
458
459
460
461
462
463
464
465
466
467
468
469
470
471
472
473
474
475
476
477
478
479
480
481
482
483
484
485
486
487
488
489
490
491
492
493
494
495
496
497
498
499
500
501
502
503
504
505
506
507
508
509
510
511
512
513
514
515
516
517
518
519
520
521
522
523
524
525
526
527
528
529
530
531
532
533
534
535
536
537
538
539
540
541
542
543
544
545
546
547
548
549
550
551
552
553
554
555
556
557
558
559
560
561
562
563
564
565
566
567
568
569
570
571
572
573
574
575
576
577
578
579
580
581
582
583
584
585
586
587
588
589
590
591
592
593
594
595
596
597
598
599
600
601
602
603
604
605
606
607
608
609
610
611
612
613
614
615
616
617
618
619
620
621
622
623
624
625
626
627
628
629
630
631
632
633
634
635
636
637
638
639
640
641
642
643
644
645
646
647
648
649
650
651
652
653
654
655
656
657
658
659
660
661
662
663
664
665
666
667
668
669
670
671
672
673
674
675
676
677
678
679
680
681
682
683
684
685
686
687
688
689
690
691
692
693
694
695
696
697
698
699
700
701
702
703
704
705
706
707
708
709
710
711
712
713
714
715
716
717
718
719
720
721
722
723
724
725
726
727
728
729
730
731
732
733
734
735
736
737
738
739
740
741
742
743
744
745
746
747
748
749
750
751
752
753
754
755
756
757
758
759
760
761
762
763
764
765
766
767
768
769
770
771
772
773
774
775
776
777
778
779
780
781
782
783
784
785
786
787
788
789
790
791
792
793
794
795
796
797
798
799
800
801
802
803
804
805
806
807
808
809
810
811
812
813
814
815
816
817
818
819
820
821
822
823
824
825
826
827
828
829
830
831
832
833
834
835
836
837
838
839
840
841
842
843
844
845
846
847
848
849
850
851
852
853
854
855
856
857
858
859
860
861
862
863
864
865
866
867
868
869
870
871
872
873
874
875
876
877
878
879
880
881
882
883
884
885
886
887
888
889
890
891
892
893
894
895
896
897
898
899
900
901
902
903
904
905
906
907
908
909
910
911
912
913
914
915
916
917
918
919
920
921
922
923
924
925
926
927
928
929
930
931
932
933
934
935
936
937
938
939
940
941
942
943
944
945
946
947
948
949
950
951
952
953
954
955
956
957
958
959
960
961
962
963
964
965
966
967
968
969
970
971
972
973
974
975
976
977
978
979
980
981
982
983
984
985
986
987
988
989
990
991
992
993
994
995
996
997
998
999
1000
1001
1002
1003
1004
1005
1006
1007
1008
1009
1010
1011
1012
1013
1014
1015
1016
1017
1018
1019
1020
1021
1022
1023
1024
1025
1026
1027
1028
1029
1030
1031
1032
1033
1034
1035
1036
1037
1038
1039
1040
1041
1042
1043
1044
1045
1046
1047
1048
1049
1050
1051
1052
1053
1054
1055
1056
1057
1058
1059
1060
1061
1062
1063
1064
1065
1066
1067
1068
1069
1070
1071
1072
1073
1074
1075
1076
1077
1078
1079
1080
1081
1082
1083
1084
1085
1086
1087
1088
1089
1090
1091
1092
1093
1094
1095
1096
1097
1098
1099
1100
1101
1102
1103
1104
1105
1106
1107
1108
1109
1110
1111
1112
1113
1114
1115
1116
1117
1118
1119
1120
1121
1122
1123
1124
1125
1126
1127
1128
1129
1130
1131
1132
1133
1134
1135
1136
1137
1138
1139
1140
1141
1142
1143
1144
1145
1146
1147
1148
1149
1150
1151
1152
1153
1154
1155
1156
1157
1158
1159
1160
1161
1162
1163
1164
1165
1166
1167
1168
1169
1170
1171
1172
1173
1174
1175
1176
1177
1178
1179
1180
1181
1182
1183
1184
1185
1186
1187
1188
1189
1190
1191
1192
1193
1194
1195
1196
1197
1198
1199
1200
1201
1202
1203
1204
1205
1206
1207
1208
1209
1210
1211
1212
1213
1214
1215
1216
1217
1218
1219
1220
1221
1222
1223
1224
1225
1226
1227
1228
1229
1230
1231
1232
1233
1234
1235
1236
1237
1238
1239
1240
1241
1242
1243
1244
1245
1246
1247
1248
1249
1250
1251
1252
1253
1254
1255
1256
1257
1258
1259
1260
1261
1262
1263
1264
1265
1266
1267
1268
1269
1270
1271
1272
1273
1274
1275
1276
1277
1278
1279
1280
1281
1282
1283
1284
1285
1286
1287
1288
1289
1290
1291
1292
1293
1294
1295
1296
1297
1298
1299
1300
1301
1302
1303
1304
1305
1306
1307
1308
1309
1310
1311
1312
1313
1314
1315
1316
1317
1318
1319
1320
1321
1322
1323
1324
1325
1326
1327
1328
1329
1330
1331
1332
1333
1334
1335
1336
1337
1338
1339
1340
1341
1342
1343
1344
1345
1346
1347
1348
1349
1350
1351
1352
1353
1354
1355
1356
1357
1358
1359
1360
1361
1362
1363
1364
1365
1366
1367
1368
1369
1370
1371
1372
1373
1374
1375
1376
1377
1378
1379
1380
1381
1382
1383
1384
1385
1386
1387
1388
1389
1390
1391
1392
1393
1394
1395
1396
1397
1398
1399
1400
1401
1402
1403
1404
1405
1406
1407
1408
1409
1410
1411
1412
1413
1414
1415
1416
1417
1418
1419
1420
1421
1422
1423
1424
1425
1426
1427
1428
1429
1430
1431
1432
1433
1434
1435
1436
1437
1438
1439
1440
1441
1442
1443
1444
1445
1446
1447
1448
1449
1450
1451
1452
1453
1454
1455
1456
1457
1458
1459
1460
1461
1462
1463
1464
1465
1466
1467
1468
1469
1470
1471
1472
1473
1474
1475
1476
1477
1478
1479
1480
1481
1482
1483
1484
1485
1486
1487
1488
1489
1490
1491
1492
1493
1494
1495
1496
1497
1498
1499
1500
1501
1502
1503
1504
1505
1506
1507
1508
1509
1510
1511
1512
1513
1514
1515
1516
1517
1518
1519
1520
1521
1522
1523
1524
1525
1526
1527
1528
1529
1530
1531
1532
1533
1534
1535
1536
1537
1538
1539
1540
1541
1542
1543
1544
1545
1546
1547
1548
1549
1550
1551
1552
1553
1554
1555
1556
1557
1558
1559
1560
1561
1562
1563
1564
1565
1566
1567
1568
1569
1570
1571
1572
1573
1574
1575
1576
1577
1578
1579
1580
1581
1582
1583
1584
1585
1586
1587
1588
1589
1590
1591
1592
1593
1594
1595
1596
1597
1598
1599
1600
1601
1602
1603
1604
1605
1606
1607
1608
1609
1610
1611
1612
1613
1614
1615
1616
1617
1618
1619
1620
1621
1622
1623
1624
1625
1626
1627
1628
1629
1630
1631
1632
1633
1634
1635
1636
1637
1638
1639
1640
1641
1642
1643
1644
1645
1646
1647
1648
1649
1650
1651
1652
1653
1654
1655
1656
1657
1658
1659
1660
1661
1662
1663
1664
1665
1666
1667
1668
1669
1670
1671
1672
1673
1674
1675
1676
1677
1678
1679
1680
1681
1682
1683
1684
1685
1686
1687
1688
1689
1690
1691
1692
1693
1694
1695
1696
1697
1698
1699
1700
1701
1702
1703
1704
1705
1706
1707
1708
1709
1710
1711
1712
1713
1714
1715
1716
1717
1718
1719
1720
1721
1722
1723
1724
1725
1726
1727
1728
1729
1730
1731
1732
1733
1734
1735
1736
1737
1738
1739
1740
1741
1742
1743
1744
1745
1746
1747
1748
1749
1750
1751
1752
1753
1754
1755
1756
1757
1758
1759
1760
1761
1762
1763
1764
1765
1766
1767
1768
1769
1770
1771
1772
1773
1774
1775
1776
1777
1778
1779
1780
1781
1782
1783
1784
1785
1786
1787
1788
1789
1790
1791
1792
1793
1794
1795
1796
1797
1798
1799
1800
1801
1802
1803
1804
1805
1806
1807
1808
1809
1810
1811
1812
1813
1814
1815
1816
1817
1818
1819
1820
1821
1822
1823
1824
1825
1826
1827
1828
1829
1830
1831
1832
1833
1834
1835
1836
1837
1838
1839
1840
1841
1842
1843
1844
1845
1846
1847
1848
1849
1850
1851
1852
1853
1854
1855
1856
1857
1858
1859
1860
1861
1862
1863
1864
1865
1866
1867
1868
1869
1870
1871
1872
1873
1874
1875
1876
1877
1878
1879
1880
1881
1882
1883
1884
1885
1886
1887
1888
1889
1890
1891
1892
1893
1894
1895
1896
1897
1898
1899
1900
1901
1902
1903
1904
1905
1906
1907
1908
1909
1910
1911
1912
1913
1914
1915
1916
1917
1918
1919
1920
1921
1922
1923
1924
1925
1926
1927
1928
1929
1930
1931
1932
1933
1934
1935
1936
1937
1938
1939
1940
1941
1942
1943
1944
1945
1946
1947
1948
1949
1950
1951
1952
1953
1954
1955
1956
1957
1958
1959
1960
1961
1962
1963
1964
1965
1966
1967
1968
1969
1970
1971
1972
1973
1974
1975
1976
1977
1978
1979
1980
1981
1982
1983
1984
1985
1986
1987
1988
1989
1990
1991
1992
1993
1994
1995
1996
1997
1998
1999
2000
2001
2002
2003
2004
2005
2006
2007
2008
2009
2010
2011
2012
2013
2014
2015
2016
2017
2018
2019
2020
2021
2022
2023
2024
2025
2026
2027
2028
2029
2030
2031
2032
2033
2034
2035
2036
2037
2038
2039
2040
2041
2042
2043
2044
2045
2046
2047
2048
2049
2050
2051
2052
2053
2054
2055
2056
2057
2058
2059
2060
2061
2062
2063
2064
2065
2066
2067
2068
2069
2070
2071
2072
2073
2074
2075
2076
2077
2078
2079
2080
2081
2082
2083
2084
2085
2086
2087
2088
2089
2090
2091
2092
2093
2094
2095
2096
2097
2098
2099
2100
2101
2102
2103
2104
2105
2106
2107
2108
2109
2110
2111
2112
2113
2114
2115
2116
2117
2118
2119
2120
2121
2122
2123
2124
2125
2126
2127
2128
2129
2130
2131
2132
2133
2134
2135
2136
2137
2138
2139
2140
2141
2142
2143
2144
2145
2146
2147
2148
2149
2150
2151
2152
2153
2154
2155
2156
2157
2158
2159
2160
2161
2162
2163
2164
2165
2166
2167
2168
2169
2170
2171
2172
2173
2174
2175
2176
2177
2178
2179
2180
2181
2182
2183
2184
2185
2186
2187
2188
2189
2190
2191
2192
2193
2194
2195
2196
2197
2198
2199
2200
2201
2202
2203
2204
2205
2206
2207
2208
2209
2210
2211
2212
2213
2214
2215
2216
2217
2218
2219
2220
2221
2222
2223
2224
2225
2226
2227
2228
2229
2230
2231
2232
2233
2234
2235
2236
2237
2238
2239
2240
2241
2242
2243
2244
2245
2246
2247
2248
2249
2250
2251
2252
2253
2254
2255
2256
2257
2258
2259
2260
2261
2262
2263
2264
2265
2266
2267
2268
2269
2270
2271
2272
2273
2274
2275
2276
2277
2278
2279
2280
2281
2282
2283
2284
2285
2286
2287
2288
2289
2290
2291
2292
2293
2294
2295
2296
2297
2298
2299
2300
2301
2302
2303
2304
2305
2306
2307
2308
2309
2310
2311
2312
2313
2314
2315
2316
2317
2318
2319
2320
2321
2322
2323
2324
2325
2326
2327
2328
2329
2330
2331
2332
2333
2334
2335
2336
2337
2338
2339
2340
2341
2342
2343
2344
2345
2346
2347
2348
2349
2350
2351
2352
2353
2354
2355
2356
2357
2358
2359
2360
2361
2362
2363
2364
2365
2366
2367
2368
2369
2370
2371
2372
2373
2374
2375
2376
2377
2378
2379
2380
2381
2382
2383
2384
2385
2386
2387
2388
2389
2390
2391
2392
2393
2394
2395
2396
2397
2398
2399
2400
2401
2402
2403
2404
2405
2406
2407
2408
2409
2410
2411
2412
2413
2414
2415
2416
2417
2418
2419
2420
2421
2422
2423
2424
2425
2426
2427
2428
2429
2430
2431
2432
2433
2434
2435
2436
2437
2438
2439
2440
2441
2442
2443
2444
2445
2446
2447
2448
2449
2450
2451
2452
2453
2454
2455
2456
2457
2458
2459
2460
2461
2462
2463
2464
2465
2466
2467
2468
2469
2470
2471
2472
2473
2474
2475
2476
2477
2478
2479
2480
2481
2482
2483
2484
2485
2486
2487
2488
2489
2490
2491
2492
2493
2494
2495
2496
2497
2498
2499
2500
2501
2502
2503
2504
2505
2506
2507
2508
2509
2510
2511
2512
2513
2514
2515
2516
2517
2518
2519
2520
2521
2522
2523
2524
2525
2526
2527
2528
2529
2530
2531
2532
2533
2534
2535
2536
2537
2538
2539
2540
2541
2542
2543
2544
2545
2546
2547
2548
2549
2550
2551
2552
2553
2554
2555
2556
2557
2558
2559
2560
2561
2562
2563
2564
2565
2566
2567
2568
2569
2570
2571
2572
2573
2574
2575
2576
2577
2578
2579
2580
2581
2582
2583
2584
2585
2586
2587
2588
2589
2590
2591
2592
2593
2594
2595
2596
2597
2598
2599
2600
2601
2602
2603
2604
2605
2606
2607
2608
2609
2610
2611
2612
2613
2614
2615
2616
2617
2618
2619
2620
2621
2622
2623
2624
2625
2626
2627
2628
2629
2630
2631
2632
2633
2634
2635
2636
2637
2638
2639
2640
2641
2642
2643
2644
2645
2646
2647
2648
2649
2650
2651
2652
2653
2654
2655
2656
2657
2658
2659
2660
2661
2662
2663
2664
2665
2666
2667
2668
2669
2670
2671
2672
2673
2674
2675
2676
2677
2678
2679
2680
2681
2682
2683
2684
2685
2686
2687
2688
2689
2690
2691
2692
2693
2694
2695
2696
2697
2698
2699
2700
2701
2702
2703
2704
2705
2706
2707
2708
2709
2710
2711
2712
2713
2714
2715
2716
2717
2718
2719
2720
2721
2722
2723
2724
2725
2726
2727
2728
2729
2730
2731
2732
2733
2734
2735
2736
2737
2738
2739
2740
2741
2742
2743
2744
/*
 * Copyright 2011 gitblit.com.
 *
 * Licensed under the Apache License, Version 2.0 (the "License");
 * you may not use this file except in compliance with the License.
 * You may obtain a copy of the License at
 *
 *     http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0
 *
 * Unless required by applicable law or agreed to in writing, software
 * distributed under the License is distributed on an "AS IS" BASIS,
 * WITHOUT WARRANTIES OR CONDITIONS OF ANY KIND, either express or implied.
 * See the License for the specific language governing permissions and
 * limitations under the License.
 */
package com.gitblit.utils;
 
