Paul Martin
2016-04-16 eecaad8b8e2c447429c31a01d49260ddd6b4ee03
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
254
255
256
257
258
259
260
261
262
263
264
265
266
267
268
269
270
271
272
273
274
275
276
277
278
279
280
281
282
283
284
285
286
287
288
289
290
291
292
293
294
295
296
297
298
299
300
301
302
303
304
305
306
307
308
309
310
311
312
313
314
315
316
317
318
319
320
321
322
323
324
325
326
327
328
329
330
331
332
333
334
335
336
337
338
339
340
341
342
343
344
345
346
347
348
349
350
351
352
353
354
355
356
357
358
359
360
361
362
363
364
365
366
367
368
369
370
371
372
373
374
375
376
377
378
379
380
381
382
383
384
385
386
387
388
389
390
391
392
393
394
395
396
397
398
399
400
401
402
403
404
405
406
407
408
409
410
411
412
413
414
415
416
417
418
419
420
421
422
423
424
425
426
427
428
429
430
431
432
433
434
435
436
437
438
439
440
441
442
443
444
445
446
447
448
449
450
451
452
453
454
455
456
457
458
459
460
461
462
463
464
465
466
467
468
469
470
471
472
473
474
475
476
477
478
479
480
481
482
483
484
485
486
487
488
489
490
491
492
493
494
495
496
497
498
499
500
501
502
503
504
505
506
507
508
509
510
511
512
513
514
515
516
517
518
519
520
521
522
523
524
525
526
527
528
529
530
531
532
533
534
535
536
537
538
539
540
541
542
543
544
545
546
547
548
549
550
551
552
553
554
555
556
557
558
559
560
561
562
563
564
565
566
567
568
569
570
571
572
573
574
575
576
577
578
579
580
581
582
583
584
585
586
587
588
589
590
591
592
593
594
595
596
597
598
599
600
601
602
603
604
605
606
607
608
609
610
611
612
613
614
615
616
617
618
619
620
621
622
623
624
625
626
627
628
629
630
631
632
633
634
635
636
637
638
639
640
641
642
643
644
645
646
647
648
649
650
651
652
653
654
655
656
657
658
659
660
661
662
663
664
665
666
667
668
669
670
671
672
673
674
675
676
677
678
679
680
681
682
683
684
685
686
687
688
689
690
691
692
693
694
695
696
697
698
699
700
701
702
703
704
705
706
707
708
709
710
711
712
713
714
715
716
717
718
719
720
721
722
723
724
725
726
727
728
729
730
731
732
733
734
735
736
737
738
739
740
741
742
743
744
745
746
747
748
749
750
751
752
753
754
755
756
757
758
759
760
761
762
763
764
765
766
767
768
769
770
771
772
773
774
775
776
777
778
779
780
781
782
783
784
785
786
787
788
789
790
791
792
793
794
795
796
797
798
799
800
801
802
803
804
805
806
807
808
809
810
811
812
813
814
815
816
817
818
819
820
821
822
823
824
825
826
827
828
829
830
831
832
833
834
835
836
837
838
839
840
841
842
843
844
845
846
847
848
849
850
851
852
853
854
855
856
857
858
859
860
861
862
863
864
865
866
867
868
869
870
871
872
873
874
875
876
877
878
879
880
881
882
883
884
885
886
887
888
889
890
891
892
893
894
895
896
897
898
899
900
901
902
903
904
905
906
907
908
909
910
911
912
913
914
915
916
917
918
919
920
921
922
923
924
925
926
927
928
929
930
931
932
933
934
935
936
937
938
939
940
941
942
943
944
945
946
947
948
949
950
951
952
953
954
955
956
957
958
959
960
961
962
963
964
965
966
967
968
969
970
971
972
973
974
975
976
977
978
979
980
981
982
983
984
985
986
987
988
989
990
991
992
993
994
995
996
997
998
999
1000
1001
1002
1003
1004
1005
1006
1007
1008
1009
1010
1011
1012
1013
1014
1015
1016
1017
1018
1019
1020
1021
1022
1023
1024
1025
1026
1027
1028
1029
1030
1031
1032
1033
1034
1035
1036
1037
1038
1039
1040
1041
1042
1043
1044
1045
1046
1047
1048
1049
1050
1051
1052
1053
1054
1055
1056
1057
1058
1059
1060
1061
1062
1063
1064
1065
1066
1067
1068
1069
1070
1071
1072
1073
1074
1075
1076
1077
1078
1079
1080
1081
1082
1083
1084
1085
1086
1087
1088
1089
1090
1091
1092
1093
1094
1095
1096
1097
1098
1099
1100
1101
1102
1103
1104
1105
1106
1107
1108
1109
1110
1111
1112
1113
1114
1115
1116
1117
1118
1119
1120
1121
1122
1123
1124
1125
1126
1127
1128
1129
1130
1131
1132
1133
1134
1135
1136
1137
1138
1139
1140
1141
1142
1143
1144
1145
1146
1147
1148
1149
1150
1151
1152
1153
1154
1155
1156
1157
1158
1159
1160
1161
1162
1163
1164
1165
1166
1167
1168
1169
1170
1171
1172
1173
1174
1175
1176
1177
1178
1179
1180
1181
1182
1183
1184
1185
1186
1187
1188
1189
1190
1191
1192
1193
1194
1195
1196
1197
1198
1199
1200
1201
1202
1203
1204
1205
1206
1207
1208
1209
1210
1211
1212
1213
1214
1215
1216
1217
1218
1219
1220
1221
1222
1223
1224
1225
1226
1227
1228
1229
1230
1231
1232
1233
1234
1235
1236
1237
1238
1239
1240
1241
1242
1243
1244
1245
1246
1247
1248
1249
1250
1251
1252
1253
1254
1255
1256
1257
1258
1259
1260
1261
1262
1263
1264
1265
1266
1267
1268
1269
1270
1271
1272
1273
1274
1275
1276
1277
1278
1279
1280
1281
1282
1283
1284
1285
1286
1287
1288
1289
1290
1291
1292
1293
1294
1295
1296
1297
1298
1299
1300
1301
1302
1303
1304
1305
1306
1307
1308
1309
1310
1311
1312
1313
1314
1315
1316
1317
1318
1319
1320
1321
1322
1323
1324
1325
1326
1327
1328
1329
1330
1331
1332
1333
1334
1335
1336
1337
1338
1339
1340
1341
1342
1343
1344
1345
1346
1347
1348
1349
1350
1351
1352
1353
1354
1355
1356
1357
1358
1359
1360
1361
1362
1363
1364
1365
1366
1367
1368
1369
1370
1371
1372
1373
1374
1375
1376
1377
1378
1379
1380
1381
1382
1383
1384
1385
1386
1387
1388
1389
1390
1391
1392
1393
1394
1395
1396
1397
1398
1399
1400
1401
1402
1403
1404
1405
1406
1407
1408
1409
1410
1411
1412
1413
1414
1415
1416
1417
1418
1419
1420
1421
1422
1423
1424
1425
1426
1427
1428
1429
1430
1431
1432
1433
1434
1435
1436
1437
1438
1439
1440
1441
1442
1443
1444
1445
1446
1447
1448
1449
1450
1451
1452
1453
1454
1455
1456
1457
1458
1459
1460
1461
1462
1463
1464
1465
1466
1467
1468
1469
1470
1471
1472
1473
1474
1475
1476
1477
1478
1479
1480
1481
1482
1483
1484
1485
1486
1487
1488
1489
1490
1491
1492
1493
1494
1495
1496
1497
1498
1499
1500
1501
1502
1503
1504
1505
1506
1507
1508
1509
1510
1511
1512
1513
1514
1515
1516
1517
1518
1519
1520
1521
1522
1523
1524
1525
1526
1527
1528
1529
1530
1531
1532
1533
1534
1535
1536
1537
1538
1539
1540
1541
1542
1543
1544
1545
1546
1547
1548
1549
1550
1551
1552
1553
1554
1555
1556
1557
1558
1559
1560
1561
1562
1563
1564
1565
1566
1567
1568
1569
1570
1571
1572
1573
1574
1575
1576
1577
1578
1579
1580
1581
1582
1583
1584
1585
1586
1587
1588
1589
1590
1591
1592
1593
1594
1595
1596
1597
1598
1599
1600
1601
1602
1603
1604
1605
1606
1607
1608
1609
1610
1611
1612
1613
1614
1615
1616
1617
1618
1619
1620
1621
1622
1623
1624
1625
1626
1627
1628
1629
1630
1631
1632
1633
1634
1635
1636
1637
1638
1639
1640
1641
1642
1643
1644
1645
1646
1647
1648
1649
1650
1651
1652
1653
1654
1655
1656
1657
1658
1659
1660
1661
1662
1663
1664
1665
1666
1667
1668
1669
1670
1671
1672
1673
1674
1675
1676
1677
1678
1679
1680
1681
1682
1683
1684
1685
1686
1687
1688
1689
1690
1691
1692
1693
1694
1695
1696
1697
1698
1699
1700
1701
1702
1703
1704
1705
1706
1707
1708
1709
1710
1711
1712
1713
1714
1715
1716
1717
1718
1719
1720
1721
1722
1723
1724
1725
1726
1727
1728
1729
1730
1731
1732
1733
1734
1735
1736
1737
1738
1739
1740
1741
1742
1743
1744
1745
1746
1747
1748
1749
1750
1751
1752
1753
1754
1755
1756
1757
1758
1759
1760
1761
1762
1763
1764
1765
1766
1767
1768
1769
1770
1771
1772
1773
1774
1775
1776
1777
1778
1779
1780
1781
1782
1783
1784
1785
1786
1787
1788
1789
1790
1791
1792
1793
1794
1795
1796
1797
1798
1799
1800
1801
1802
1803
1804
1805
1806
1807
1808
1809
1810
1811
1812
1813
1814
1815
1816
1817
1818
1819
1820
1821
1822
1823
1824
1825
1826
1827
1828
1829
1830
1831
1832
1833
1834
1835
1836
1837
1838
1839
1840
1841
1842
1843
1844
1845
1846
1847
1848
1849
1850
1851
1852
1853
1854
1855
1856
1857
1858
1859
1860
1861
1862
1863
1864
1865
1866
1867
1868
1869
1870
1871
1872
1873
1874
1875
1876
1877
1878
1879
1880
1881
1882
1883
1884
1885
1886
1887
1888
1889
1890
1891
1892
1893
1894
1895
1896
1897
1898
1899
1900
1901
1902
1903
1904
1905
1906
1907
1908
1909
1910
1911
1912
1913
1914
1915
1916
1917
1918
1919
1920
1921
1922
1923
1924
1925
1926
1927
1928
1929
1930
1931
1932
1933
1934
1935
1936
1937
1938
1939
1940
1941
1942
1943
1944
1945
1946
1947
1948
1949
1950
1951
1952
1953
1954
1955
1956
1957
1958
1959
1960
1961
1962
1963
1964
1965
1966
1967
1968
1969
1970
1971
1972
1973
1974
1975
1976
1977
1978
1979
1980
1981
1982
1983
1984
1985
1986
1987
1988
1989
1990
1991
1992
1993
1994
1995
1996
1997
1998
1999
2000
2001
2002
2003
2004
2005
2006
2007
2008
2009
2010
/*
 * Copyright 2013 gitblit.com.
 *
 * Licensed under the Apache License, Version 2.0 (the "License");
 * you may not use this file except in compliance with the License.
 * You may obtain a copy of the License at
 *
 *     http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0
 *
 * Unless required by applicable law or agreed to in writing, software
 * distributed under the License is distributed on an "AS IS" BASIS,
 * WITHOUT WARRANTIES OR CONDITIONS OF ANY KIND, either express or implied.
 * See the License for the specific language governing permissions and
 * limitations under the License.
 */
package com.gitblit.manager;
 