import java.io.File;
import java.io.IOException;
import java.text.DecimalFormat;
import java.text.MessageFormat;
import java.util.ArrayList;
import java.util.Arrays;
import java.util.Collection;
import java.util.Collections;
import java.util.Date;
import java.util.HashMap;
import java.util.Iterator;
import java.util.List;
import java.util.Map;
import java.util.Map.Entry;
import java.util.regex.Matcher;
import java.util.regex.Pattern;
 
import org.apache.commons.io.filefilter.TrueFileFilter;
import org.eclipse.jgit.api.CloneCommand;
import org.eclipse.jgit.api.FetchCommand;
import org.eclipse.jgit.api.Git;
import org.eclipse.jgit.api.TagCommand;
import org.eclipse.jgit.api.errors.ConcurrentRefUpdateException;
import org.eclipse.jgit.api.errors.GitAPIException;
import org.eclipse.jgit.api.errors.JGitInternalException;
import org.eclipse.jgit.diff.DiffEntry;
import org.eclipse.jgit.diff.DiffEntry.ChangeType;
import org.eclipse.jgit.diff.DiffFormatter;
import org.eclipse.jgit.diff.RawTextComparator;
import org.eclipse.jgit.dircache.DirCache;
import org.eclipse.jgit.dircache.DirCacheEntry;
import org.eclipse.jgit.errors.ConfigInvalidException;
import org.eclipse.jgit.errors.IncorrectObjectTypeException;
import org.eclipse.jgit.errors.LargeObjectException;
import org.eclipse.jgit.errors.MissingObjectException;
import org.eclipse.jgit.errors.StopWalkException;
import org.eclipse.jgit.internal.JGitText;
import org.eclipse.jgit.lib.BlobBasedConfig;
import org.eclipse.jgit.lib.CommitBuilder;
import org.eclipse.jgit.lib.Constants;
import org.eclipse.jgit.lib.FileMode;
import org.eclipse.jgit.lib.ObjectId;
import org.eclipse.jgit.lib.ObjectInserter;
import org.eclipse.jgit.lib.ObjectLoader;
import org.eclipse.jgit.lib.PersonIdent;
import org.eclipse.jgit.lib.Ref;
import org.eclipse.jgit.lib.RefUpdate;
import org.eclipse.jgit.lib.RefUpdate.Result;
import org.eclipse.jgit.lib.Repository;
import org.eclipse.jgit.lib.RepositoryCache.FileKey;
import org.eclipse.jgit.lib.StoredConfig;
import org.eclipse.jgit.lib.TreeFormatter;
import org.eclipse.jgit.merge.MergeStrategy;
import org.eclipse.jgit.merge.RecursiveMerger;
import org.eclipse.jgit.merge.ThreeWayMerger;
import org.eclipse.jgit.revwalk.RevBlob;
import org.eclipse.jgit.revwalk.RevCommit;
import org.eclipse.jgit.revwalk.RevObject;
import org.eclipse.jgit.revwalk.RevSort;
import org.eclipse.jgit.revwalk.RevTree;
import org.eclipse.jgit.revwalk.RevWalk;
import org.eclipse.jgit.revwalk.filter.CommitTimeRevFilter;
import org.eclipse.jgit.revwalk.filter.RevFilter;
import org.eclipse.jgit.storage.file.FileRepositoryBuilder;
import org.eclipse.jgit.transport.CredentialsProvider;
import org.eclipse.jgit.transport.FetchResult;
import org.eclipse.jgit.transport.RefSpec;
import org.eclipse.jgit.treewalk.CanonicalTreeParser;
import org.eclipse.jgit.treewalk.TreeWalk;
import org.eclipse.jgit.treewalk.filter.AndTreeFilter;
import org.eclipse.jgit.treewalk.filter.OrTreeFilter;
import org.eclipse.jgit.treewalk.filter.PathFilter;
import org.eclipse.jgit.treewalk.filter.PathFilterGroup;
import org.eclipse.jgit.treewalk.filter.PathSuffixFilter;
import org.eclipse.jgit.treewalk.filter.TreeFilter;
import org.eclipse.jgit.util.FS;
import org.slf4j.Logger;
import org.slf4j.LoggerFactory;
 
import com.gitblit.GitBlit;
import com.gitblit.GitBlitException;
import com.gitblit.manager.GitblitManager;
import com.gitblit.models.FilestoreModel;
import com.gitblit.models.GitNote;
import com.gitblit.models.PathModel;
import com.gitblit.models.PathModel.PathChangeModel;
import com.gitblit.models.RefModel;
import com.gitblit.models.SubmoduleModel;
import com.gitblit.servlet.FilestoreServlet;
import com.google.common.base.Strings;
 
/**
 * Collection of static methods for retrieving information from a repository.
 *
 * @author James Moger
 *
 */
public class JGitUtils {
 
    static final Logger LOGGER = LoggerFactory.getLogger(JGitUtils.class);
 
    /**
     * Log an error message and exception.
     *
     * @param t
     * @param repository
     *            if repository is not null it MUST be the {0} parameter in the
     *            pattern.
     * @param pattern
     * @param objects
     */
    private static void error(Throwable t, Repository repository, String pattern, Object... objects) {
        List<Object> parameters = new ArrayList<Object>();
        if (objects != null && objects.length > 0) {
            for (Object o : objects) {
                parameters.add(o);
            }
        }
        if (repository != null) {
            parameters.add(0, repository.getDirectory().getAbsolutePath());
        }
        LOGGER.error(MessageFormat.format(pattern, parameters.toArray()), t);
    }
 
    /**
     * Returns the displayable name of the person in the form "Real Name <email
     * address>".  If the email address is empty, just "Real Name" is returned.
     *
     * @param person
     * @return "Real Name <email address>" or "Real Name"
     */
    public static String getDisplayName(PersonIdent person) {
        if (StringUtils.isEmpty(person.getEmailAddress())) {
            return person.getName();
        }
        final StringBuilder r = new StringBuilder();
        r.append(person.getName());
        r.append(" <");
        r.append(person.getEmailAddress());
        r.append('>');
        return r.toString().trim();
    }
 
    /**
     * Encapsulates the result of cloning or pulling from a repository.
     */
    public static class CloneResult {
        public String name;
        public FetchResult fetchResult;
        public boolean createdRepository;
    }
 
    /**
     * Clone or Fetch a repository. If the local repository does not exist,
     * clone is called. If the repository does exist, fetch is called. By
     * default the clone/fetch retrieves the remote heads, tags, and notes.
     *
     * @param repositoriesFolder
     * @param name
     * @param fromUrl
     * @return CloneResult
     * @throws Exception
     */
    public static CloneResult cloneRepository(File repositoriesFolder, String name, String fromUrl)
            throws Exception {
        return cloneRepository(repositoriesFolder, name, fromUrl, true, null);
    }
 
    /**
     * Clone or Fetch a repository. If the local repository does not exist,
     * clone is called. If the repository does exist, fetch is called. By
     * default the clone/fetch retrieves the remote heads, tags, and notes.
     *
     * @param repositoriesFolder
     * @param name
     * @param fromUrl
     * @param bare
     * @param credentialsProvider
     * @return CloneResult
     * @throws Exception
     */
    public static CloneResult cloneRepository(File repositoriesFolder, String name, String fromUrl,
            boolean bare, CredentialsProvider credentialsProvider) throws Exception {
        CloneResult result = new CloneResult();
        if (bare) {
            // bare repository, ensure .git suffix
            if (!name.toLowerCase().endsWith(Constants.DOT_GIT_EXT)) {
                name += Constants.DOT_GIT_EXT;
            }
        } else {
            // normal repository, strip .git suffix
            if (name.toLowerCase().endsWith(Constants.DOT_GIT_EXT)) {
                name = name.substring(0, name.indexOf(Constants.DOT_GIT_EXT));
            }
        }
        result.name = name;
 
        File folder = new File(repositoriesFolder, name);
        if (folder.exists()) {
            File gitDir = FileKey.resolve(new File(repositoriesFolder, name), FS.DETECTED);
            Repository repository = new FileRepositoryBuilder().setGitDir(gitDir).build();
            result.fetchResult = fetchRepository(credentialsProvider, repository);
            repository.close();
        } else {
            CloneCommand clone = new CloneCommand();
            clone.setBare(bare);
            clone.setCloneAllBranches(true);
            clone.setURI(fromUrl);
            clone.setDirectory(folder);
            if (credentialsProvider != null) {
                clone.setCredentialsProvider(credentialsProvider);
            }
            Repository repository = clone.call().getRepository();
 
            // Now we have to fetch because CloneCommand doesn't fetch
            // refs/notes nor does it allow manual RefSpec.
            result.createdRepository = true;
            result.fetchResult = fetchRepository(credentialsProvider, repository);
            repository.close();
        }
        return result;
    }
 
    /**
     * Fetch updates from the remote repository. If refSpecs is unspecifed,
     * remote heads, tags, and notes are retrieved.
     *
     * @param credentialsProvider
     * @param repository
     * @param refSpecs
     * @return FetchResult
     * @throws Exception
     */
    public static FetchResult fetchRepository(CredentialsProvider credentialsProvider,
            Repository repository, RefSpec... refSpecs) throws Exception {
        Git git = new Git(repository);
        FetchCommand fetch = git.fetch();
        List<RefSpec> specs = new ArrayList<RefSpec>();
        if (refSpecs == null || refSpecs.length == 0) {
            specs.add(new RefSpec("+refs/heads/*:refs/remotes/origin/*"));
            specs.add(new RefSpec("+refs/tags/*:refs/tags/*"));
            specs.add(new RefSpec("+refs/notes/*:refs/notes/*"));
        } else {
            specs.addAll(Arrays.asList(refSpecs));
        }
        if (credentialsProvider != null) {
            fetch.setCredentialsProvider(credentialsProvider);
        }
        fetch.setRefSpecs(specs);
        FetchResult fetchRes = fetch.call();
        return fetchRes;
    }
 
    /**
     * Creates a bare repository.
     *
     * @param repositoriesFolder
     * @param name
     * @return Repository
     */
    public static Repository createRepository(File repositoriesFolder, String name) {
        return createRepository(repositoriesFolder, name, "FALSE");
    }
 
    /**
     * Creates a bare, shared repository.
     *
     * @param repositoriesFolder
     * @param name
     * @param shared
     *          the setting for the --shared option of "git init".
     * @return Repository
     */
    public static Repository createRepository(File repositoriesFolder, String name, String shared) {
        try {
            Repository repo = null;
            try {
                Git git = Git.init().setDirectory(new File(repositoriesFolder, name)).setBare(true).call();
                repo = git.getRepository();
            } catch (GitAPIException e) {
                throw new RuntimeException(e);
            }
 
            GitConfigSharedRepository sharedRepository = new GitConfigSharedRepository(shared);
            if (sharedRepository.isShared()) {
                StoredConfig config = repo.getConfig();
                config.setString("core", null, "sharedRepository", sharedRepository.getValue());
                config.setBoolean("receive", null, "denyNonFastforwards", true);
                config.save();
 
                if (! JnaUtils.isWindows()) {
                    Iterator<File> iter = org.apache.commons.io.FileUtils.iterateFilesAndDirs(repo.getDirectory(),
                            TrueFileFilter.INSTANCE, TrueFileFilter.INSTANCE);
                    // Adjust permissions on file/directory
                    while (iter.hasNext()) {
                        adjustSharedPerm(iter.next(), sharedRepository);
                    }
                }
            }
 
            return repo;
        } catch (IOException e) {
            throw new RuntimeException(e);
        }
    }
 
    private enum GitConfigSharedRepositoryValue
    {
        UMASK("0", 0), FALSE("0", 0), OFF("0", 0), NO("0", 0),
        GROUP("1", 0660), TRUE("1", 0660), ON("1", 0660), YES("1", 0660),
        ALL("2", 0664), WORLD("2", 0664), EVERYBODY("2", 0664),
        Oxxx(null, -1);
 
        private String configValue;
        private int permValue;
        private GitConfigSharedRepositoryValue(String config, int perm) { configValue = config; permValue = perm; };
 
        public String getConfigValue() { return configValue; };
        public int getPerm() { return permValue; };
 
    }
 
    private static class GitConfigSharedRepository
    {
        private int intValue;
        private GitConfigSharedRepositoryValue enumValue;
 
        GitConfigSharedRepository(String s) {
            if ( s == null || s.trim().isEmpty() ) {
                enumValue = GitConfigSharedRepositoryValue.GROUP;
            }
            else {
                try {
                    // Try one of the string values
                    enumValue = GitConfigSharedRepositoryValue.valueOf(s.trim().toUpperCase());
                } catch (IllegalArgumentException  iae) {
                    try {
                        // Try if this is an octal number
                        int i = Integer.parseInt(s, 8);
                        if ( (i & 0600) != 0600 ) {
                            String msg = String.format("Problem with core.sharedRepository filemode value (0%03o).\nThe owner of files must always have read and write permissions.", i);
                            throw new IllegalArgumentException(msg);
                        }
                        intValue = i & 0666;
                        enumValue = GitConfigSharedRepositoryValue.Oxxx;
                    } catch (NumberFormatException nfe) {
                        throw new IllegalArgumentException("Bad configuration value for 'shared': '" + s + "'");
                    }
                }
            }
        }
 
        String getValue() {
            if ( enumValue == GitConfigSharedRepositoryValue.Oxxx ) {
                if (intValue == 0) return "0";
                return String.format("0%o", intValue);
            }
            return enumValue.getConfigValue();
        }
 
        int getPerm() {
            if ( enumValue == GitConfigSharedRepositoryValue.Oxxx ) return intValue;
            return enumValue.getPerm();
        }
 
        boolean isCustom() {
            return enumValue == GitConfigSharedRepositoryValue.Oxxx;
        }
 
        boolean isShared() {
            return (enumValue.getPerm() > 0) || enumValue == GitConfigSharedRepositoryValue.Oxxx;
        }
    }
 
 
    /**
     * Adjust file permissions of a file/directory for shared repositories
     *
     * @param path
     *             File that should get its permissions changed.
     * @param configShared
     *             Configuration string value for the shared mode.
     * @return Upon successful completion, a value of 0 is returned. Otherwise, a value of -1 is returned.
     */
    public static int adjustSharedPerm(File path, String configShared) {
        return adjustSharedPerm(path, new GitConfigSharedRepository(configShared));
    }
 
 
    /**
     * Adjust file permissions of a file/directory for shared repositories
     *
     * @param path
     *             File that should get its permissions changed.
     * @param configShared
     *             Configuration setting for the shared mode.
     * @return Upon successful completion, a value of 0 is returned. Otherwise, a value of -1 is returned.
     */
    public static int adjustSharedPerm(File path, GitConfigSharedRepository configShared) {
        if (! configShared.isShared()) return 0;
        if (! path.exists()) return -1;
 
        int perm = configShared.getPerm();
        JnaUtils.Filestat stat = JnaUtils.getFilestat(path);
        if (stat == null) return -1;
        int mode = stat.mode;
        if (mode < 0) return -1;
 
        // Now, here is the kicker: Under Linux, chmod'ing a sgid file whose guid is different from the process'
        // effective guid will reset the sgid flag of the file. Since there is no way to get the sgid flag back in
        // that case, we decide to rather not touch is and getting the right permissions will have to be achieved
        // in a different way, e.g. by using an appropriate umask for the Gitblit process.
        if (System.getProperty("os.name").toLowerCase().startsWith("linux")) {
            if ( ((mode & (JnaUtils.S_ISGID | JnaUtils.S_ISUID)) != 0)
                && stat.gid != JnaUtils.getegid() ) {
                LOGGER.debug("Not adjusting permissions to prevent clearing suid/sgid bits for '" + path + "'" );
                return 0;
            }
        }
 
        // If the owner has no write access, delete it from group and other, too.
        if ((mode & JnaUtils.S_IWUSR) == 0) perm &= ~0222;
        // If the owner has execute access, set it for all blocks that have read access.
        if ((mode & JnaUtils.S_IXUSR) == JnaUtils.S_IXUSR) perm |= (perm & 0444) >> 2;
 
        if (configShared.isCustom()) {
            // Use the custom value for access permissions.
            mode = (mode & ~0777) | perm;
        }
        else {
            // Just add necessary bits to existing permissions.
            mode |= perm;
        }
 
        if (path.isDirectory()) {
            mode |= (mode & 0444) >> 2;
            mode |= JnaUtils.S_ISGID;
        }
 
        return JnaUtils.setFilemode(path, mode);
    }
 
 
    /**
     * Returns a list of repository names in the specified folder.
     *
     * @param repositoriesFolder
     * @param onlyBare
     *            if true, only bare repositories repositories are listed. If
     *            false all repositories are included.
     * @param searchSubfolders
     *            recurse into subfolders to find grouped repositories
     * @param depth
     *            optional recursion depth, -1 = infinite recursion
     * @param exclusions
     *            list of regex exclusions for matching to folder names
     * @return list of repository names
     */
    public static List<String> getRepositoryList(File repositoriesFolder, boolean onlyBare,
            boolean searchSubfolders, int depth, List<String> exclusions) {
        List<String> list = new ArrayList<String>();
        if (repositoriesFolder == null || !repositoriesFolder.exists()) {
            return list;
        }
        List<Pattern> patterns = new ArrayList<Pattern>();
        if (!ArrayUtils.isEmpty(exclusions)) {
            for (String regex : exclusions) {
                patterns.add(Pattern.compile(regex));
            }
        }
        list.addAll(getRepositoryList(repositoriesFolder.getAbsolutePath(), repositoriesFolder,
                onlyBare, searchSubfolders, depth, patterns));
        StringUtils.sortRepositorynames(list);
        list.remove(".git"); // issue-256
        return list;
    }
 
    /**
     * Recursive function to find git repositories.
     *
     * @param basePath
     *            basePath is stripped from the repository name as repositories
     *            are relative to this path
     * @param searchFolder
     * @param onlyBare
     *            if true only bare repositories will be listed. if false all
     *            repositories are included.
     * @param searchSubfolders
     *            recurse into subfolders to find grouped repositories
     * @param depth
     *            recursion depth, -1 = infinite recursion
     * @param patterns
     *            list of regex patterns for matching to folder names
     * @return
     */
    private static List<String> getRepositoryList(String basePath, File searchFolder,
            boolean onlyBare, boolean searchSubfolders, int depth, List<Pattern> patterns) {
        File baseFile = new File(basePath);
        List<String> list = new ArrayList<String>();
        if (depth == 0) {
            return list;
        }
 
        int nextDepth = (depth == -1) ? -1 : depth - 1;
        for (File file : searchFolder.listFiles()) {
            if (file.isDirectory()) {
                boolean exclude = false;
                for (Pattern pattern : patterns) {
                    String path = FileUtils.getRelativePath(baseFile, file).replace('\\',  '/');
                    if (pattern.matcher(path).matches()) {
                        LOGGER.debug(MessageFormat.format("excluding {0} because of rule {1}", path, pattern.pattern()));
                        exclude = true;
                        break;
                    }
                }
                if (exclude) {
                    // skip to next file
                    continue;
                }
 
                File gitDir = FileKey.resolve(new File(searchFolder, file.getName()), FS.DETECTED);
                if (gitDir != null) {
                    if (onlyBare && gitDir.getName().equals(".git")) {
                        continue;
                    }
                    if (gitDir.equals(file) || gitDir.getParentFile().equals(file)) {
                        // determine repository name relative to base path
                        String repository = FileUtils.getRelativePath(baseFile, file);
                        list.add(repository);
                    } else if (searchSubfolders && file.canRead()) {
                        // look for repositories in subfolders
                        list.addAll(getRepositoryList(basePath, file, onlyBare, searchSubfolders,
                                nextDepth, patterns));
                    }
                } else if (searchSubfolders && file.canRead()) {
                    // look for repositories in subfolders
                    list.addAll(getRepositoryList(basePath, file, onlyBare, searchSubfolders,
                            nextDepth, patterns));
                }
            }
        }
        return list;
    }
 
    /**
     * Returns the first commit on a branch. If the repository does not exist or
     * is empty, null is returned.
     *
     * @param repository
     * @param branch
     *            if unspecified, HEAD is assumed.
     * @return RevCommit
     */
    public static RevCommit getFirstCommit(Repository repository, String branch) {
        if (!hasCommits(repository)) {
            return null;
        }
        RevCommit commit = null;
        try {
            // resolve branch
            ObjectId branchObject;
            if (StringUtils.isEmpty(branch)) {
                branchObject = getDefaultBranch(repository);
            } else {
                branchObject = repository.resolve(branch);
            }
 
            RevWalk walk = new RevWalk(repository);
            walk.sort(RevSort.REVERSE);
            RevCommit head = walk.parseCommit(branchObject);
            walk.markStart(head);
            commit = walk.next();
            walk.dispose();
        } catch (Throwable t) {
            error(t, repository, "{0} failed to determine first commit");
        }
        return commit;
    }
 
    /**
     * Returns the date of the first commit on a branch. If the repository does
     * not exist, Date(0) is returned. If the repository does exist bit is
     * empty, the last modified date of the repository folder is returned.
     *
     * @param repository
     * @param branch
     *            if unspecified, HEAD is assumed.
     * @return Date of the first commit on a branch
     */
    public static Date getFirstChange(Repository repository, String branch) {
        RevCommit commit = getFirstCommit(repository, branch);
        if (commit == null) {
            if (repository == null || !repository.getDirectory().exists()) {
                return new Date(0);
            }
            // fresh repository
            return new Date(repository.getDirectory().lastModified());
        }
        return getCommitDate(commit);
    }
 
    /**
     * Determine if a repository has any commits. This is determined by checking
     * the for loose and packed objects.
     *
     * @param repository
     * @return true if the repository has commits
     */
    public static boolean hasCommits(Repository repository) {
        if (repository != null && repository.getDirectory().exists()) {
            return (new File(repository.getDirectory(), "objects").list().length > 2)
                    || (new File(repository.getDirectory(), "objects/pack").list().length > 0);
        }
        return false;
    }
 
    /**
     * Encapsulates the result of cloning or pulling from a repository.
     */
    public static class LastChange {
        public Date when;
        public String who;
 
        LastChange() {
            when = new Date(0);
        }
 
        LastChange(long lastModified) {
            this.when = new Date(lastModified);
        }
    }
 
    /**
     * Returns the date and author of the most recent commit on a branch. If the
     * repository does not exist Date(0) is returned. If it does exist but is
     * empty, the last modified date of the repository folder is returned.
     *
     * @param repository
     * @return a LastChange object
     */
    public static LastChange getLastChange(Repository repository) {
        if (!hasCommits(repository)) {
            // null repository
            if (repository == null) {
                return new LastChange();
            }
            // fresh repository
            return new LastChange(repository.getDirectory().lastModified());
        }
 
        List<RefModel> branchModels = getLocalBranches(repository, true, -1);
        if (branchModels.size() > 0) {
            // find most recent branch update
            LastChange lastChange = new LastChange();
            for (RefModel branchModel : branchModels) {
                if (branchModel.getDate().after(lastChange.when)) {
                    lastChange.when = branchModel.getDate();
                    lastChange.who = branchModel.getAuthorIdent().getName();
                }
            }
            return lastChange;
        }
 