import java.io.File;
import java.io.FileFilter;
import java.io.IOException;
import java.lang.reflect.Field;
import java.net.URI;
import java.net.URISyntaxException;
import java.nio.charset.Charset;
import java.text.MessageFormat;
import java.text.SimpleDateFormat;
import java.util.ArrayList;
import java.util.Arrays;
import java.util.Calendar;
import java.util.Collection;
import java.util.Collections;
import java.util.Date;
import java.util.HashSet;
import java.util.LinkedHashMap;
import java.util.LinkedHashSet;
import java.util.List;
import java.util.Map;
import java.util.Map.Entry;
import java.util.Set;
import java.util.TreeSet;
import java.util.concurrent.ConcurrentHashMap;
import java.util.concurrent.Executors;
import java.util.concurrent.ScheduledExecutorService;
import java.util.concurrent.TimeUnit;
import java.util.concurrent.atomic.AtomicInteger;
import java.util.concurrent.atomic.AtomicReference;
 
import org.eclipse.jgit.lib.Repository;
import org.eclipse.jgit.lib.RepositoryCache;
import org.eclipse.jgit.lib.RepositoryCache.FileKey;
import org.eclipse.jgit.lib.StoredConfig;
import org.eclipse.jgit.storage.file.FileBasedConfig;
import org.eclipse.jgit.storage.file.WindowCacheConfig;
import org.eclipse.jgit.util.FS;
import org.eclipse.jgit.util.FileUtils;
import org.eclipse.jgit.util.RawParseUtils;
import org.slf4j.Logger;
import org.slf4j.LoggerFactory;
 
import com.gitblit.Constants;
import com.gitblit.Constants.AccessPermission;
import com.gitblit.Constants.AccessRestrictionType;
import com.gitblit.Constants.AuthorizationControl;
import com.gitblit.Constants.CommitMessageRenderer;
import com.gitblit.Constants.FederationStrategy;
import com.gitblit.Constants.PermissionType;
import com.gitblit.Constants.RegistrantType;
import com.gitblit.GitBlitException;
import com.gitblit.IStoredSettings;
import com.gitblit.Keys;
import com.gitblit.extensions.RepositoryLifeCycleListener;
import com.gitblit.models.ForkModel;
import com.gitblit.models.Metric;
import com.gitblit.models.RefModel;
import com.gitblit.models.RegistrantAccessPermission;
import com.gitblit.models.RepositoryModel;
import com.gitblit.models.SearchResult;
import com.gitblit.models.TeamModel;
import com.gitblit.models.UserModel;
import com.gitblit.service.GarbageCollectorService;
import com.gitblit.service.LuceneService;
import com.gitblit.service.MirrorService;
import com.gitblit.utils.ArrayUtils;
import com.gitblit.utils.ByteFormat;
import com.gitblit.utils.CommitCache;
import com.gitblit.utils.DeepCopier;
import com.gitblit.utils.JGitUtils;
import com.gitblit.utils.JGitUtils.LastChange;
import com.gitblit.utils.MetricUtils;
import com.gitblit.utils.ModelUtils;
import com.gitblit.utils.ObjectCache;
import com.gitblit.utils.StringUtils;
import com.gitblit.utils.TimeUtils;
import com.google.inject.Inject;
import com.google.inject.Singleton;
 
/**
 * Repository manager creates, updates, deletes and caches git repositories.  It
 * also starts services to mirror, index, and cleanup repositories.
 *
 * @author James Moger
 *
 */
@Singleton
public class RepositoryManager implements IRepositoryManager {
 
    private final Logger logger = LoggerFactory.getLogger(getClass());
 
    private final ScheduledExecutorService scheduledExecutor = Executors.newScheduledThreadPool(5);
 
    private final ObjectCache<Long> repositorySizeCache = new ObjectCache<Long>();
 
    private final ObjectCache<List<Metric>> repositoryMetricsCache = new ObjectCache<List<Metric>>();
 
    private final Map<String, RepositoryModel> repositoryListCache = new ConcurrentHashMap<String, RepositoryModel>();
 
    private final AtomicReference<String> repositoryListSettingsChecksum = new AtomicReference<String>("");
 
    private final IStoredSettings settings;
 
    private final IRuntimeManager runtimeManager;
 
    private final IPluginManager pluginManager;
 
    private final IUserManager userManager;
    
    private final IFilestoreManager filestoreManager;
 
    private File repositoriesFolder;
 
    private LuceneService luceneExecutor;
 
    private GarbageCollectorService gcExecutor;
 
    private MirrorService mirrorExecutor;
 
    @Inject
    public RepositoryManager(
            IRuntimeManager runtimeManager,
            IPluginManager pluginManager,
            IUserManager userManager,
            IFilestoreManager filestoreManager) {
 
        this.settings = runtimeManager.getSettings();
        this.runtimeManager = runtimeManager;
        this.pluginManager = pluginManager;
        this.userManager = userManager;
        this.filestoreManager = filestoreManager;
    }
 
    @Override
    public RepositoryManager start() {
        repositoriesFolder = runtimeManager.getFileOrFolder(Keys.git.repositoriesFolder, "${baseFolder}/git");
        logger.info("Repositories folder : {}", repositoriesFolder.getAbsolutePath());
 
        // initialize utilities
        String prefix = settings.getString(Keys.git.userRepositoryPrefix, "~");
        ModelUtils.setUserRepoPrefix(prefix);
 
        // calculate repository list settings checksum for future config changes
        repositoryListSettingsChecksum.set(getRepositoryListSettingsChecksum());
 
        // build initial repository list
        if (settings.getBoolean(Keys.git.cacheRepositoryList,  true)) {
            logger.info("Identifying repositories...");
            getRepositoryList();
        }
 
        configureLuceneIndexing();
        configureGarbageCollector();
        configureMirrorExecutor();
        configureJGit();
        configureCommitCache();
 
        confirmWriteAccess();
 
        return this;
    }
 
    @Override
    public RepositoryManager stop() {
        scheduledExecutor.shutdownNow();
        luceneExecutor.close();
        gcExecutor.close();
        mirrorExecutor.close();
 
        closeAll();
        return this;
    }
 
    /**
     * Returns the most recent change date of any repository served by Gitblit.
     *
     * @return a date
     */
    @Override
    public Date getLastActivityDate() {
        Date date = null;
        for (String name : getRepositoryList()) {
            Repository r = getRepository(name);
            Date lastChange = JGitUtils.getLastChange(r).when;
            r.close();
            if (lastChange != null && (date == null || lastChange.after(date))) {
                date = lastChange;
            }
        }
        return date;
    }
 
    /**
     * Returns the path of the repositories folder. This method checks to see if
     * Gitblit is running on a cloud service and may return an adjusted path.
     *
     * @return the repositories folder path
     */
    @Override
    public File getRepositoriesFolder() {
        return repositoriesFolder;
    }
 
    /**
     * Returns the path of the Groovy folder. This method checks to see if
     * Gitblit is running on a cloud service and may return an adjusted path.
     *
     * @return the Groovy scripts folder path
     */
    @Override
    public File getHooksFolder() {
        return runtimeManager.getFileOrFolder(Keys.groovy.scriptsFolder, "${baseFolder}/groovy");
    }
 