        // default to the repository folder modification date
        return new LastChange(repository.getDirectory().lastModified());
    }
 
    /**
     * Retrieves a Java Date from a Git commit.
     *
     * @param commit
     * @return date of the commit or Date(0) if the commit is null
     */
    public static Date getCommitDate(RevCommit commit) {
        if (commit == null) {
            return new Date(0);
        }
        return new Date(commit.getCommitTime() * 1000L);
    }
 
    /**
     * Retrieves a Java Date from a Git commit.
     *
     * @param commit
     * @return date of the commit or Date(0) if the commit is null
     */
    public static Date getAuthorDate(RevCommit commit) {
        if (commit == null) {
            return new Date(0);
        }
        if (commit.getAuthorIdent() != null) {
            return commit.getAuthorIdent().getWhen();
        }
        return getCommitDate(commit);
    }
 
    /**
     * Returns the specified commit from the repository. If the repository does
     * not exist or is empty, null is returned.
     *
     * @param repository
     * @param objectId
     *            if unspecified, HEAD is assumed.
     * @return RevCommit
     */
    public static RevCommit getCommit(Repository repository, String objectId) {
        if (!hasCommits(repository)) {
            return null;
        }
        RevCommit commit = null;
        RevWalk walk = null;
        try {
            // resolve object id
            ObjectId branchObject;
            if (StringUtils.isEmpty(objectId) || "HEAD".equalsIgnoreCase(objectId)) {
                branchObject = getDefaultBranch(repository);
            } else {
                branchObject = repository.resolve(objectId);
            }
            if (branchObject == null) {
                return null;
            }
            walk = new RevWalk(repository);
            RevCommit rev = walk.parseCommit(branchObject);
            commit = rev;
        } catch (Throwable t) {
            error(t, repository, "{0} failed to get commit {1}", objectId);
        } finally {
            if (walk != null) {
                walk.dispose();
            }
        }
        return commit;
    }
 
    /**
     * Retrieves the raw byte content of a file in the specified tree.
     *
     * @param repository
     * @param tree
     *            if null, the RevTree from HEAD is assumed.
     * @param path
     * @return content as a byte []
     */
    public static byte[] getByteContent(Repository repository, RevTree tree, final String path, boolean throwError) {
        RevWalk rw = new RevWalk(repository);
        TreeWalk tw = new TreeWalk(repository);
        tw.setFilter(PathFilterGroup.createFromStrings(Collections.singleton(path)));
        byte[] content = null;
        try {
            if (tree == null) {
                ObjectId object = getDefaultBranch(repository);
                if (object == null)
                    return null;
                RevCommit commit = rw.parseCommit(object);
                tree = commit.getTree();
            }
            tw.reset(tree);
            while (tw.next()) {
                if (tw.isSubtree() && !path.equals(tw.getPathString())) {
                    tw.enterSubtree();
                    continue;
                }
                ObjectId entid = tw.getObjectId(0);
                FileMode entmode = tw.getFileMode(0);
                if (entmode != FileMode.GITLINK) {
                    ObjectLoader ldr = repository.open(entid, Constants.OBJ_BLOB);
                    content = ldr.getCachedBytes();
                }
            }
        } catch (Throwable t) {
            if (throwError) {
                error(t, repository, "{0} can't find {1} in tree {2}", path, tree.name());
            }
        } finally {
            rw.dispose();
            tw.close();
        }
        return content;
    }
 
    /**
     * Returns the UTF-8 string content of a file in the specified tree.
     *
     * @param repository
     * @param tree
     *            if null, the RevTree from HEAD is assumed.
     * @param blobPath
     * @param charsets optional
     * @return UTF-8 string content
     */
    public static String getStringContent(Repository repository, RevTree tree, String blobPath, String... charsets) {
        byte[] content = getByteContent(repository, tree, blobPath, true);
        if (content == null) {
            return null;
        }
        return StringUtils.decodeString(content, charsets);
    }
 
    /**
     * Gets the raw byte content of the specified blob object.
     *
     * @param repository
     * @param objectId
     * @return byte [] blob content
     */
    public static byte[] getByteContent(Repository repository, String objectId) {
        RevWalk rw = new RevWalk(repository);
        byte[] content = null;
        try {
            RevBlob blob = rw.lookupBlob(ObjectId.fromString(objectId));
            ObjectLoader ldr = repository.open(blob.getId(), Constants.OBJ_BLOB);
            content = ldr.getCachedBytes();
        } catch (Throwable t) {
            error(t, repository, "{0} can't find blob {1}", objectId);
        } finally {
            rw.dispose();
        }
        return content;
    }
 
    /**
     * Gets the UTF-8 string content of the blob specified by objectId.
     *
     * @param repository
     * @param objectId
     * @param charsets optional
     * @return UTF-8 string content
     */
    public static String getStringContent(Repository repository, String objectId, String... charsets) {
        byte[] content = getByteContent(repository, objectId);
        if (content == null) {
            return null;
        }
        return StringUtils.decodeString(content, charsets);
    }
 
    /**
     * Returns the list of files in the specified folder at the specified
     * commit. If the repository does not exist or is empty, an empty list is
     * returned.
     *
     * @param repository
     * @param path
     *            if unspecified, root folder is assumed.
     * @param commit
     *            if null, HEAD is assumed.
     * @return list of files in specified path
     */
    public static List<PathModel> getFilesInPath(Repository repository, String path,
            RevCommit commit) {
        List<PathModel> list = new ArrayList<PathModel>();
        if (!hasCommits(repository)) {
            return list;
        }
        if (commit == null) {
            commit = getCommit(repository, null);
        }
        final TreeWalk tw = new TreeWalk(repository);
        try {
            tw.addTree(commit.getTree());
            if (!StringUtils.isEmpty(path)) {
                PathFilter f = PathFilter.create(path);
                tw.setFilter(f);
                tw.setRecursive(false);
                boolean foundFolder = false;
                while (tw.next()) {
                    if (!foundFolder && tw.isSubtree()) {
                        tw.enterSubtree();
                    }
                    if (tw.getPathString().equals(path)) {
                        foundFolder = true;
                        continue;
                    }
                    if (foundFolder) {
                        list.add(getPathModel(tw, path, commit));
                    }
                }
            } else {
                tw.setRecursive(false);
                while (tw.next()) {
                    list.add(getPathModel(tw, null, commit));
                }
            }
        } catch (IOException e) {
            error(e, repository, "{0} failed to get files for commit {1}", commit.getName());
        } finally {
            tw.close();
        }
        Collections.sort(list);
        return list;
    }
 
    /**
     * Returns the list of files in the specified folder at the specified
     * commit. If the repository does not exist or is empty, an empty list is
     * returned.
     *
     * This is modified version that implements path compression feature.
     *
     * @param repository
     * @param path
     *            if unspecified, root folder is assumed.
     * @param commit
     *            if null, HEAD is assumed.
     * @return list of files in specified path
     */
    public static List<PathModel> getFilesInPath2(Repository repository, String path, RevCommit commit) {
 
        List<PathModel> list = new ArrayList<PathModel>();
        if (!hasCommits(repository)) {
            return list;
        }
        if (commit == null) {
            commit = getCommit(repository, null);
        }
        final TreeWalk tw = new TreeWalk(repository);
        try {
 
            tw.addTree(commit.getTree());
            final boolean isPathEmpty = Strings.isNullOrEmpty(path);
 
            if (!isPathEmpty) {
                PathFilter f = PathFilter.create(path);
                tw.setFilter(f);
            }
 
            tw.setRecursive(true);
            List<String> paths = new ArrayList<>();
 
            while (tw.next()) {
                    String child = isPathEmpty ? tw.getPathString()
                            : tw.getPathString().replaceFirst(String.format("%s/", path), "");
                    paths.add(child);
            }
 
            for(String p: PathUtils.compressPaths(paths)) {
                String pathString = isPathEmpty ? p : String.format("%s/%s", path, p);
                list.add(getPathModel(repository, pathString, path, commit));
            }
 
        } catch (IOException e) {
            error(e, repository, "{0} failed to get files for commit {1}", commit.getName());
        } finally {
            tw.close();
        }
        Collections.sort(list);
        return list;
    }
 
    /**
     * Returns the list of files changed in a specified commit. If the
     * repository does not exist or is empty, an empty list is returned.
     *
     * @param repository
     * @param commit
     *            if null, HEAD is assumed.
     * @return list of files changed in a commit
     */
    public static List<PathChangeModel> getFilesInCommit(Repository repository, RevCommit commit) {
        return getFilesInCommit(repository, commit, true);
    }
 
    /**
     * Returns the list of files changed in a specified commit. If the
     * repository does not exist or is empty, an empty list is returned.
     *
     * @param repository
     * @param commit
     *            if null, HEAD is assumed.
     * @param calculateDiffStat
     *            if true, each PathChangeModel will have insertions/deletions
     * @return list of files changed in a commit
     */
    public static List<PathChangeModel> getFilesInCommit(Repository repository, RevCommit commit, boolean calculateDiffStat) {
        List<PathChangeModel> list = new ArrayList<PathChangeModel>();
        if (!hasCommits(repository)) {
            return list;
        }
        RevWalk rw = new RevWalk(repository);
        try {
            if (commit == null) {
                ObjectId object = getDefaultBranch(repository);
                commit = rw.parseCommit(object);
            }
 
            if (commit.getParentCount() == 0) {
                TreeWalk tw = new TreeWalk(repository);
                tw.reset();
                tw.setRecursive(true);
                tw.addTree(commit.getTree());
                while (tw.next()) {
                    long size = 0;
                    FilestoreModel filestoreItem = null;
                    ObjectId objectId = tw.getObjectId(0);
                    
                    try {
                        if (!tw.isSubtree() && (tw.getFileMode(0) != FileMode.GITLINK)) {
 
                            size = tw.getObjectReader().getObjectSize(objectId, Constants.OBJ_BLOB);
 
                            if (isPossibleFilestoreItem(size)) {
                                filestoreItem = getFilestoreItem(tw.getObjectReader().open(objectId));
                            }
                        }
                    } catch (Throwable t) {
                        error(t, null, "failed to retrieve blob size for " + tw.getPathString());
                    }
                    
                    list.add(new PathChangeModel(tw.getPathString(), tw.getPathString(),filestoreItem, size, tw
                            .getRawMode(0), objectId.getName(), commit.getId().getName(),
                            ChangeType.ADD));
                }
                tw.close();
            } else {
                RevCommit parent = rw.parseCommit(commit.getParent(0).getId());
                DiffStatFormatter df = new DiffStatFormatter(commit.getName(), repository);
                df.setRepository(repository);
                df.setDiffComparator(RawTextComparator.DEFAULT);
                df.setDetectRenames(true);
                List<DiffEntry> diffs = df.scan(parent.getTree(), commit.getTree());
                for (DiffEntry diff : diffs) {
                    // create the path change model
                    PathChangeModel pcm = PathChangeModel.from(diff, commit.getName(), repository);
                        
                        if (calculateDiffStat) {
                        // update file diffstats
                        df.format(diff);
                        PathChangeModel pathStat = df.getDiffStat().getPath(pcm.path);
                        if (pathStat != null) {
                            pcm.insertions = pathStat.insertions;
                            pcm.deletions = pathStat.deletions;
                        }
                    }
                    list.add(pcm);
                }
            }
        } catch (Throwable t) {
            error(t, repository, "{0} failed to determine files in commit!");
        } finally {
            rw.dispose();
        }
        return list;
    }
 
    /**
     * Returns the list of files changed in a specified commit. If the
     * repository does not exist or is empty, an empty list is returned.
     *
     * @param repository
     * @param startCommit
     *            earliest commit
     * @param endCommit
     *            most recent commit. if null, HEAD is assumed.
     * @return list of files changed in a commit range
     */
    public static List<PathChangeModel> getFilesInRange(Repository repository, String startCommit, String endCommit) {
        List<PathChangeModel> list = new ArrayList<PathChangeModel>();
        if (!hasCommits(repository)) {
            return list;
        }
        try {
            ObjectId startRange = repository.resolve(startCommit);
            ObjectId endRange = repository.resolve(endCommit);
            RevWalk rw = new RevWalk(repository);
            RevCommit start = rw.parseCommit(startRange);
            RevCommit end = rw.parseCommit(endRange);
            list.addAll(getFilesInRange(repository, start, end));
            rw.close();
        } catch (Throwable t) {
            error(t, repository, "{0} failed to determine files in range {1}..{2}!", startCommit, endCommit);
        }
        return list;
    }
 
    /**
     * Returns the list of files changed in a specified commit. If the
     * repository does not exist or is empty, an empty list is returned.
     *
     * @param repository
     * @param startCommit
     *            earliest commit
     * @param endCommit
     *            most recent commit. if null, HEAD is assumed.
     * @return list of files changed in a commit range
     */
    public static List<PathChangeModel> getFilesInRange(Repository repository, RevCommit startCommit, RevCommit endCommit) {
        List<PathChangeModel> list = new ArrayList<PathChangeModel>();
        if (!hasCommits(repository)) {
            return list;
        }
        try {
            DiffFormatter df = new DiffFormatter(null);
            df.setRepository(repository);
            df.setDiffComparator(RawTextComparator.DEFAULT);
            df.setDetectRenames(true);
 
            List<DiffEntry> diffEntries = df.scan(startCommit.getTree(), endCommit.getTree());
            for (DiffEntry diff : diffEntries) {
                PathChangeModel pcm = PathChangeModel.from(diff,  endCommit.getName(), repository);
                list.add(pcm);
            }
            Collections.sort(list);
        } catch (Throwable t) {
            error(t, repository, "{0} failed to determine files in range {1}..{2}!", startCommit, endCommit);
        }
        return list;
    }
    /**
     * Returns the list of files in the repository on the default branch that
     * match one of the specified extensions. This is a CASE-SENSITIVE search.
     * If the repository does not exist or is empty, an empty list is returned.
     *
     * @param repository
     * @param extensions
     * @return list of files in repository with a matching extension
     */
    public static List<PathModel> getDocuments(Repository repository, List<String> extensions) {
        return getDocuments(repository, extensions, null);
    }
 
    /**
     * Returns the list of files in the repository in the specified commit that
     * match one of the specified extensions. This is a CASE-SENSITIVE search.
     * If the repository does not exist or is empty, an empty list is returned.
     *
     * @param repository
     * @param extensions
     * @param objectId
     * @return list of files in repository with a matching extension
     */
    public static List<PathModel> getDocuments(Repository repository, List<String> extensions,
            String objectId) {
        List<PathModel> list = new ArrayList<PathModel>();
        if (!hasCommits(repository)) {
            return list;
        }
        RevCommit commit = getCommit(repository, objectId);
        final TreeWalk tw = new TreeWalk(repository);
        try {
            tw.addTree(commit.getTree());
            if (extensions != null && extensions.size() > 0) {
                List<TreeFilter> suffixFilters = new ArrayList<TreeFilter>();
                for (String extension : extensions) {
                    if (extension.charAt(0) == '.') {
                        suffixFilters.add(PathSuffixFilter.create(extension));
                    } else {
                        // escape the . since this is a regexp filter
                        suffixFilters.add(PathSuffixFilter.create("." + extension));
                    }
                }
                TreeFilter filter;
                if (suffixFilters.size() == 1) {
                    filter = suffixFilters.get(0);
                } else {
                    filter = OrTreeFilter.create(suffixFilters);
                }
                tw.setFilter(filter);
                tw.setRecursive(true);
            }
            while (tw.next()) {
                list.add(getPathModel(tw, null, commit));
            }
        } catch (IOException e) {
            error(e, repository, "{0} failed to get documents for commit {1}", commit.getName());
        } finally {
            tw.close();
        }
        Collections.sort(list);
        return list;
    }
 
    /**
     * Returns a path model of the current file in the treewalk.
     *
     * @param tw
     * @param basePath
     * @param commit
     * @return a path model of the current file in the treewalk
     */
    private static PathModel getPathModel(TreeWalk tw, String basePath, RevCommit commit) {
        String name;
        long size = 0;
        
        if (StringUtils.isEmpty(basePath)) {
            name = tw.getPathString();
        } else {
            name = tw.getPathString().substring(basePath.length() + 1);
        }
        ObjectId objectId = tw.getObjectId(0);
        FilestoreModel filestoreItem = null;
        
        try {
            if (!tw.isSubtree() && (tw.getFileMode(0) != FileMode.GITLINK)) {
 
                size = tw.getObjectReader().getObjectSize(objectId, Constants.OBJ_BLOB);
 
                if (isPossibleFilestoreItem(size)) {
                    filestoreItem = getFilestoreItem(tw.getObjectReader().open(objectId));
                }
            }
        } catch (Throwable t) {
            error(t, null, "failed to retrieve blob size for " + tw.getPathString());
        }
        return new PathModel(name, tw.getPathString(), filestoreItem, size, tw.getFileMode(0).getBits(),
                objectId.getName(), commit.getName());
    }
    
    public static boolean isPossibleFilestoreItem(long size) {
        return (   (size >= com.gitblit.Constants.LEN_FILESTORE_META_MIN) 
                && (size <= com.gitblit.Constants.LEN_FILESTORE_META_MAX));
    }
    
    /**
     * 
     * @return Representative FilestoreModel if valid, otherwise null
     */
    public static FilestoreModel getFilestoreItem(ObjectLoader obj){
        try {
            final byte[] blob = obj.getCachedBytes(com.gitblit.Constants.LEN_FILESTORE_META_MAX);
            final String meta = new String(blob, "UTF-8");
        
            return FilestoreModel.fromMetaString(meta);
 
        } catch (LargeObjectException e) {
            //Intentionally failing silent
        } catch (Exception e) {
            error(e, null, "failed to retrieve filestoreItem " + obj.toString());
        }
        
        return null;
    }
 
    /**
     * Returns a path model by path string
     *
     * @param repo
     * @param path
     * @param filter
     * @param commit
     * @return a path model of the specified object
     */
    private static PathModel getPathModel(Repository repo, String path, String filter, RevCommit commit)
            throws IOException {
 
        long size = 0;
        FilestoreModel filestoreItem = null;
        TreeWalk tw = TreeWalk.forPath(repo, path, commit.getTree());
        String pathString = path;
 
        if (!tw.isSubtree() && (tw.getFileMode(0) != FileMode.GITLINK)) {
 
            pathString = PathUtils.getLastPathComponent(pathString);
            
            size = tw.getObjectReader().getObjectSize(tw.getObjectId(0), Constants.OBJ_BLOB);
            
            if (isPossibleFilestoreItem(size)) {
                filestoreItem = getFilestoreItem(tw.getObjectReader().open(tw.getObjectId(0)));
            }
        } else if (tw.isSubtree()) {
 
            // do not display dirs that are behind in the path
            if (!Strings.isNullOrEmpty(filter)) {
                pathString = path.replaceFirst(filter + "/", "");
            }
 
            // remove the last slash from path in displayed link
            if (pathString != null && pathString.charAt(pathString.length()-1) == '/') {
                pathString = pathString.substring(0, pathString.length()-1);
            }
        }
 
        return new PathModel(pathString, tw.getPathString(), filestoreItem, size, tw.getFileMode(0).getBits(),
                tw.getObjectId(0).getName(), commit.getName());
 
    }
 
 
    /**
     * Returns a permissions representation of the mode bits.
     *
     * @param mode
     * @return string representation of the mode bits
     */
    public static String getPermissionsFromMode(int mode) {
        if (FileMode.TREE.equals(mode)) {
            return "drwxr-xr-x";
        } else if (FileMode.REGULAR_FILE.equals(mode)) {
            return "-rw-r--r--";
        } else if (FileMode.EXECUTABLE_FILE.equals(mode)) {
            return "-rwxr-xr-x";
        } else if (FileMode.SYMLINK.equals(mode)) {
            return "symlink";
        } else if (FileMode.GITLINK.equals(mode)) {
            return "submodule";
        }
        return "missing";
    }
 
    /**
     * Returns a list of commits since the minimum date starting from the
     * specified object id.
     *
     * @param repository
     * @param objectId
     *            if unspecified, HEAD is assumed.
     * @param minimumDate
     * @return list of commits
     */
    public static List<RevCommit> getRevLog(Repository repository, String objectId, Date minimumDate) {
        List<RevCommit> list = new ArrayList<RevCommit>();
        if (!hasCommits(repository)) {
            return list;
        }
        try {
            // resolve branch
            ObjectId branchObject;
            if (StringUtils.isEmpty(objectId)) {
                branchObject = getDefaultBranch(repository);
            } else {
                branchObject = repository.resolve(objectId);
            }
 
            RevWalk rw = new RevWalk(repository);
            rw.markStart(rw.parseCommit(branchObject));
            rw.setRevFilter(CommitTimeRevFilter.after(minimumDate));
            Iterable<RevCommit> revlog = rw;
            for (RevCommit rev : revlog) {
                list.add(rev);
            }
            rw.dispose();
        } catch (Throwable t) {
            error(t, repository, "{0} failed to get {1} revlog for minimum date {2}", objectId,
                    minimumDate);
        }
        return list;
    }
 
    /**
     * Returns a list of commits starting from HEAD and working backwards.
     *
     * @param repository
     * @param maxCount
     *            if < 0, all commits for the repository are returned.
     * @return list of commits
     */
    public static List<RevCommit> getRevLog(Repository repository, int maxCount) {
        return getRevLog(repository, null, 0, maxCount);
    }
 
    /**
     * Returns a list of commits starting from the specified objectId using an
     * offset and maxCount for paging. This is similar to LIMIT n OFFSET p in
     * SQL. If the repository does not exist or is empty, an empty list is
     * returned.
     *
     * @param repository
     * @param objectId
     *            if unspecified, HEAD is assumed.
     * @param offset
     * @param maxCount
     *            if < 0, all commits are returned.
     * @return a paged list of commits
     */
    public static List<RevCommit> getRevLog(Repository repository, String objectId, int offset,
            int maxCount) {
        return getRevLog(repository, objectId, null, offset, maxCount);
    }
 
    /**
     * Returns a list of commits for the repository or a path within the
     * repository. Caller may specify ending revision with objectId. Caller may
     * specify offset and maxCount to achieve pagination of results. If the
     * repository does not exist or is empty, an empty list is returned.
     *
     * @param repository
     * @param objectId
     *            if unspecified, HEAD is assumed.
     * @param path
     *            if unspecified, commits for repository are returned. If
     *            specified, commits for the path are returned.
     * @param offset
     * @param maxCount
     *            if < 0, all commits are returned.
     * @return a paged list of commits
     */
    public static List<RevCommit> getRevLog(Repository repository, String objectId, String path,
            int offset, int maxCount) {
        List<RevCommit> list = new ArrayList<RevCommit>();
        if (maxCount == 0) {
            return list;
        }
        if (!hasCommits(repository)) {
            return list;
        }
        try {
            // resolve branch
            ObjectId startRange = null;
            ObjectId endRange;
            if (StringUtils.isEmpty(objectId)) {
                endRange = getDefaultBranch(repository);
            } else {
                if( objectId.contains("..") ) {
                    // range expression
                    String[] parts = objectId.split("\\.\\.");
                    startRange = repository.resolve(parts[0]);
                    endRange = repository.resolve(parts[1]);
                } else {
                    // objectid
                    endRange= repository.resolve(objectId);
                }
            }
            if (endRange == null) {
                return list;
            }
 
            RevWalk rw = new RevWalk(repository);
            rw.markStart(rw.parseCommit(endRange));
            if (startRange != null) {
                rw.markUninteresting(rw.parseCommit(startRange));
            }
            if (!StringUtils.isEmpty(path)) {
                TreeFilter filter = AndTreeFilter.create(
                        PathFilterGroup.createFromStrings(Collections.singleton(path)),
                        TreeFilter.ANY_DIFF);
                rw.setTreeFilter(filter);
            }
            Iterable<RevCommit> revlog = rw;
            if (offset > 0) {
                int count = 0;
                for (RevCommit rev : revlog) {
                    count++;
                    if (count > offset) {
                        list.add(rev);
                        if (maxCount > 0 && list.size() == maxCount) {
                            break;
                        }
                    }
                }
            } else {
                for (RevCommit rev : revlog) {
                    list.add(rev);
                    if (maxCount > 0 && list.size() == maxCount) {
                        break;
                    }
                }
            }
            rw.dispose();
        } catch (Throwable t) {
            error(t, repository, "{0} failed to get {1} revlog for path {2}", objectId, path);
        }
        return list;
    }
 
    /**
     * Returns a list of commits for the repository within the range specified
     * by startRangeId and endRangeId. If the repository does not exist or is
     * empty, an empty list is returned.
     *
     * @param repository
     * @param startRangeId
     *            the first commit (not included in results)
     * @param endRangeId
     *            the end commit (included in results)
     * @return a list of commits
     */
    public static List<RevCommit> getRevLog(Repository repository, String startRangeId,
            String endRangeId) {
        List<RevCommit> list = new ArrayList<RevCommit>();
        if (!hasCommits(repository)) {
            return list;
        }
        try {
            ObjectId endRange = repository.resolve(endRangeId);
            ObjectId startRange = repository.resolve(startRangeId);
 
            RevWalk rw = new RevWalk(repository);
            rw.markStart(rw.parseCommit(endRange));
            if (startRange.equals(ObjectId.zeroId())) {
                // maybe this is a tag or an orphan branch
                list.add(rw.parseCommit(endRange));
                rw.dispose();
                return list;
            } else {
                rw.markUninteresting(rw.parseCommit(startRange));
            }
 
            Iterable<RevCommit> revlog = rw;
            for (RevCommit rev : revlog) {
                list.add(rev);
            }
            rw.dispose();
        } catch (Throwable t) {
            error(t, repository, "{0} failed to get revlog for {1}..{2}", startRangeId, endRangeId);
        }
        return list;
    }
 