    /**
     * Returns the path of the Groovy Grape folder. This method checks to see if
     * Gitblit is running on a cloud service and may return an adjusted path.
     *
     * @return the Groovy Grape folder path
     */
    @Override
    public File getGrapesFolder() {
        return runtimeManager.getFileOrFolder(Keys.groovy.grapeFolder, "${baseFolder}/groovy/grape");
    }
 
    /**
     *
     * @return true if we are running the gc executor
     */
    @Override
    public boolean isCollectingGarbage() {
        return gcExecutor != null && gcExecutor.isRunning();
    }
 
    /**
     * Returns true if Gitblit is actively collecting garbage in this repository.
     *
     * @param repositoryName
     * @return true if actively collecting garbage
     */
    @Override
    public boolean isCollectingGarbage(String repositoryName) {
        return gcExecutor != null && gcExecutor.isCollectingGarbage(repositoryName);
    }
 
    /**
     * Returns the effective list of permissions for this user, taking into account
     * team memberships, ownerships.
     *
     * @param user
     * @return the effective list of permissions for the user
     */
    @Override
    public List<RegistrantAccessPermission> getUserAccessPermissions(UserModel user) {
        if (StringUtils.isEmpty(user.username)) {
            // new user
            return new ArrayList<RegistrantAccessPermission>();
        }
        Set<RegistrantAccessPermission> set = new LinkedHashSet<RegistrantAccessPermission>();
        set.addAll(user.getRepositoryPermissions());
        // Flag missing repositories
        for (RegistrantAccessPermission permission : set) {
            if (permission.mutable && PermissionType.EXPLICIT.equals(permission.permissionType)) {
                RepositoryModel rm = getRepositoryModel(permission.registrant);
                if (rm == null) {
                    permission.permissionType = PermissionType.MISSING;
                    permission.mutable = false;
                    continue;
                }
            }
        }
 
        // TODO reconsider ownership as a user property
        // manually specify personal repository ownerships
        for (RepositoryModel rm : repositoryListCache.values()) {
            if (rm.isUsersPersonalRepository(user.username) || rm.isOwner(user.username)) {
                RegistrantAccessPermission rp = new RegistrantAccessPermission(rm.name, AccessPermission.REWIND,
                        PermissionType.OWNER, RegistrantType.REPOSITORY, null, false);
                // user may be owner of a repository to which they've inherited
                // a team permission, replace any existing perm with owner perm
                set.remove(rp);
                set.add(rp);
            }
        }
 
        List<RegistrantAccessPermission> list = new ArrayList<RegistrantAccessPermission>(set);
        Collections.sort(list);
        return list;
    }
 
    /**
     * Returns the list of users and their access permissions for the specified
     * repository including permission source information such as the team or
     * regular expression which sets the permission.
     *
     * @param repository
     * @return a list of RegistrantAccessPermissions
     */
    @Override
    public List<RegistrantAccessPermission> getUserAccessPermissions(RepositoryModel repository) {
        List<RegistrantAccessPermission> list = new ArrayList<RegistrantAccessPermission>();
        if (AccessRestrictionType.NONE.equals(repository.accessRestriction)) {
            // no permissions needed, REWIND for everyone!
            return list;
        }
        if (AuthorizationControl.AUTHENTICATED.equals(repository.authorizationControl)) {
            // no permissions needed, REWIND for authenticated!
            return list;
        }
        // NAMED users and teams
        for (UserModel user : userManager.getAllUsers()) {
            RegistrantAccessPermission ap = user.getRepositoryPermission(repository);
            if (ap.permission.exceeds(AccessPermission.NONE)) {
                list.add(ap);
            }
        }
        return list;
    }
 
    /**
     * Sets the access permissions to the specified repository for the specified users.
     *
     * @param repository
     * @param permissions
     * @return true if the user models have been updated
     */
    @Override
    public boolean setUserAccessPermissions(RepositoryModel repository, Collection<RegistrantAccessPermission> permissions) {
        List<UserModel> users = new ArrayList<UserModel>();
        for (RegistrantAccessPermission up : permissions) {
            if (up.mutable) {
                // only set editable defined permissions
                UserModel user = userManager.getUserModel(up.registrant);
                user.setRepositoryPermission(repository.name, up.permission);
                users.add(user);
            }
        }
        return userManager.updateUserModels(users);
    }
 
    /**
     * Returns the list of all users who have an explicit access permission
     * for the specified repository.
     *
     * @see IUserService.getUsernamesForRepositoryRole(String)
     * @param repository
     * @return list of all usernames that have an access permission for the repository
     */
    @Override
    public List<String> getRepositoryUsers(RepositoryModel repository) {
        return userManager.getUsernamesForRepositoryRole(repository.name);
    }
 
    /**
     * Returns the list of teams and their access permissions for the specified
     * repository including the source of the permission such as the admin flag
     * or a regular expression.
     *
     * @param repository
     * @return a list of RegistrantAccessPermissions
     */
    @Override
    public List<RegistrantAccessPermission> getTeamAccessPermissions(RepositoryModel repository) {
        List<RegistrantAccessPermission> list = new ArrayList<RegistrantAccessPermission>();
        for (TeamModel team : userManager.getAllTeams()) {
            RegistrantAccessPermission ap = team.getRepositoryPermission(repository);
            if (ap.permission.exceeds(AccessPermission.NONE)) {
                list.add(ap);
            }
        }
        Collections.sort(list);
        return list;
    }
 
    /**
     * Sets the access permissions to the specified repository for the specified teams.
     *
     * @param repository
     * @param permissions
     * @return true if the team models have been updated
     */
    @Override
    public boolean setTeamAccessPermissions(RepositoryModel repository, Collection<RegistrantAccessPermission> permissions) {
        List<TeamModel> teams = new ArrayList<TeamModel>();
        for (RegistrantAccessPermission tp : permissions) {
            if (tp.mutable) {
                // only set explicitly defined access permissions
                TeamModel team = userManager.getTeamModel(tp.registrant);
                team.setRepositoryPermission(repository.name, tp.permission);
                teams.add(team);
            }
        }
        return userManager.updateTeamModels(teams);
    }
 
    /**
     * Returns the list of all teams who have an explicit access permission for
     * the specified repository.
     *
     * @see IUserService.getTeamnamesForRepositoryRole(String)
     * @param repository
     * @return list of all teamnames with explicit access permissions to the repository
     */
    @Override
    public List<String> getRepositoryTeams(RepositoryModel repository) {
        return userManager.getTeamNamesForRepositoryRole(repository.name);
    }
 
    /**
     * Adds the repository to the list of cached repositories if Gitblit is
     * configured to cache the repository list.
     *
     * @param model
     */
    @Override
    public void addToCachedRepositoryList(RepositoryModel model) {
        if (settings.getBoolean(Keys.git.cacheRepositoryList, true)) {
            String key = getRepositoryKey(model.name);
            repositoryListCache.put(key, model);
 
            // update the fork origin repository with this repository clone
            if (!StringUtils.isEmpty(model.originRepository)) {
                String originKey = getRepositoryKey(model.originRepository);
                if (repositoryListCache.containsKey(originKey)) {
                    RepositoryModel origin = repositoryListCache.get(originKey);
                    origin.addFork(model.name);
                }
            }
        }
    }
 
    /**
     * Removes the repository from the list of cached repositories.
     *
     * @param name
     * @return the model being removed
     */
    private RepositoryModel removeFromCachedRepositoryList(String name) {
        if (StringUtils.isEmpty(name)) {
            return null;
        }
        String key = getRepositoryKey(name);
        return repositoryListCache.remove(key);
    }
 
    /**
     * Clears all the cached metadata for the specified repository.
     *
     * @param repositoryName
     */
    private void clearRepositoryMetadataCache(String repositoryName) {
        repositorySizeCache.remove(repositoryName);
        repositoryMetricsCache.remove(repositoryName);
        CommitCache.instance().clear(repositoryName);
    }
 
    /**
     * Reset all caches for this repository.
     *
     * @param repositoryName
     * @since 1.5.1
     */
    @Override
    public void resetRepositoryCache(String repositoryName) {
        removeFromCachedRepositoryList(repositoryName);
        clearRepositoryMetadataCache(repositoryName);
        // force a reload of the repository data (ticket-82, issue-433)
        getRepositoryModel(repositoryName);
    }
 
    /**
     * Resets the repository list cache.
     *
     */
    @Override
    public void resetRepositoryListCache() {
        logger.info("Repository cache manually reset");
        repositoryListCache.clear();
        repositorySizeCache.clear();
        repositoryMetricsCache.clear();
        CommitCache.instance().clear();
    }
 
    /**
     * Calculate the checksum of settings that affect the repository list cache.
     * @return a checksum
     */
    private String getRepositoryListSettingsChecksum() {
        StringBuilder ns = new StringBuilder();
        ns.append(settings.getString(Keys.git.cacheRepositoryList, "")).append('\n');
        ns.append(settings.getString(Keys.git.onlyAccessBareRepositories, "")).append('\n');
        ns.append(settings.getString(Keys.git.searchRepositoriesSubfolders, "")).append('\n');
        ns.append(settings.getString(Keys.git.searchRecursionDepth, "")).append('\n');
        ns.append(settings.getString(Keys.git.searchExclusions, "")).append('\n');
        String checksum = StringUtils.getSHA1(ns.toString());
        return checksum;
    }
 