    /**
     * Search the commit history for a case-insensitive match to the value.
     * Search results require a specified SearchType of AUTHOR, COMMITTER, or
     * COMMIT. Results may be paginated using offset and maxCount. If the
     * repository does not exist or is empty, an empty list is returned.
     *
     * @param repository
     * @param objectId
     *            if unspecified, HEAD is assumed.
     * @param value
     * @param type
     *            AUTHOR, COMMITTER, COMMIT
     * @param offset
     * @param maxCount
     *            if < 0, all matches are returned
     * @return matching list of commits
     */
    public static List<RevCommit> searchRevlogs(Repository repository, String objectId,
            String value, final com.gitblit.Constants.SearchType type, int offset, int maxCount) {
        List<RevCommit> list = new ArrayList<RevCommit>();
        if (StringUtils.isEmpty(value)) {
            return list;
        }
        if (maxCount == 0) {
            return list;
        }
        if (!hasCommits(repository)) {
            return list;
        }
        final String lcValue = value.toLowerCase();
        try {
            // resolve branch
            ObjectId branchObject;
            if (StringUtils.isEmpty(objectId)) {
                branchObject = getDefaultBranch(repository);
            } else {
                branchObject = repository.resolve(objectId);
            }
 
            RevWalk rw = new RevWalk(repository);
            rw.setRevFilter(new RevFilter() {
 
                @Override
                public RevFilter clone() {
                    // FindBugs complains about this method name.
                    // This is part of JGit design and unrelated to Cloneable.
                    return this;
                }
 
                @Override
                public boolean include(RevWalk walker, RevCommit commit) throws StopWalkException,
                        MissingObjectException, IncorrectObjectTypeException, IOException {
                    boolean include = false;
                    switch (type) {
                    case AUTHOR:
                        include = (commit.getAuthorIdent().getName().toLowerCase().indexOf(lcValue) > -1)
                                || (commit.getAuthorIdent().getEmailAddress().toLowerCase()
                                        .indexOf(lcValue) > -1);
                        break;
                    case COMMITTER:
                        include = (commit.getCommitterIdent().getName().toLowerCase()
                                .indexOf(lcValue) > -1)
                                || (commit.getCommitterIdent().getEmailAddress().toLowerCase()
                                        .indexOf(lcValue) > -1);
                        break;
                    case COMMIT:
                        include = commit.getFullMessage().toLowerCase().indexOf(lcValue) > -1;
                        break;
                    }
                    return include;
                }
 
            });
            rw.markStart(rw.parseCommit(branchObject));
            Iterable<RevCommit> revlog = rw;
            if (offset > 0) {
                int count = 0;
                for (RevCommit rev : revlog) {
                    count++;
                    if (count > offset) {
                        list.add(rev);
                        if (maxCount > 0 && list.size() == maxCount) {
                            break;
                        }
                    }
                }
            } else {
                for (RevCommit rev : revlog) {
                    list.add(rev);
                    if (maxCount > 0 && list.size() == maxCount) {
                        break;
                    }
                }
            }
            rw.dispose();
        } catch (Throwable t) {
            error(t, repository, "{0} failed to {1} search revlogs for {2}", type.name(), value);
        }
        return list;
    }
 
    /**
     * Returns the default branch to use for a repository. Normally returns
     * whatever branch HEAD points to, but if HEAD points to nothing it returns
     * the most recently updated branch.
     *
     * @param repository
     * @return the objectid of a branch
     * @throws Exception
     */
    public static ObjectId getDefaultBranch(Repository repository) throws Exception {
        ObjectId object = repository.resolve(Constants.HEAD);
        if (object == null) {
            // no HEAD
            // perhaps non-standard repository, try local branches
            List<RefModel> branchModels = getLocalBranches(repository, true, -1);
            if (branchModels.size() > 0) {
                // use most recently updated branch
                RefModel branch = null;
                Date lastDate = new Date(0);
                for (RefModel branchModel : branchModels) {
                    if (branchModel.getDate().after(lastDate)) {
                        branch = branchModel;
                        lastDate = branch.getDate();
                    }
                }
                object = branch.getReferencedObjectId();
            }
        }
        return object;
    }
 
    /**
     * Returns the target of the symbolic HEAD reference for a repository.
     * Normally returns a branch reference name, but when HEAD is detached,
     * the commit is matched against the known tags. The most recent matching
     * tag ref name will be returned if it references the HEAD commit. If
     * no match is found, the SHA1 is returned.
     *
     * @param repository
     * @return the ref name or the SHA1 for a detached HEAD
     */
    public static String getHEADRef(Repository repository) {
        String target = null;
        try {
            target = repository.getFullBranch();
        } catch (Throwable t) {
            error(t, repository, "{0} failed to get symbolic HEAD target");
        }
        return target;
    }
 
    /**
     * Sets the symbolic ref HEAD to the specified target ref. The
     * HEAD will be detached if the target ref is not a branch.
     *
     * @param repository
     * @param targetRef
     * @return true if successful
     */
    public static boolean setHEADtoRef(Repository repository, String targetRef) {
        try {
             // detach HEAD if target ref is not a branch
            boolean detach = !targetRef.startsWith(Constants.R_HEADS);
            RefUpdate.Result result;
            RefUpdate head = repository.updateRef(Constants.HEAD, detach);
            if (detach) { // Tag
                RevCommit commit = getCommit(repository, targetRef);
                head.setNewObjectId(commit.getId());
                result = head.forceUpdate();
            } else {
                result = head.link(targetRef);
            }
            switch (result) {
            case NEW:
            case FORCED:
            case NO_CHANGE:
            case FAST_FORWARD:
                return true;
            default:
                LOGGER.error(MessageFormat.format("{0} HEAD update to {1} returned result {2}",
                        repository.getDirectory().getAbsolutePath(), targetRef, result));
            }
        } catch (Throwable t) {
            error(t, repository, "{0} failed to set HEAD to {1}", targetRef);
        }
        return false;
    }
 
    /**
     * Sets the local branch ref to point to the specified commit id.
     *
     * @param repository
     * @param branch
     * @param commitId
     * @return true if successful
     */
    public static boolean setBranchRef(Repository repository, String branch, String commitId) {
        String branchName = branch;
        if (!branchName.startsWith(Constants.R_REFS)) {
            branchName = Constants.R_HEADS + branch;
        }
 
        try {
            RefUpdate refUpdate = repository.updateRef(branchName, false);
            refUpdate.setNewObjectId(ObjectId.fromString(commitId));
            RefUpdate.Result result = refUpdate.forceUpdate();
 
            switch (result) {
            case NEW:
            case FORCED:
            case NO_CHANGE:
            case FAST_FORWARD:
                return true;
            default:
                LOGGER.error(MessageFormat.format("{0} {1} update to {2} returned result {3}",
                        repository.getDirectory().getAbsolutePath(), branchName, commitId, result));
            }
        } catch (Throwable t) {
            error(t, repository, "{0} failed to set {1} to {2}", branchName, commitId);
        }
        return false;
    }
 
    /**
     * Deletes the specified branch ref.
     *
     * @param repository
     * @param branch
     * @return true if successful
     */
    public static boolean deleteBranchRef(Repository repository, String branch) {
 
        try {
            RefUpdate refUpdate = repository.updateRef(branch, false);
            refUpdate.setForceUpdate(true);
            RefUpdate.Result result = refUpdate.delete();
            switch (result) {
            case NEW:
            case FORCED:
            case NO_CHANGE:
            case FAST_FORWARD:
                return true;
            default:
                LOGGER.error(MessageFormat.format("{0} failed to delete to {1} returned result {2}",
                        repository.getDirectory().getAbsolutePath(), branch, result));
            }
        } catch (Throwable t) {
            error(t, repository, "{0} failed to delete {1}", branch);
        }
        return false;
    }
 
    /**
     * Get the full branch and tag ref names for any potential HEAD targets.
     *
     * @param repository
     * @return a list of ref names
     */
    public static List<String> getAvailableHeadTargets(Repository repository) {
        List<String> targets = new ArrayList<String>();
        for (RefModel branchModel : JGitUtils.getLocalBranches(repository, true, -1)) {
            targets.add(branchModel.getName());
        }
 
        for (RefModel tagModel : JGitUtils.getTags(repository, true, -1)) {
            targets.add(tagModel.getName());
        }
        return targets;
    }
 
    /**
     * Returns all refs grouped by their associated object id.
     *
     * @param repository
     * @return all refs grouped by their referenced object id
     */
    public static Map<ObjectId, List<RefModel>> getAllRefs(Repository repository) {
        return getAllRefs(repository, true);
    }
 
    /**
     * Returns all refs grouped by their associated object id.
     *
     * @param repository
     * @param includeRemoteRefs
     * @return all refs grouped by their referenced object id
     */
    public static Map<ObjectId, List<RefModel>> getAllRefs(Repository repository, boolean includeRemoteRefs) {
        List<RefModel> list = getRefs(repository, org.eclipse.jgit.lib.RefDatabase.ALL, true, -1);
        Map<ObjectId, List<RefModel>> refs = new HashMap<ObjectId, List<RefModel>>();
        for (RefModel ref : list) {
            if (!includeRemoteRefs && ref.getName().startsWith(Constants.R_REMOTES)) {
                continue;
            }
            ObjectId objectid = ref.getReferencedObjectId();
            if (!refs.containsKey(objectid)) {
                refs.put(objectid, new ArrayList<RefModel>());
            }
            refs.get(objectid).add(ref);
        }
        return refs;
    }
 
    /**
     * Returns the list of tags in the repository. If repository does not exist
     * or is empty, an empty list is returned.
     *
     * @param repository
     * @param fullName
     *            if true, /refs/tags/yadayadayada is returned. If false,
     *            yadayadayada is returned.
     * @param maxCount
     *            if < 0, all tags are returned
     * @return list of tags
     */
    public static List<RefModel> getTags(Repository repository, boolean fullName, int maxCount) {
        return getRefs(repository, Constants.R_TAGS, fullName, maxCount);
    }
 
    /**
     * Returns the list of tags in the repository. If repository does not exist
     * or is empty, an empty list is returned.
     *
     * @param repository
     * @param fullName
     *            if true, /refs/tags/yadayadayada is returned. If false,
     *            yadayadayada is returned.
     * @param maxCount
     *            if < 0, all tags are returned
     * @param offset
     *            if maxCount provided sets the starting point of the records to return
     * @return list of tags
     */
    public static List<RefModel> getTags(Repository repository, boolean fullName, int maxCount, int offset) {
        return getRefs(repository, Constants.R_TAGS, fullName, maxCount, offset);
    }
 
    /**
     * Returns the list of local branches in the repository. If repository does
     * not exist or is empty, an empty list is returned.
     *
     * @param repository
     * @param fullName
     *            if true, /refs/heads/yadayadayada is returned. If false,
     *            yadayadayada is returned.
     * @param maxCount
     *            if < 0, all local branches are returned
     * @return list of local branches
     */
    public static List<RefModel> getLocalBranches(Repository repository, boolean fullName,
            int maxCount) {
        return getRefs(repository, Constants.R_HEADS, fullName, maxCount);
    }
 
    /**
     * Returns the list of remote branches in the repository. If repository does
     * not exist or is empty, an empty list is returned.
     *
     * @param repository
     * @param fullName
     *            if true, /refs/remotes/yadayadayada is returned. If false,
     *            yadayadayada is returned.
     * @param maxCount
     *            if < 0, all remote branches are returned
     * @return list of remote branches
     */
    public static List<RefModel> getRemoteBranches(Repository repository, boolean fullName,
            int maxCount) {
        return getRefs(repository, Constants.R_REMOTES, fullName, maxCount);
    }
 
    /**
     * Returns the list of note branches. If repository does not exist or is
     * empty, an empty list is returned.
     *
     * @param repository
     * @param fullName
     *            if true, /refs/notes/yadayadayada is returned. If false,
     *            yadayadayada is returned.
     * @param maxCount
     *            if < 0, all note branches are returned
     * @return list of note branches
     */
    public static List<RefModel> getNoteBranches(Repository repository, boolean fullName,
            int maxCount) {
        return getRefs(repository, Constants.R_NOTES, fullName, maxCount);
    }
 
    /**
     * Returns the list of refs in the specified base ref. If repository does
     * not exist or is empty, an empty list is returned.
     *
     * @param repository
     * @param fullName
     *            if true, /refs/yadayadayada is returned. If false,
     *            yadayadayada is returned.
     * @return list of refs
     */
    public static List<RefModel> getRefs(Repository repository, String baseRef) {
        return getRefs(repository, baseRef, true, -1);
    }
 
    /**
     * Returns a list of references in the repository matching "refs". If the
     * repository is null or empty, an empty list is returned.
     *
     * @param repository
     * @param refs
     *            if unspecified, all refs are returned
     * @param fullName
     *            if true, /refs/something/yadayadayada is returned. If false,
     *            yadayadayada is returned.
     * @param maxCount
     *            if < 0, all references are returned
     * @return list of references
     */
    private static List<RefModel> getRefs(Repository repository, String refs, boolean fullName,
            int maxCount) {
        return getRefs(repository, refs, fullName, maxCount, 0);
    }
 