    /**
     * Compare the last repository list setting checksum to the current checksum.
     * If different then clear the cache so that it may be rebuilt.
     *
     * @return true if the cached repository list is valid since the last check
     */
    private boolean isValidRepositoryList() {
        String newChecksum = getRepositoryListSettingsChecksum();
        boolean valid = newChecksum.equals(repositoryListSettingsChecksum.get());
        repositoryListSettingsChecksum.set(newChecksum);
        if (!valid && settings.getBoolean(Keys.git.cacheRepositoryList,  true)) {
            logger.info("Repository list settings have changed. Clearing repository list cache.");
            repositoryListCache.clear();
        }
        return valid;
    }
 
    /**
     * Returns the list of all repositories available to Gitblit. This method
     * does not consider user access permissions.
     *
     * @return list of all repositories
     */
    @Override
    public List<String> getRepositoryList() {
        if (repositoryListCache.size() == 0 || !isValidRepositoryList()) {
            // we are not caching OR we have not yet cached OR the cached list is invalid
            long startTime = System.currentTimeMillis();
            List<String> repositories = JGitUtils.getRepositoryList(repositoriesFolder,
                    settings.getBoolean(Keys.git.onlyAccessBareRepositories, false),
                    settings.getBoolean(Keys.git.searchRepositoriesSubfolders, true),
                    settings.getInteger(Keys.git.searchRecursionDepth, -1),
                    settings.getStrings(Keys.git.searchExclusions));
 
            if (!settings.getBoolean(Keys.git.cacheRepositoryList,  true)) {
                // we are not caching
                StringUtils.sortRepositorynames(repositories);
                return repositories;
            } else {
                // we are caching this list
                String msg = "{0} repositories identified in {1} msecs";
                if (settings.getBoolean(Keys.web.showRepositorySizes, true)) {
                    // optionally (re)calculate repository sizes
                    msg = "{0} repositories identified with calculated folder sizes in {1} msecs";
                }
 
                for (String repository : repositories) {
                    getRepositoryModel(repository);
                }
 
                // rebuild fork networks
                for (RepositoryModel model : repositoryListCache.values()) {
                    if (!StringUtils.isEmpty(model.originRepository)) {
                        String originKey = getRepositoryKey(model.originRepository);
                        if (repositoryListCache.containsKey(originKey)) {
                            RepositoryModel origin = repositoryListCache.get(originKey);
                            origin.addFork(model.name);
                        }
                    }
                }
 
                long duration = System.currentTimeMillis() - startTime;
                logger.info(MessageFormat.format(msg, repositoryListCache.size(), duration));
            }
        }
 
        // return sorted copy of cached list
        List<String> list = new ArrayList<String>();
        for (RepositoryModel model : repositoryListCache.values()) {
            list.add(model.name);
        }
        StringUtils.sortRepositorynames(list);
        return list;
    }
 
    /**
     * Returns the JGit repository for the specified name.
     *
     * @param repositoryName
     * @return repository or null
     */
    @Override
    public Repository getRepository(String repositoryName) {
        return getRepository(repositoryName, true);
    }
 
    /**
     * Returns the JGit repository for the specified name.
     *
     * @param name
     * @param logError
     * @return repository or null
     */
    @Override
    public Repository getRepository(String name, boolean logError) {
        String repositoryName = fixRepositoryName(name);
 
        if (isCollectingGarbage(repositoryName)) {
            logger.warn(MessageFormat.format("Rejecting request for {0}, busy collecting garbage!", repositoryName));
            return null;
        }
 
        File dir = FileKey.resolve(new File(repositoriesFolder, repositoryName), FS.DETECTED);
        if (dir == null)
            return null;
 
        Repository r = null;
        try {
            FileKey key = FileKey.exact(dir, FS.DETECTED);
            r = RepositoryCache.open(key, true);
        } catch (IOException e) {
            if (logError) {
                logger.error("GitBlit.getRepository(String) failed to find "
                        + new File(repositoriesFolder, repositoryName).getAbsolutePath());
            }
        }
        return r;
    }
 
    /**
     * Returns the list of all repository models.
     *
     * @return list of all repository models
     */
    @Override
    public List<RepositoryModel> getRepositoryModels() {
        long methodStart = System.currentTimeMillis();
        List<String> list = getRepositoryList();
        List<RepositoryModel> repositories = new ArrayList<RepositoryModel>();
        for (String repo : list) {
            RepositoryModel model = getRepositoryModel(repo);
            if (model != null) {
                repositories.add(model);
            }
        }
        long duration = System.currentTimeMillis() - methodStart;
        logger.info(MessageFormat.format("{0} repository models loaded in {1} msecs", duration));
        return repositories;
    }
 
    /**
     * Returns the list of repository models that are accessible to the user.
     *
     * @param user
     * @return list of repository models accessible to user
     */
    @Override
    public List<RepositoryModel> getRepositoryModels(UserModel user) {
        long methodStart = System.currentTimeMillis();
        List<String> list = getRepositoryList();
        List<RepositoryModel> repositories = new ArrayList<RepositoryModel>();
        for (String repo : list) {
            RepositoryModel model = getRepositoryModel(user, repo);
            if (model != null) {
                if (!model.hasCommits) {
                    // only add empty repositories that user can push to
                    if (UserModel.ANONYMOUS.canPush(model)
                            || user != null && user.canPush(model)) {
                        repositories.add(model);
                    }
                } else {
                    repositories.add(model);
                }
            }
        }
        long duration = System.currentTimeMillis() - methodStart;
        logger.info(MessageFormat.format("{0} repository models loaded for {1} in {2} msecs",
                repositories.size(), user == null ? "anonymous" : user.username, duration));
        return repositories;
    }
 
    /**
     * Returns a repository model if the repository exists and the user may
     * access the repository.
     *
     * @param user
     * @param repositoryName
     * @return repository model or null
     */
    @Override
    public RepositoryModel getRepositoryModel(UserModel user, String repositoryName) {
        RepositoryModel model = getRepositoryModel(repositoryName);
        if (model == null) {
            return null;
        }
        if (user == null) {
            user = UserModel.ANONYMOUS;
        }
        if (user.canView(model)) {
            return model;
        }
        return null;
    }
 
    /**
     * Returns the repository model for the specified repository. This method
     * does not consider user access permissions.
     *
     * @param name
     * @return repository model or null
     */
    @Override
    public RepositoryModel getRepositoryModel(String name) {
        String repositoryName = fixRepositoryName(name);
 
        String repositoryKey = getRepositoryKey(repositoryName);
        if (!repositoryListCache.containsKey(repositoryKey)) {
            RepositoryModel model = loadRepositoryModel(repositoryName);
            if (model == null) {
                return null;
            }
            addToCachedRepositoryList(model);
            return DeepCopier.copy(model);
        }
 
        // cached model
        RepositoryModel model = repositoryListCache.get(repositoryKey);
 
        if (isCollectingGarbage(model.name)) {
            // Gitblit is busy collecting garbage, use our cached model
            RepositoryModel rm = DeepCopier.copy(model);
            rm.isCollectingGarbage = true;
            return rm;
        }
 
        // check for updates
        Repository r = getRepository(model.name);
        if (r == null) {
            // repository is missing
            removeFromCachedRepositoryList(repositoryName);
            logger.error(MessageFormat.format("Repository \"{0}\" is missing! Removing from cache.", repositoryName));
            return null;
        }
 
        FileBasedConfig config = (FileBasedConfig) getRepositoryConfig(r);
        if (config.isOutdated()) {
            // reload model
            logger.debug(MessageFormat.format("Config for \"{0}\" has changed. Reloading model and updating cache.", repositoryName));
            model = loadRepositoryModel(model.name);
            removeFromCachedRepositoryList(model.name);
            addToCachedRepositoryList(model);
        } else {
            // update a few repository parameters
            if (!model.hasCommits) {
                // update hasCommits, assume a repository only gains commits :)
                model.hasCommits = JGitUtils.hasCommits(r);
            }
 
            updateLastChangeFields(r, model);
        }
        r.close();
 
        // return a copy of the cached model
        return DeepCopier.copy(model);
    }
 
    /**
     * Returns the star count of the repository.
     *
     * @param repository
     * @return the star count
     */
    @Override
    public long getStarCount(RepositoryModel repository) {
        long count = 0;
        for (UserModel user : userManager.getAllUsers()) {
            if (user.getPreferences().isStarredRepository(repository.name)) {
                count++;
            }
        }
        return count;
    }
 
    /**
     * Replaces illegal character patterns in a repository name.
     *
     * @param repositoryName
     * @return a corrected name
     */
    private String fixRepositoryName(String repositoryName) {
        if (StringUtils.isEmpty(repositoryName)) {
            return repositoryName;
        }
 
        // Decode url-encoded repository name (issue-278)
        // http://stackoverflow.com/questions/17183110
        String name  = repositoryName.replace("%7E", "~").replace("%7e", "~");
        name = name.replace("%2F", "/").replace("%2f", "/");
 
        if (name.charAt(name.length() - 1) == '/') {
            name = name.substring(0, name.length() - 1);
        }
 
        // strip duplicate-slashes from requests for repositoryName (ticket-117, issue-454)
        // specify first char as slash so we strip leading slashes
        char lastChar = '/';
        StringBuilder sb = new StringBuilder();
        for (char c : name.toCharArray()) {
            if (c == '/' && lastChar == c) {
                continue;
            }
            sb.append(c);
            lastChar = c;
        }
 
        return sb.toString();
    }
 
    /**
     * Returns the cache key for the repository name.
     *
     * @param repositoryName
     * @return the cache key for the repository
     */
    private String getRepositoryKey(String repositoryName) {
        String name = fixRepositoryName(repositoryName);
        return StringUtils.stripDotGit(name).toLowerCase();
    }
 
    /**
     * Workaround JGit.  I need to access the raw config object directly in order
     * to see if the config is dirty so that I can reload a repository model.
     * If I use the stock JGit method to get the config it already reloads the
     * config.  If the config changes are made within Gitblit this is fine as
     * the returned config will still be flagged as dirty.  BUT... if the config
     * is manipulated outside Gitblit then it fails to recognize this as dirty.
     *
     * @param r
     * @return a config
     */
    private StoredConfig getRepositoryConfig(Repository r) {
        try {
            Field f = r.getClass().getDeclaredField("repoConfig");
            f.setAccessible(true);
            StoredConfig config = (StoredConfig) f.get(r);
            return config;
        } catch (Exception e) {
            logger.error("Failed to retrieve \"repoConfig\" via reflection", e);
        }
        return r.getConfig();
    }
 
    /**
     * Create a repository model from the configuration and repository data.
     *
     * @param repositoryName
     * @return a repositoryModel or null if the repository does not exist
     */
    private RepositoryModel loadRepositoryModel(String repositoryName) {
        Repository r = getRepository(repositoryName);
        if (r == null) {
            return null;
        }
        RepositoryModel model = new RepositoryModel();
        model.isBare = r.isBare();
        File basePath = getRepositoriesFolder();
        if (model.isBare) {
            model.name = com.gitblit.utils.FileUtils.getRelativePath(basePath, r.getDirectory());
        } else {
            model.name = com.gitblit.utils.FileUtils.getRelativePath(basePath, r.getDirectory().getParentFile());
        }
        if (StringUtils.isEmpty(model.name)) {
            // Repository is NOT located relative to the base folder because it
            // is symlinked.  Use the provided repository name.
            model.name = repositoryName;
        }
        model.projectPath = StringUtils.getFirstPathElement(repositoryName);
 
        StoredConfig config = r.getConfig();
        boolean hasOrigin = false;
 
        if (config != null) {
            // Initialize description from description file
            hasOrigin = !StringUtils.isEmpty(config.getString("remote", "origin", "url"));
            if (getConfig(config,"description", null) == null) {
                File descFile = new File(r.getDirectory(), "description");
                if (descFile.exists()) {
                    String desc = com.gitblit.utils.FileUtils.readContent(descFile, System.getProperty("line.separator"));
                    if (!desc.toLowerCase().startsWith("unnamed repository")) {
                        config.setString(Constants.CONFIG_GITBLIT, null, "description", desc);
                    }
                }
            }
            model.description = getConfig(config, "description", "");
            model.originRepository = getConfig(config, "originRepository", null);
            model.addOwners(ArrayUtils.fromString(getConfig(config, "owner", "")));
            model.acceptNewPatchsets = getConfig(config, "acceptNewPatchsets", true);
            model.acceptNewTickets = getConfig(config, "acceptNewTickets", true);
            model.requireApproval = getConfig(config, "requireApproval", settings.getBoolean(Keys.tickets.requireApproval, false));
            model.mergeTo = getConfig(config, "mergeTo", null);
            model.useIncrementalPushTags = getConfig(config, "useIncrementalPushTags", false);
            model.incrementalPushTagPrefix = getConfig(config, "incrementalPushTagPrefix", null);
            model.allowForks = getConfig(config, "allowForks", true);
            model.accessRestriction = AccessRestrictionType.fromName(getConfig(config,
                    "accessRestriction", settings.getString(Keys.git.defaultAccessRestriction, "PUSH")));
            model.authorizationControl = AuthorizationControl.fromName(getConfig(config,
                    "authorizationControl", settings.getString(Keys.git.defaultAuthorizationControl, null)));
            model.verifyCommitter = getConfig(config, "verifyCommitter", false);
            model.showRemoteBranches = getConfig(config, "showRemoteBranches", hasOrigin);
            model.isFrozen = getConfig(config, "isFrozen", false);
            model.skipSizeCalculation = getConfig(config, "skipSizeCalculation", false);
            model.skipSummaryMetrics = getConfig(config, "skipSummaryMetrics", false);
            model.commitMessageRenderer = CommitMessageRenderer.fromName(getConfig(config, "commitMessageRenderer",
                    settings.getString(Keys.web.commitMessageRenderer, null)));
            model.federationStrategy = FederationStrategy.fromName(getConfig(config,
                    "federationStrategy", null));
            model.federationSets = new ArrayList<String>(Arrays.asList(config.getStringList(
                    Constants.CONFIG_GITBLIT, null, "federationSets")));
            model.isFederated = getConfig(config, "isFederated", false);
            model.gcThreshold = getConfig(config, "gcThreshold", settings.getString(Keys.git.defaultGarbageCollectionThreshold, "500KB"));
            model.gcPeriod = getConfig(config, "gcPeriod", settings.getInteger(Keys.git.defaultGarbageCollectionPeriod, 7));
            try {
                model.lastGC = new SimpleDateFormat(Constants.ISO8601).parse(getConfig(config, "lastGC", "1970-01-01'T'00:00:00Z"));
            } catch (Exception e) {
                model.lastGC = new Date(0);
            }
            model.maxActivityCommits = getConfig(config, "maxActivityCommits", settings.getInteger(Keys.web.maxActivityCommits, 0));
            model.origin = config.getString("remote", "origin", "url");
            if (model.origin != null) {
                model.origin = model.origin.replace('\\', '/');
                model.isMirror = config.getBoolean("remote", "origin", "mirror", false);
            }
            model.preReceiveScripts = new ArrayList<String>(Arrays.asList(config.getStringList(
                    Constants.CONFIG_GITBLIT, null, "preReceiveScript")));
            model.postReceiveScripts = new ArrayList<String>(Arrays.asList(config.getStringList(
                    Constants.CONFIG_GITBLIT, null, "postReceiveScript")));
            model.mailingLists = new ArrayList<String>(Arrays.asList(config.getStringList(
                    Constants.CONFIG_GITBLIT, null, "mailingList")));
            model.indexedBranches = new ArrayList<String>(Arrays.asList(config.getStringList(
                    Constants.CONFIG_GITBLIT, null, "indexBranch")));
            model.metricAuthorExclusions = new ArrayList<String>(Arrays.asList(config.getStringList(
                    Constants.CONFIG_GITBLIT, null, "metricAuthorExclusions")));
 
            // Custom defined properties
            model.customFields = new LinkedHashMap<String, String>();
            for (String aProperty : config.getNames(Constants.CONFIG_GITBLIT, Constants.CONFIG_CUSTOM_FIELDS)) {
                model.customFields.put(aProperty, config.getString(Constants.CONFIG_GITBLIT, Constants.CONFIG_CUSTOM_FIELDS, aProperty));
            }
        }
        model.HEAD = JGitUtils.getHEADRef(r);
        if (StringUtils.isEmpty(model.mergeTo)) {
            model.mergeTo = model.HEAD;
        }
        model.availableRefs = JGitUtils.getAvailableHeadTargets(r);
        model.sparkleshareId = JGitUtils.getSparkleshareId(r);
        model.hasCommits = JGitUtils.hasCommits(r);
        updateLastChangeFields(r, model);
        r.close();
 
        if (StringUtils.isEmpty(model.originRepository) && model.origin != null && model.origin.startsWith("file://")) {
            // repository was cloned locally... perhaps as a fork
            try {
                File folder = new File(new URI(model.origin));
                String originRepo = com.gitblit.utils.FileUtils.getRelativePath(getRepositoriesFolder(), folder);
                if (!StringUtils.isEmpty(originRepo)) {
                    // ensure origin still exists
                    File repoFolder = new File(getRepositoriesFolder(), originRepo);
                    if (repoFolder.exists()) {
                        model.originRepository = originRepo.toLowerCase();
 
                        // persist the fork origin
                        updateConfiguration(r, model);
                    }
                }
            } catch (URISyntaxException e) {
                logger.error("Failed to determine fork for " + model, e);
            }
        }
        return model;
    }
 
    /**
     * Determines if this server has the requested repository.
     *
     * @param n
     * @return true if the repository exists
     */
    @Override
    public boolean hasRepository(String repositoryName) {
        return hasRepository(repositoryName, false);
    }
 
    /**
     * Determines if this server has the requested repository.
     *
     * @param n
     * @param caseInsensitive
     * @return true if the repository exists
     */
    @Override
    public boolean hasRepository(String repositoryName, boolean caseSensitiveCheck) {
        if (!caseSensitiveCheck && settings.getBoolean(Keys.git.cacheRepositoryList, true)) {
            // if we are caching use the cache to determine availability
            // otherwise we end up adding a phantom repository to the cache
            String key = getRepositoryKey(repositoryName);
            return repositoryListCache.containsKey(key);
        }
        Repository r = getRepository(repositoryName, false);
        if (r == null) {
            return false;
        }
        r.close();
        return true;
    }
 
    /**
     * Determines if the specified user has a fork of the specified origin
     * repository.
     *
     * @param username
     * @param origin
     * @return true the if the user has a fork
     */
    @Override
    public boolean hasFork(String username, String origin) {
        return getFork(username, origin) != null;
    }
 
    /**
     * Gets the name of a user's fork of the specified origin
     * repository.
     *
     * @param username
     * @param origin
     * @return the name of the user's fork, null otherwise
     */
    @Override
    public String getFork(String username, String origin) {
        if (StringUtils.isEmpty(origin)) {
            return null;
        }
        String userProject = ModelUtils.getPersonalPath(username);
        if (settings.getBoolean(Keys.git.cacheRepositoryList, true)) {
            String originKey = getRepositoryKey(origin);
            String userPath = userProject + "/";
 