    /**
     * Returns a list of references in the repository matching "refs". If the
     * repository is null or empty, an empty list is returned.
     *
     * @param repository
     * @param refs
     *            if unspecified, all refs are returned
     * @param fullName
     *            if true, /refs/something/yadayadayada is returned. If false,
     *            yadayadayada is returned.
     * @param maxCount
     *            if < 0, all references are returned
     * @param offset
     *            if maxCount provided sets the starting point of the records to return
     * @return list of references
     */
    private static List<RefModel> getRefs(Repository repository, String refs, boolean fullName,
            int maxCount, int offset) {
        List<RefModel> list = new ArrayList<RefModel>();
        if (maxCount == 0) {
            return list;
        }
        if (!hasCommits(repository)) {
            return list;
        }
        try {
            Map<String, Ref> map = repository.getRefDatabase().getRefs(refs);
            RevWalk rw = new RevWalk(repository);
            for (Entry<String, Ref> entry : map.entrySet()) {
                Ref ref = entry.getValue();
                RevObject object = rw.parseAny(ref.getObjectId());
                String name = entry.getKey();
                if (fullName && !StringUtils.isEmpty(refs)) {
                    name = refs + name;
                }
                list.add(new RefModel(name, ref, object));
            }
            rw.dispose();
            Collections.sort(list);
            Collections.reverse(list);
            if (maxCount > 0 && list.size() > maxCount) {
                if (offset < 0) {
                    offset = 0;
                }
                int endIndex = offset + maxCount;
                if (endIndex > list.size()) {
                    endIndex = list.size();
                }
                list = new ArrayList<RefModel>(list.subList(offset, endIndex));
            }
        } catch (IOException e) {
            error(e, repository, "{0} failed to retrieve {1}", refs);
        }
        return list;
    }
 
    /**
     * Returns a RefModel for the gh-pages branch in the repository. If the
     * branch can not be found, null is returned.
     *
     * @param repository
     * @return a refmodel for the gh-pages branch or null
     */
    public static RefModel getPagesBranch(Repository repository) {
        return getBranch(repository, "gh-pages");
    }
 
    /**
     * Returns a RefModel for a specific branch name in the repository. If the
     * branch can not be found, null is returned.
     *
     * @param repository
     * @return a refmodel for the branch or null
     */
    public static RefModel getBranch(Repository repository, String name) {
        RefModel branch = null;
        try {
            // search for the branch in local heads
            for (RefModel ref : JGitUtils.getLocalBranches(repository, false, -1)) {
                if (ref.reference.getName().endsWith(name)) {
                    branch = ref;
                    break;
                }
            }
 
            // search for the branch in remote heads
            if (branch == null) {
                for (RefModel ref : JGitUtils.getRemoteBranches(repository, false, -1)) {
                    if (ref.reference.getName().endsWith(name)) {
                        branch = ref;
                        break;
                    }
                }
            }
        } catch (Throwable t) {
            LOGGER.error(MessageFormat.format("Failed to find {0} branch!", name), t);
        }
        return branch;
    }
 
    /**
     * Returns the list of submodules for this repository.
     *
     * @param repository
     * @param commit
     * @return list of submodules
     */
    public static List<SubmoduleModel> getSubmodules(Repository repository, String commitId) {
        RevCommit commit = getCommit(repository, commitId);
        return getSubmodules(repository, commit.getTree());
    }
 
    /**
     * Returns the list of submodules for this repository.
     *
     * @param repository
     * @param commit
     * @return list of submodules
     */
    public static List<SubmoduleModel> getSubmodules(Repository repository, RevTree tree) {
        List<SubmoduleModel> list = new ArrayList<SubmoduleModel>();
        byte [] blob = getByteContent(repository, tree, ".gitmodules", false);
        if (blob == null) {
            return list;
        }
        try {
            BlobBasedConfig config = new BlobBasedConfig(repository.getConfig(), blob);
            for (String module : config.getSubsections("submodule")) {
                String path = config.getString("submodule", module, "path");
                String url = config.getString("submodule", module, "url");
                list.add(new SubmoduleModel(module, path, url));
            }
        } catch (ConfigInvalidException e) {
            LOGGER.error("Failed to load .gitmodules file for " + repository.getDirectory(), e);
        }
        return list;
    }
 
    /**
     * Returns the submodule definition for the specified path at the specified
     * commit.  If no module is defined for the path, null is returned.
     *
     * @param repository
     * @param commit
     * @param path
     * @return a submodule definition or null if there is no submodule
     */
    public static SubmoduleModel getSubmoduleModel(Repository repository, String commitId, String path) {
        for (SubmoduleModel model : getSubmodules(repository, commitId)) {
            if (model.path.equals(path)) {
                return model;
            }
        }
        return null;
    }
 
    public static String getSubmoduleCommitId(Repository repository, String path, RevCommit commit) {
        String commitId = null;
        RevWalk rw = new RevWalk(repository);
        TreeWalk tw = new TreeWalk(repository);
        tw.setFilter(PathFilterGroup.createFromStrings(Collections.singleton(path)));
        try {
            tw.reset(commit.getTree());
            while (tw.next()) {
                if (tw.isSubtree() && !path.equals(tw.getPathString())) {
                    tw.enterSubtree();
                    continue;
                }
                if (FileMode.GITLINK == tw.getFileMode(0)) {
                    commitId = tw.getObjectId(0).getName();
                    break;
                }
            }
        } catch (Throwable t) {
            error(t, repository, "{0} can't find {1} in commit {2}", path, commit.name());
        } finally {
            rw.dispose();
            tw.close();
        }
        return commitId;
    }
 
    /**
     * Returns the list of notes entered about the commit from the refs/notes
     * namespace. If the repository does not exist or is empty, an empty list is
     * returned.
     *
     * @param repository
     * @param commit
     * @return list of notes
     */
    public static List<GitNote> getNotesOnCommit(Repository repository, RevCommit commit) {
        List<GitNote> list = new ArrayList<GitNote>();
        if (!hasCommits(repository)) {
            return list;
        }
        List<RefModel> noteBranches = getNoteBranches(repository, true, -1);
        for (RefModel notesRef : noteBranches) {
            RevTree notesTree = JGitUtils.getCommit(repository, notesRef.getName()).getTree();
            // flat notes list
            String notePath = commit.getName();
            String text = getStringContent(repository, notesTree, notePath);
            if (!StringUtils.isEmpty(text)) {
                List<RevCommit> history = getRevLog(repository, notesRef.getName(), notePath, 0, -1);
                RefModel noteRef = new RefModel(notesRef.displayName, null, history.get(history
                        .size() - 1));
                GitNote gitNote = new GitNote(noteRef, text);
                list.add(gitNote);
                continue;
            }
 
            // folder structure
            StringBuilder sb = new StringBuilder(commit.getName());
            sb.insert(2, '/');
            notePath = sb.toString();
            text = getStringContent(repository, notesTree, notePath);
            if (!StringUtils.isEmpty(text)) {
                List<RevCommit> history = getRevLog(repository, notesRef.getName(), notePath, 0, -1);
                RefModel noteRef = new RefModel(notesRef.displayName, null, history.get(history
                        .size() - 1));
                GitNote gitNote = new GitNote(noteRef, text);
                list.add(gitNote);
            }
        }
        return list;
    }
 
    /**
     * this method creates an incremental revision number as a tag according to
     * the amount of already existing tags, which start with a defined prefix.
     *
     * @param repository
     * @param objectId
     * @param tagger
     * @param prefix
     * @param intPattern
     * @param message
     * @return true if operation was successful, otherwise false
     */
    public static boolean createIncrementalRevisionTag(Repository repository,
            String objectId, PersonIdent tagger, String prefix, String intPattern, String message) {
        boolean result = false;
        Iterator<Entry<String, Ref>> iterator = repository.getTags().entrySet().iterator();
        long lastRev = 0;
        while (iterator.hasNext()) {
            Entry<String, Ref> entry = iterator.next();
            if (entry.getKey().startsWith(prefix)) {
                try {
                    long val = Long.parseLong(entry.getKey().substring(prefix.length()));
                    if (val > lastRev) {
                        lastRev = val;
                    }
                } catch (Exception e) {
                    // this tag is NOT an incremental revision tag
                }
            }
        }
        DecimalFormat df = new DecimalFormat(intPattern);
        result = createTag(repository, objectId, tagger, prefix + df.format((lastRev + 1)), message);
        return result;
    }
 
    /**
     * creates a tag in a repository
     *
     * @param repository
     * @param objectId, the ref the tag points towards
     * @param tagger, the person tagging the object
     * @param tag, the string label
     * @param message, the string message
     * @return boolean, true if operation was successful, otherwise false
     */
    public static boolean createTag(Repository repository, String objectId, PersonIdent tagger, String tag, String message) {
        try {
            Git gitClient = Git.open(repository.getDirectory());
            TagCommand tagCommand = gitClient.tag();
            tagCommand.setTagger(tagger);
            tagCommand.setMessage(message);
            if (objectId != null) {
                RevObject revObj = getCommit(repository, objectId);
                tagCommand.setObjectId(revObj);
            }
            tagCommand.setName(tag);
            Ref call = tagCommand.call();
            return call != null ? true : false;
        } catch (Exception e) {
            error(e, repository, "Failed to create tag {1} in repository {0}", objectId, tag);
        }
        return false;
    }
 
    /**
     * Create an orphaned branch in a repository.
     *
     * @param repository
     * @param branchName
     * @param author
     *            if unspecified, Gitblit will be the author of this new branch
     * @return true if successful
     */
    public static boolean createOrphanBranch(Repository repository, String branchName,
            PersonIdent author) {
        boolean success = false;
        String message = "Created branch " + branchName;
        if (author == null) {
            author = new PersonIdent("Gitblit", "gitblit@localhost");
        }
        try {
            ObjectInserter odi = repository.newObjectInserter();
            try {
                // Create a blob object to insert into a tree
                ObjectId blobId = odi.insert(Constants.OBJ_BLOB,
                        message.getBytes(Constants.CHARACTER_ENCODING));
 
                // Create a tree object to reference from a commit
                TreeFormatter tree = new TreeFormatter();
                tree.append(".branch", FileMode.REGULAR_FILE, blobId);
                ObjectId treeId = odi.insert(tree);
 
                // Create a commit object
                CommitBuilder commit = new CommitBuilder();
                commit.setAuthor(author);
                commit.setCommitter(author);
                commit.setEncoding(Constants.CHARACTER_ENCODING);
                commit.setMessage(message);
                commit.setTreeId(treeId);
 
                // Insert the commit into the repository
                ObjectId commitId = odi.insert(commit);
                odi.flush();
 
                RevWalk revWalk = new RevWalk(repository);
                try {
                    RevCommit revCommit = revWalk.parseCommit(commitId);
                    if (!branchName.startsWith("refs/")) {
                        branchName = "refs/heads/" + branchName;
                    }
                    RefUpdate ru = repository.updateRef(branchName);
                    ru.setNewObjectId(commitId);
                    ru.setRefLogMessage("commit: " + revCommit.getShortMessage(), false);
                    Result rc = ru.forceUpdate();
                    switch (rc) {
                    case NEW:
                    case FORCED:
                    case FAST_FORWARD:
                        success = true;
                        break;
                    default:
                        success = false;
                    }
                } finally {
                    revWalk.close();
                }
            } finally {
                odi.close();
            }
        } catch (Throwable t) {
            error(t, repository, "Failed to create orphan branch {1} in repository {0}", branchName);
        }
        return success;
    }
 
    /**
     * Reads the sparkleshare id, if present, from the repository.
     *
     * @param repository
     * @return an id or null
     */
    public static String getSparkleshareId(Repository repository) {
        byte[] content = getByteContent(repository, null, ".sparkleshare", false);
        if (content == null) {
            return null;
        }
        return StringUtils.decodeString(content);
    }
 
    /**
     * Automatic repair of (some) invalid refspecs.  These are the result of a
     * bug in JGit cloning where a double forward-slash was injected.  :(
     *
     * @param repository
     * @return true, if the refspecs were repaired
     */
    public static boolean repairFetchSpecs(Repository repository) {
        StoredConfig rc = repository.getConfig();
 
        // auto-repair broken fetch ref specs
        for (String name : rc.getSubsections("remote")) {
            int invalidSpecs = 0;
            int repairedSpecs = 0;
            List<String> specs = new ArrayList<String>();
            for (String spec : rc.getStringList("remote", name, "fetch")) {
                try {
                    RefSpec rs = new RefSpec(spec);
                    // valid spec
                    specs.add(spec);
                } catch (IllegalArgumentException e) {
                    // invalid spec
                    invalidSpecs++;
                    if (spec.contains("//")) {
                        // auto-repair this known spec bug
                        spec = spec.replace("//", "/");
                        specs.add(spec);
                        repairedSpecs++;
                    }
                }
            }
 
            if (invalidSpecs == repairedSpecs && repairedSpecs > 0) {
                // the fetch specs were automatically repaired
                rc.setStringList("remote", name, "fetch", specs);
                try {
                    rc.save();
                    rc.load();
                    LOGGER.debug("repaired {} invalid fetch refspecs for {}", repairedSpecs, repository.getDirectory());
                    return true;
                } catch (Exception e) {
                    LOGGER.error(null, e);
                }
            } else if (invalidSpecs > 0) {
                LOGGER.error("mirror executor found {} invalid fetch refspecs for {}", invalidSpecs, repository.getDirectory());
            }
        }
        return false;
    }
 