            // collect all origin nodes in fork network
            Set<String> roots = new HashSet<String>();
            roots.add(originKey);
            RepositoryModel originModel = repositoryListCache.get(originKey);
            while (originModel != null) {
                if (!ArrayUtils.isEmpty(originModel.forks)) {
                    for (String fork : originModel.forks) {
                        if (!fork.startsWith(userPath)) {
                            roots.add(fork.toLowerCase());
                        }
                    }
                }
 
                if (originModel.originRepository != null) {
                    String ooKey = getRepositoryKey(originModel.originRepository);
                    roots.add(ooKey);
                    originModel = repositoryListCache.get(ooKey);
                } else {
                    // break
                    originModel = null;
                }
            }
 
            for (String repository : repositoryListCache.keySet()) {
                if (repository.startsWith(userPath)) {
                    RepositoryModel model = repositoryListCache.get(repository);
                    if (!StringUtils.isEmpty(model.originRepository)) {
                        String ooKey = getRepositoryKey(model.originRepository);
                        if (roots.contains(ooKey)) {
                            // user has a fork in this graph
                            return model.name;
                        }
                    }
                }
            }
        } else {
            // not caching
            File subfolder = new File(getRepositoriesFolder(), userProject);
            List<String> repositories = JGitUtils.getRepositoryList(subfolder,
                    settings.getBoolean(Keys.git.onlyAccessBareRepositories, false),
                    settings.getBoolean(Keys.git.searchRepositoriesSubfolders, true),
                    settings.getInteger(Keys.git.searchRecursionDepth, -1),
                    settings.getStrings(Keys.git.searchExclusions));
            for (String repository : repositories) {
                RepositoryModel model = getRepositoryModel(userProject + "/" + repository);
                if (model.originRepository != null && model.originRepository.equalsIgnoreCase(origin)) {
                    // user has a fork
                    return model.name;
                }
            }
        }
        // user does not have a fork
        return null;
    }
 
    /**
     * Returns the fork network for a repository by traversing up the fork graph
     * to discover the root and then down through all children of the root node.
     *
     * @param repository
     * @return a ForkModel
     */
    @Override
    public ForkModel getForkNetwork(String repository) {
        if (settings.getBoolean(Keys.git.cacheRepositoryList, true)) {
            // find the root, cached
            String key = getRepositoryKey(repository);
            RepositoryModel model = repositoryListCache.get(key);
            if (model == null) {
                return null;
            }
 
            while (model.originRepository != null) {
                String originKey = getRepositoryKey(model.originRepository);
                model = repositoryListCache.get(originKey);
                if (model == null) {
                    return null;
                }
            }
            ForkModel root = getForkModelFromCache(model.name);
            return root;
        } else {
            // find the root, non-cached
            RepositoryModel model = getRepositoryModel(repository.toLowerCase());
            while (model.originRepository != null) {
                model = getRepositoryModel(model.originRepository);
            }
            ForkModel root = getForkModel(model.name);
            return root;
        }
    }
 
    private ForkModel getForkModelFromCache(String repository) {
        String key = getRepositoryKey(repository);
        RepositoryModel model = repositoryListCache.get(key);
        if (model == null) {
            return null;
        }
        ForkModel fork = new ForkModel(model);
        if (!ArrayUtils.isEmpty(model.forks)) {
            for (String aFork : model.forks) {
                ForkModel fm = getForkModelFromCache(aFork);
                if (fm != null) {
                    fork.forks.add(fm);
                }
            }
        }
        return fork;
    }
 
    private ForkModel getForkModel(String repository) {
        RepositoryModel model = getRepositoryModel(repository.toLowerCase());
        if (model == null) {
            return null;
        }
        ForkModel fork = new ForkModel(model);
        if (!ArrayUtils.isEmpty(model.forks)) {
            for (String aFork : model.forks) {
                ForkModel fm = getForkModel(aFork);
                if (fm != null) {
                    fork.forks.add(fm);
                }
            }
        }
        return fork;
    }
 
    /**
     * Updates the last changed fields and optionally calculates the size of the
     * repository.  Gitblit caches the repository sizes to reduce the performance
     * penalty of recursive calculation. The cache is updated if the repository
     * has been changed since the last calculation.
     *
     * @param model
     * @return size in bytes of the repository
     */
    @Override
    public long updateLastChangeFields(Repository r, RepositoryModel model) {
        LastChange lc = JGitUtils.getLastChange(r);
        model.lastChange = lc.when;
        model.lastChangeAuthor = lc.who;
 
        if (!settings.getBoolean(Keys.web.showRepositorySizes, true) || model.skipSizeCalculation) {
            model.size = null;
            return 0L;
        }
        if (!repositorySizeCache.hasCurrent(model.name, model.lastChange)) {
            File gitDir = r.getDirectory();
            long sz = com.gitblit.utils.FileUtils.folderSize(gitDir);
            repositorySizeCache.updateObject(model.name, model.lastChange, sz);
        }
        long size = repositorySizeCache.getObject(model.name);
        ByteFormat byteFormat = new ByteFormat();
        model.size = byteFormat.format(size);
        return size;
    }
 
    /**
     * Returns true if the repository is idle (not being accessed).
     *
     * @param repository
     * @return true if the repository is idle
     */
    @Override
    public boolean isIdle(Repository repository) {
        try {
            // Read the use count.
            // An idle use count is 2:
            // +1 for being in the cache
            // +1 for the repository parameter in this method
            Field useCnt = Repository.class.getDeclaredField("useCnt");
            useCnt.setAccessible(true);
            int useCount = ((AtomicInteger) useCnt.get(repository)).get();
            return useCount == 2;
        } catch (Exception e) {
            logger.warn(MessageFormat
                    .format("Failed to reflectively determine use count for repository {0}",
                            repository.getDirectory().getPath()), e);
        }
        return false;
    }
 
    /**
     * Ensures that all cached repository are completely closed and their resources
     * are properly released.
     */
    @Override
    public void closeAll() {
        for (String repository : getRepositoryList()) {
            close(repository);
        }
    }
 
    /**
     * Ensure that a cached repository is completely closed and its resources
     * are properly released.
     *
     * @param repositoryName
     */
    @Override
    public void close(String repositoryName) {
        Repository repository = getRepository(repositoryName);
        if (repository == null) {
            return;
        }
        RepositoryCache.close(repository);
 
        // assume 2 uses in case reflection fails
        int uses = 2;
        try {
            // The FileResolver caches repositories which is very useful
            // for performance until you want to delete a repository.
            // I have to use reflection to call close() the correct
            // number of times to ensure that the object and ref databases
            // are properly closed before I can delete the repository from
            // the filesystem.
            Field useCnt = Repository.class.getDeclaredField("useCnt");
            useCnt.setAccessible(true);
            uses = ((AtomicInteger) useCnt.get(repository)).get();
        } catch (Exception e) {
            logger.warn(MessageFormat
                    .format("Failed to reflectively determine use count for repository {0}",
                            repositoryName), e);
        }
        if (uses > 0) {
            logger.debug(MessageFormat
                    .format("{0}.useCnt={1}, calling close() {2} time(s) to close object and ref databases",
                            repositoryName, uses, uses));
            for (int i = 0; i < uses; i++) {
                repository.close();
            }
        }
 
        // close any open index writer/searcher in the Lucene executor
        luceneExecutor.close(repositoryName);
    }
 
    /**
     * Returns the metrics for the default branch of the specified repository.
     * This method builds a metrics cache. The cache is updated if the
     * repository is updated. A new copy of the metrics list is returned on each
     * call so that modifications to the list are non-destructive.
     *
     * @param model
     * @param repository
     * @return a new array list of metrics
     */
    @Override
    public List<Metric> getRepositoryDefaultMetrics(RepositoryModel model, Repository repository) {
        if (repositoryMetricsCache.hasCurrent(model.name, model.lastChange)) {
            return new ArrayList<Metric>(repositoryMetricsCache.getObject(model.name));
        }
        List<Metric> metrics = MetricUtils.getDateMetrics(repository, null, true, null, runtimeManager.getTimezone());
        repositoryMetricsCache.updateObject(model.name, model.lastChange, metrics);
        return new ArrayList<Metric>(metrics);
    }
 
    /**
     * Returns the gitblit string value for the specified key. If key is not
     * set, returns defaultValue.
     *
     * @param config
     * @param field
     * @param defaultValue
     * @return field value or defaultValue
     */
    private String getConfig(StoredConfig config, String field, String defaultValue) {
        String value = config.getString(Constants.CONFIG_GITBLIT, null, field);
        if (StringUtils.isEmpty(value)) {
            return defaultValue;
        }
        return value;
    }
 
    /**
     * Returns the gitblit boolean value for the specified key. If key is not
     * set, returns defaultValue.
     *
     * @param config
     * @param field
     * @param defaultValue
     * @return field value or defaultValue
     */
    private boolean getConfig(StoredConfig config, String field, boolean defaultValue) {
        return config.getBoolean(Constants.CONFIG_GITBLIT, field, defaultValue);
    }
 
    /**
     * Returns the gitblit string value for the specified key. If key is not
     * set, returns defaultValue.
     *
     * @param config
     * @param field
     * @param defaultValue
     * @return field value or defaultValue
     */
    private int getConfig(StoredConfig config, String field, int defaultValue) {
        String value = config.getString(Constants.CONFIG_GITBLIT, null, field);
        if (StringUtils.isEmpty(value)) {
            return defaultValue;
        }
        try {
            return Integer.parseInt(value);
        } catch (Exception e) {
        }
        return defaultValue;
    }
 
    /**
     * Creates/updates the repository model keyed by repositoryName. Saves all
     * repository settings in .git/config. This method allows for renaming
     * repositories and will update user access permissions accordingly.
     *
     * All repositories created by this method are bare and automatically have
     * .git appended to their names, which is the standard convention for bare
     * repositories.
     *
     * @param repositoryName
     * @param repository
     * @param isCreate
     * @throws GitBlitException
     */
    @Override
    public void updateRepositoryModel(String repositoryName, RepositoryModel repository,
            boolean isCreate) throws GitBlitException {
        if (isCollectingGarbage(repositoryName)) {
            throw new GitBlitException(MessageFormat.format("sorry, Gitblit is busy collecting garbage in {0}",
                    repositoryName));
        }
        Repository r = null;
        String projectPath = StringUtils.getFirstPathElement(repository.name);
        if (!StringUtils.isEmpty(projectPath)) {
            if (projectPath.equalsIgnoreCase(settings.getString(Keys.web.repositoryRootGroupName, "main"))) {
                // strip leading group name
                repository.name = repository.name.substring(projectPath.length() + 1);
            }
        }
        boolean isRename = false;
        if (isCreate) {
            // ensure created repository name ends with .git
            if (!repository.name.toLowerCase().endsWith(org.eclipse.jgit.lib.Constants.DOT_GIT_EXT)) {
                repository.name += org.eclipse.jgit.lib.Constants.DOT_GIT_EXT;
            }
            if (hasRepository(repository.name)) {
                throw new GitBlitException(MessageFormat.format(
                        "Can not create repository ''{0}'' because it already exists.",
                        repository.name));
            }
            // create repository
            logger.info("create repository " + repository.name);
            String shared = settings.getString(Keys.git.createRepositoriesShared, "FALSE");
            r = JGitUtils.createRepository(repositoriesFolder, repository.name, shared);
        } else {
            // rename repository
            isRename = !repositoryName.equalsIgnoreCase(repository.name);
            if (isRename) {
                if (!repository.name.toLowerCase().endsWith(
                        org.eclipse.jgit.lib.Constants.DOT_GIT_EXT)) {
                    repository.name += org.eclipse.jgit.lib.Constants.DOT_GIT_EXT;
                }
                if (new File(repositoriesFolder, repository.name).exists()) {
                    throw new GitBlitException(MessageFormat.format(
                            "Failed to rename ''{0}'' because ''{1}'' already exists.",
                            repositoryName, repository.name));
                }
                close(repositoryName);
                File folder = new File(repositoriesFolder, repositoryName);
                File destFolder = new File(repositoriesFolder, repository.name);
                if (destFolder.exists()) {
                    throw new GitBlitException(
                            MessageFormat
                                    .format("Can not rename repository ''{0}'' to ''{1}'' because ''{1}'' already exists.",
                                            repositoryName, repository.name));
                }
                File parentFile = destFolder.getParentFile();
                if (!parentFile.exists() && !parentFile.mkdirs()) {
                    throw new GitBlitException(MessageFormat.format(
                            "Failed to create folder ''{0}''", parentFile.getAbsolutePath()));
                }
                if (!folder.renameTo(destFolder)) {
                    throw new GitBlitException(MessageFormat.format(
                            "Failed to rename repository ''{0}'' to ''{1}''.", repositoryName,
                            repository.name));
                }
                // rename the roles
                if (!userManager.renameRepositoryRole(repositoryName, repository.name)) {
                    throw new GitBlitException(MessageFormat.format(
                            "Failed to rename repository permissions ''{0}'' to ''{1}''.",
                            repositoryName, repository.name));
                }
 
                // rename fork origins in their configs
                if (!ArrayUtils.isEmpty(repository.forks)) {
                    for (String fork : repository.forks) {
                        Repository rf = getRepository(fork);
                        try {
                            StoredConfig config = rf.getConfig();
                            String origin = config.getString("remote", "origin", "url");
                            origin = origin.replace(repositoryName, repository.name);
                            config.setString("remote", "origin", "url", origin);
                            config.setString(Constants.CONFIG_GITBLIT, null, "originRepository", repository.name);
                            config.save();
                        } catch (Exception e) {
                            logger.error("Failed to update repository fork config for " + fork, e);
                        }
                        rf.close();
                    }
                }
 
                // update this repository's origin's fork list
                if (!StringUtils.isEmpty(repository.originRepository)) {
                    String originKey = getRepositoryKey(repository.originRepository);
                    RepositoryModel origin = repositoryListCache.get(originKey);
                    if (origin != null && !ArrayUtils.isEmpty(origin.forks)) {
                        origin.forks.remove(repositoryName);
                        origin.forks.add(repository.name);
                    }
                }
 
                // clear the cache
                clearRepositoryMetadataCache(repositoryName);
                repository.resetDisplayName();
            }
 
            // load repository
            logger.info("edit repository " + repository.name);
            r = getRepository(repository.name);
        }
 
        // update settings
        if (r != null) {
            updateConfiguration(r, repository);
            // Update the description file
            File descFile = new File(r.getDirectory(), "description");
            if (repository.description != null)
            {
                com.gitblit.utils.FileUtils.writeContent(descFile, repository.description);
            }
            else if (descFile.exists() && !descFile.isDirectory()) {
                descFile.delete();
            }
            // only update symbolic head if it changes
            String currentRef = JGitUtils.getHEADRef(r);
            if (!StringUtils.isEmpty(repository.HEAD) && !repository.HEAD.equals(currentRef)) {
                logger.info(MessageFormat.format("Relinking {0} HEAD from {1} to {2}",
                        repository.name, currentRef, repository.HEAD));
                if (JGitUtils.setHEADtoRef(r, repository.HEAD)) {
                    // clear the cache
                    clearRepositoryMetadataCache(repository.name);
                }
            }
 
            // Adjust permissions in case we updated the config files
            JGitUtils.adjustSharedPerm(new File(r.getDirectory().getAbsolutePath(), "config"),
                    settings.getString(Keys.git.createRepositoriesShared, "FALSE"));
            JGitUtils.adjustSharedPerm(new File(r.getDirectory().getAbsolutePath(), "HEAD"),
                    settings.getString(Keys.git.createRepositoriesShared, "FALSE"));
 
            // close the repository object
            r.close();
        }
 
        // update repository cache
        removeFromCachedRepositoryList(repositoryName);
        // model will actually be replaced on next load because config is stale
        addToCachedRepositoryList(repository);
 
        if (isCreate && pluginManager != null) {
            for (RepositoryLifeCycleListener listener : pluginManager.getExtensions(RepositoryLifeCycleListener.class)) {
                try {
                    listener.onCreation(repository);
                } catch (Throwable t) {
                    logger.error(String.format("failed to call plugin onCreation %s", repositoryName), t);
                }
            }
        } else if (isRename && pluginManager != null) {
            for (RepositoryLifeCycleListener listener : pluginManager.getExtensions(RepositoryLifeCycleListener.class)) {
                try {
                    listener.onRename(repositoryName, repository);
                } catch (Throwable t) {
                    logger.error(String.format("failed to call plugin onRename %s", repositoryName), t);
                }
            }
        }
    }
 
    /**
     * Updates the Gitblit configuration for the specified repository.
     *
     * @param r
     *            the Git repository
     * @param repository
     *            the Gitblit repository model
     */
    @Override
    public void updateConfiguration(Repository r, RepositoryModel repository) {
        StoredConfig config = r.getConfig();
        config.setString(Constants.CONFIG_GITBLIT, null, "description", repository.description);
        config.setString(Constants.CONFIG_GITBLIT, null, "originRepository", repository.originRepository);
        config.setString(Constants.CONFIG_GITBLIT, null, "owner", ArrayUtils.toString(repository.owners));
        config.setBoolean(Constants.CONFIG_GITBLIT, null, "acceptNewPatchsets", repository.acceptNewPatchsets);
        config.setBoolean(Constants.CONFIG_GITBLIT, null, "acceptNewTickets", repository.acceptNewTickets);
        if (settings.getBoolean(Keys.tickets.requireApproval, false) == repository.requireApproval) {
            // use default
            config.unset(Constants.CONFIG_GITBLIT, null, "requireApproval");
        } else {
            // override default
            config.setBoolean(Constants.CONFIG_GITBLIT, null, "requireApproval", repository.requireApproval);
        }
        if (!StringUtils.isEmpty(repository.mergeTo)) {
            config.setString(Constants.CONFIG_GITBLIT, null, "mergeTo", repository.mergeTo);
        }
        config.setBoolean(Constants.CONFIG_GITBLIT, null, "useIncrementalPushTags", repository.useIncrementalPushTags);
        if (StringUtils.isEmpty(repository.incrementalPushTagPrefix) ||
                repository.incrementalPushTagPrefix.equals(settings.getString(Keys.git.defaultIncrementalPushTagPrefix, "r"))) {
            config.unset(Constants.CONFIG_GITBLIT, null, "incrementalPushTagPrefix");
        } else {
            config.setString(Constants.CONFIG_GITBLIT, null, "incrementalPushTagPrefix", repository.incrementalPushTagPrefix);
        }
        config.setBoolean(Constants.CONFIG_GITBLIT, null, "allowForks", repository.allowForks);
        config.setString(Constants.CONFIG_GITBLIT, null, "accessRestriction", repository.accessRestriction.name());
        config.setString(Constants.CONFIG_GITBLIT, null, "authorizationControl", repository.authorizationControl.name());
        config.setBoolean(Constants.CONFIG_GITBLIT, null, "verifyCommitter", repository.verifyCommitter);
        config.setBoolean(Constants.CONFIG_GITBLIT, null, "showRemoteBranches", repository.showRemoteBranches);
        config.setBoolean(Constants.CONFIG_GITBLIT, null, "isFrozen", repository.isFrozen);
        config.setBoolean(Constants.CONFIG_GITBLIT, null, "skipSizeCalculation", repository.skipSizeCalculation);
        config.setBoolean(Constants.CONFIG_GITBLIT, null, "skipSummaryMetrics", repository.skipSummaryMetrics);
        config.setString(Constants.CONFIG_GITBLIT, null, "federationStrategy",
                repository.federationStrategy.name());
        config.setBoolean(Constants.CONFIG_GITBLIT, null, "isFederated", repository.isFederated);
        config.setString(Constants.CONFIG_GITBLIT, null, "gcThreshold", repository.gcThreshold);
        if (repository.gcPeriod == settings.getInteger(Keys.git.defaultGarbageCollectionPeriod, 7)) {
            // use default from config
            config.unset(Constants.CONFIG_GITBLIT, null, "gcPeriod");
        } else {
            config.setInt(Constants.CONFIG_GITBLIT, null, "gcPeriod", repository.gcPeriod);
        }
        if (repository.lastGC != null) {
            config.setString(Constants.CONFIG_GITBLIT, null, "lastGC", new SimpleDateFormat(Constants.ISO8601).format(repository.lastGC));
        }
        if (repository.maxActivityCommits == settings.getInteger(Keys.web.maxActivityCommits, 0)) {
            // use default from config
            config.unset(Constants.CONFIG_GITBLIT, null, "maxActivityCommits");
        } else {
            config.setInt(Constants.CONFIG_GITBLIT, null, "maxActivityCommits", repository.maxActivityCommits);
        }
 