    /**
     * Returns true if the commit identified by commitId is an ancestor or the
     * the commit identified by tipId.
     *
     * @param repository
     * @param commitId
     * @param tipId
     * @return true if there is the commit is an ancestor of the tip
     */
    public static boolean isMergedInto(Repository repository, String commitId, String tipId) {
        try {
            return isMergedInto(repository, repository.resolve(commitId), repository.resolve(tipId));
        } catch (Exception e) {
            LOGGER.error("Failed to determine isMergedInto", e);
        }
        return false;
    }
 
    /**
     * Returns true if the commit identified by commitId is an ancestor or the
     * the commit identified by tipId.
     *
     * @param repository
     * @param commitId
     * @param tipId
     * @return true if there is the commit is an ancestor of the tip
     */
    public static boolean isMergedInto(Repository repository, ObjectId commitId, ObjectId tipCommitId) {
        // traverse the revlog looking for a commit chain between the endpoints
        RevWalk rw = new RevWalk(repository);
        try {
            // must re-lookup RevCommits to workaround undocumented RevWalk bug
            RevCommit tip = rw.lookupCommit(tipCommitId);
            RevCommit commit = rw.lookupCommit(commitId);
            return rw.isMergedInto(commit, tip);
        } catch (Exception e) {
            LOGGER.error("Failed to determine isMergedInto", e);
        } finally {
            rw.dispose();
        }
        return false;
    }
 
    /**
     * Returns the merge base of two commits or null if there is no common
     * ancestry.
     *
     * @param repository
     * @param commitIdA
     * @param commitIdB
     * @return the commit id of the merge base or null if there is no common base
     */
    public static String getMergeBase(Repository repository, ObjectId commitIdA, ObjectId commitIdB) {
        RevWalk rw = new RevWalk(repository);
        try {
            RevCommit a = rw.lookupCommit(commitIdA);
            RevCommit b = rw.lookupCommit(commitIdB);
 
            rw.setRevFilter(RevFilter.MERGE_BASE);
            rw.markStart(a);
            rw.markStart(b);
            RevCommit mergeBase = rw.next();
            if (mergeBase == null) {
                return null;
            }
            return mergeBase.getName();
        } catch (Exception e) {
            LOGGER.error("Failed to determine merge base", e);
        } finally {
            rw.dispose();
        }
        return null;
    }
 
    public static enum MergeStatus {
        MISSING_INTEGRATION_BRANCH, MISSING_SRC_BRANCH, NOT_MERGEABLE, FAILED, ALREADY_MERGED, MERGEABLE, MERGED;
    }
 
    /**
     * Determines if we can cleanly merge one branch into another.  Returns true
     * if we can merge without conflict, otherwise returns false.
     *
     * @param repository
     * @param src
     * @param toBranch
     * @return true if we can merge without conflict
     */
    public static MergeStatus canMerge(Repository repository, String src, String toBranch) {
        RevWalk revWalk = null;
        try {
            revWalk = new RevWalk(repository);
            ObjectId branchId = repository.resolve(toBranch);
            if (branchId == null) {
                return MergeStatus.MISSING_INTEGRATION_BRANCH;
            }
            ObjectId srcId = repository.resolve(src);
            if (srcId == null) {
                return MergeStatus.MISSING_SRC_BRANCH;
            }
            RevCommit branchTip = revWalk.lookupCommit(branchId);
            RevCommit srcTip = revWalk.lookupCommit(srcId);
            if (revWalk.isMergedInto(srcTip, branchTip)) {
                // already merged
                return MergeStatus.ALREADY_MERGED;
            } else if (revWalk.isMergedInto(branchTip, srcTip)) {
                // fast-forward
                return MergeStatus.MERGEABLE;
            }
            RecursiveMerger merger = (RecursiveMerger) MergeStrategy.RECURSIVE.newMerger(repository, true);
            boolean canMerge = merger.merge(branchTip, srcTip);
            if (canMerge) {
                return MergeStatus.MERGEABLE;
            }
        } catch (NullPointerException e) {
            LOGGER.error("Failed to determine canMerge", e);
        } catch (IOException e) {
            LOGGER.error("Failed to determine canMerge", e);
        } finally {
            if (revWalk != null) {
                revWalk.close();
            }
        }
        return MergeStatus.NOT_MERGEABLE;
    }
 
 
    public static class MergeResult {
        public final MergeStatus status;
        public final String sha;
 
        MergeResult(MergeStatus status, String sha) {
            this.status = status;
            this.sha = sha;
        }
    }
 
    /**
     * Tries to merge a commit into a branch.  If there are conflicts, the merge
     * will fail.
     *
     * @param repository
     * @param src
     * @param toBranch
     * @param committer
     * @param message
     * @return the merge result
     */
    public static MergeResult merge(Repository repository, String src, String toBranch,
            PersonIdent committer, String message) {
 
        if (!toBranch.startsWith(Constants.R_REFS)) {
            // branch ref doesn't start with ref, assume this is a branch head
            toBranch = Constants.R_HEADS + toBranch;
        }
 
        RevWalk revWalk = null;
        try {
            revWalk = new RevWalk(repository);
            RevCommit branchTip = revWalk.lookupCommit(repository.resolve(toBranch));
            RevCommit srcTip = revWalk.lookupCommit(repository.resolve(src));
            if (revWalk.isMergedInto(srcTip, branchTip)) {
                // already merged
                return new MergeResult(MergeStatus.ALREADY_MERGED, null);
            }
            RecursiveMerger merger = (RecursiveMerger) MergeStrategy.RECURSIVE.newMerger(repository, true);
            boolean merged = merger.merge(branchTip, srcTip);
            if (merged) {
                // create a merge commit and a reference to track the merge commit
                ObjectId treeId = merger.getResultTreeId();
                ObjectInserter odi = repository.newObjectInserter();
                try {
                    // Create a commit object
                    CommitBuilder commitBuilder = new CommitBuilder();
                    commitBuilder.setCommitter(committer);
                    commitBuilder.setAuthor(committer);
                    commitBuilder.setEncoding(Constants.CHARSET);
                    if (StringUtils.isEmpty(message)) {
                        message = MessageFormat.format("merge {0} into {1}", srcTip.getName(), branchTip.getName());
                    }
                    commitBuilder.setMessage(message);
                    commitBuilder.setParentIds(branchTip.getId(), srcTip.getId());
                    commitBuilder.setTreeId(treeId);
 
                    // Insert the merge commit into the repository
                    ObjectId mergeCommitId = odi.insert(commitBuilder);
                    odi.flush();
 
                    // set the merge ref to the merge commit
                    RevCommit mergeCommit = revWalk.parseCommit(mergeCommitId);
                    RefUpdate mergeRefUpdate = repository.updateRef(toBranch);
                    mergeRefUpdate.setNewObjectId(mergeCommitId);
                    mergeRefUpdate.setRefLogMessage("commit: " + mergeCommit.getShortMessage(), false);
                    RefUpdate.Result rc = mergeRefUpdate.update();
                    switch (rc) {
                    case FAST_FORWARD:
                        // successful, clean merge
                        break;
                    default:
                        throw new GitBlitException(MessageFormat.format("Unexpected result \"{0}\" when merging commit {1} into {2} in {3}",
                                rc.name(), srcTip.getName(), branchTip.getName(), repository.getDirectory()));
                    }
 
                    // return the merge commit id
                    return new MergeResult(MergeStatus.MERGED, mergeCommitId.getName());
                } finally {
                    odi.close();
                }
            }
        } catch (IOException e) {
            LOGGER.error("Failed to merge", e);
        } finally {
            if (revWalk != null) {
                revWalk.close();
            }
        }
        return new MergeResult(MergeStatus.FAILED, null);
    }
    
    
    /**
     * Returns the LFS URL for the given oid 
     * Currently assumes that the Gitblit Filestore is used 
     *
     * @param baseURL
     * @param repository name
     * @param oid of lfs item
     * @return the lfs item URL
     */
    public static String getLfsRepositoryUrl(String baseURL, String repositoryName, String oid) {
        
        if (baseURL.length() > 0 && baseURL.charAt(baseURL.length() - 1) == '/') {
            baseURL = baseURL.substring(0, baseURL.length() - 1);
        }
        
        return baseURL + com.gitblit.Constants.R_PATH 
                       + repositoryName + "/" 
                       + com.gitblit.Constants.R_LFS 
                       + "objects/" + oid;
        
    }
    
    /**
     * Returns all tree entries that do not match the ignore paths.
     *
     * @param db
     * @param ignorePaths
     * @param dcBuilder
     * @throws IOException
     */
    public static List<DirCacheEntry> getTreeEntries(Repository db, String branch, Collection<String> ignorePaths) throws IOException {
        List<DirCacheEntry> list = new ArrayList<DirCacheEntry>();
        TreeWalk tw = null;
        try {
            ObjectId treeId = db.resolve(branch + "^{tree}");
            if (treeId == null) {
                // branch does not exist yet
                return list;
            }
            tw = new TreeWalk(db);
            int hIdx = tw.addTree(treeId);
            tw.setRecursive(true);
 
            while (tw.next()) {
                String path = tw.getPathString();
                CanonicalTreeParser hTree = null;
                if (hIdx != -1) {
                    hTree = tw.getTree(hIdx, CanonicalTreeParser.class);
                }
                if (!ignorePaths.contains(path)) {
                    // add all other tree entries
                    if (hTree != null) {
                        final DirCacheEntry entry = new DirCacheEntry(path);
                        entry.setObjectId(hTree.getEntryObjectId());
                        entry.setFileMode(hTree.getEntryFileMode());
                        list.add(entry);
                    }
                }
            }
        } finally {
            if (tw != null) {
                tw.close();
            }
        }
        return list;
    }
    
    public static boolean commitIndex(Repository db, String branch, DirCache index,
                                      ObjectId parentId, boolean forceCommit,
                                      String author, String authorEmail, String message) throws IOException, ConcurrentRefUpdateException {
        boolean success = false;
 
        ObjectId headId = db.resolve(branch + "^{commit}");
        ObjectId baseId = parentId;
        if (baseId == null || headId == null) { return false; }
        
        ObjectInserter odi = db.newObjectInserter();
        try {
            // Create the in-memory index of the new/updated ticket
            ObjectId indexTreeId = index.writeTree(odi);
 
            // Create a commit object
            PersonIdent ident = new PersonIdent(author, authorEmail);
            
            if (forceCommit == false) {
                ThreeWayMerger merger = MergeStrategy.RECURSIVE.newMerger(db, true);
                merger.setObjectInserter(odi);
                merger.setBase(baseId);
                boolean mergeSuccess = merger.merge(indexTreeId, headId);
                
                if (mergeSuccess) {
                    indexTreeId = merger.getResultTreeId();
                 } else {
                    //Manual merge required
                    return false; 
                 }
            }
            
            CommitBuilder commit = new CommitBuilder();
            commit.setAuthor(ident);
            commit.setCommitter(ident);
            commit.setEncoding(com.gitblit.Constants.ENCODING);
            commit.setMessage(message);
            commit.setParentId(headId);
            commit.setTreeId(indexTreeId);
 
            // Insert the commit into the repository
            ObjectId commitId = odi.insert(commit);
            odi.flush();
 
            RevWalk revWalk = new RevWalk(db);
            try {
                RevCommit revCommit = revWalk.parseCommit(commitId);
                RefUpdate ru = db.updateRef(branch);
                ru.setForceUpdate(forceCommit);
                ru.setNewObjectId(commitId);
                ru.setExpectedOldObjectId(headId);
                ru.setRefLogMessage("commit: " + revCommit.getShortMessage(), false);
                Result rc = ru.update();
 
                switch (rc) {
                case NEW:
                case FORCED:
                case FAST_FORWARD:
                    success = true;
                    break;
                case REJECTED:
                case LOCK_FAILURE:
                    throw new ConcurrentRefUpdateException(JGitText.get().couldNotLockHEAD,
                            ru.getRef(), rc);
                default:
                    throw new JGitInternalException(MessageFormat.format(
                            JGitText.get().updatingRefFailed, branch, commitId.toString(),
                            rc));
                }
            } finally {
                revWalk.close();
            }
        } finally {
            odi.close();
        }
        return success;
    }
    
    /**
     * Returns true if the commit identified by commitId is at the tip of it's branch.
     *
     * @param repository
     * @param commitId
     * @return true if the given commit is the tip
     */
    public static boolean isTip(Repository repository, String commitId) {
        try {
            RefModel tip = getBranch(repository, commitId);
            return (tip != null);    
        } catch (Exception e) {
            LOGGER.error("Failed to determine isTip", e);
        }
        return false;
    }
 
}