        CommitMessageRenderer defaultRenderer = CommitMessageRenderer.fromName(settings.getString(Keys.web.commitMessageRenderer, null));
        if (repository.commitMessageRenderer == null || repository.commitMessageRenderer == defaultRenderer) {
            // use default from config
            config.unset(Constants.CONFIG_GITBLIT, null, "commitMessageRenderer");
        } else {
            // repository overrides default
            config.setString(Constants.CONFIG_GITBLIT, null, "commitMessageRenderer",
                    repository.commitMessageRenderer.name());
        }
 
        updateList(config, "federationSets", repository.federationSets);
        updateList(config, "preReceiveScript", repository.preReceiveScripts);
        updateList(config, "postReceiveScript", repository.postReceiveScripts);
        updateList(config, "mailingList", repository.mailingLists);
        updateList(config, "indexBranch", repository.indexedBranches);
        updateList(config, "metricAuthorExclusions", repository.metricAuthorExclusions);
 
        // User Defined Properties
        if (repository.customFields != null) {
            if (repository.customFields.size() == 0) {
                // clear section
                config.unsetSection(Constants.CONFIG_GITBLIT, Constants.CONFIG_CUSTOM_FIELDS);
            } else {
                for (Entry<String, String> property : repository.customFields.entrySet()) {
                    // set field
                    String key = property.getKey();
                    String value = property.getValue();
                    config.setString(Constants.CONFIG_GITBLIT, Constants.CONFIG_CUSTOM_FIELDS, key, value);
                }
            }
        }
 
        try {
            config.save();
        } catch (IOException e) {
            logger.error("Failed to save repository config!", e);
        }
    }
 
    private void updateList(StoredConfig config, String field, List<String> list) {
        // a null list is skipped, not cleared
        // this is for RPC administration where an older manager might be used
        if (list == null) {
            return;
        }
        if (ArrayUtils.isEmpty(list)) {
            config.unset(Constants.CONFIG_GITBLIT, null, field);
        } else {
            config.setStringList(Constants.CONFIG_GITBLIT, null, field, list);
        }
    }
 
    /**
     * Returns true if the repository can be deleted.
     *
     * @return true if the repository can be deleted
     */
    @Override
    public boolean canDelete(RepositoryModel repository) {
        return settings.getBoolean(Keys.web.allowDeletingNonEmptyRepositories, true)
                    || !repository.hasCommits;
    }
 
    /**
     * Deletes the repository from the file system and removes the repository
     * permission from all repository users.
     *
     * @param model
     * @return true if successful
     */
    @Override
    public boolean deleteRepositoryModel(RepositoryModel model) {
        return deleteRepository(model.name);
    }
 
    /**
     * Deletes the repository from the file system and removes the repository
     * permission from all repository users.
     *
     * @param repositoryName
     * @return true if successful
     */
    @Override
    public boolean deleteRepository(String repositoryName) {
        RepositoryModel repository = getRepositoryModel(repositoryName);
        if (!canDelete(repository)) {
            logger.warn("Attempt to delete {} rejected!", repositoryName);
            return false;
        }
 
        try {
            close(repositoryName);
            // clear the repository cache
            clearRepositoryMetadataCache(repositoryName);
 
            RepositoryModel model = removeFromCachedRepositoryList(repositoryName);
            if (model != null && !ArrayUtils.isEmpty(model.forks)) {
                resetRepositoryListCache();
            }
 
            File folder = new File(repositoriesFolder, repositoryName);
            if (folder.exists() && folder.isDirectory()) {
                FileUtils.delete(folder, FileUtils.RECURSIVE | FileUtils.RETRY);
                if (userManager.deleteRepositoryRole(repositoryName)) {
                    logger.info(MessageFormat.format("Repository \"{0}\" deleted", repositoryName));
 
                    if (pluginManager != null) {
                        for (RepositoryLifeCycleListener listener : pluginManager.getExtensions(RepositoryLifeCycleListener.class)) {
                            try {
                                listener.onDeletion(repository);
                            } catch (Throwable t) {
                                logger.error(String.format("failed to call plugin onDeletion %s", repositoryName), t);
                            }
                        }
                    }
                    return true;
                }
            }
        } catch (Throwable t) {
            logger.error(MessageFormat.format("Failed to delete repository {0}", repositoryName), t);
        }
        return false;
    }
 
    /**
     * Returns the list of all Groovy push hook scripts. Script files must have
     * .groovy extension
     *
     * @return list of available hook scripts
     */
    @Override
    public List<String> getAllScripts() {
        File groovyFolder = getHooksFolder();
        File[] files = groovyFolder.listFiles(new FileFilter() {
            @Override
            public boolean accept(File pathname) {
                return pathname.isFile() && pathname.getName().endsWith(".groovy");
            }
        });
        List<String> scripts = new ArrayList<String>();
        if (files != null) {
            for (File file : files) {
                String script = file.getName().substring(0, file.getName().lastIndexOf('.'));
                scripts.add(script);
            }
        }
        return scripts;
    }
 
    /**
     * Returns the list of pre-receive scripts the repository inherited from the
     * global settings and team affiliations.
     *
     * @param repository
     *            if null only the globally specified scripts are returned
     * @return a list of scripts
     */
    @Override
    public List<String> getPreReceiveScriptsInherited(RepositoryModel repository) {
        Set<String> scripts = new LinkedHashSet<String>();
        // Globals
        for (String script : settings.getStrings(Keys.groovy.preReceiveScripts)) {
            if (script.endsWith(".groovy")) {
                scripts.add(script.substring(0, script.lastIndexOf('.')));
            } else {
                scripts.add(script);
            }
        }
 
        // Team Scripts
        if (repository != null) {
            for (String teamname : userManager.getTeamNamesForRepositoryRole(repository.name)) {
                TeamModel team = userManager.getTeamModel(teamname);
                if (!ArrayUtils.isEmpty(team.preReceiveScripts)) {
                    scripts.addAll(team.preReceiveScripts);
                }
            }
        }
        return new ArrayList<String>(scripts);
    }
 
    /**
     * Returns the list of all available Groovy pre-receive push hook scripts
     * that are not already inherited by the repository. Script files must have
     * .groovy extension
     *
     * @param repository
     *            optional parameter
     * @return list of available hook scripts
     */
    @Override
    public List<String> getPreReceiveScriptsUnused(RepositoryModel repository) {
        Set<String> inherited = new TreeSet<String>(getPreReceiveScriptsInherited(repository));
 
        // create list of available scripts by excluding inherited scripts
        List<String> scripts = new ArrayList<String>();
        for (String script : getAllScripts()) {
            if (!inherited.contains(script)) {
                scripts.add(script);
            }
        }
        return scripts;
    }
 
    /**
     * Returns the list of post-receive scripts the repository inherited from
     * the global settings and team affiliations.
     *
     * @param repository
     *            if null only the globally specified scripts are returned
     * @return a list of scripts
     */
    @Override
    public List<String> getPostReceiveScriptsInherited(RepositoryModel repository) {
        Set<String> scripts = new LinkedHashSet<String>();
        // Global Scripts
        for (String script : settings.getStrings(Keys.groovy.postReceiveScripts)) {
            if (script.endsWith(".groovy")) {
                scripts.add(script.substring(0, script.lastIndexOf('.')));
            } else {
                scripts.add(script);
            }
        }
        // Team Scripts
        if (repository != null) {
            for (String teamname : userManager.getTeamNamesForRepositoryRole(repository.name)) {
                TeamModel team = userManager.getTeamModel(teamname);
                if (!ArrayUtils.isEmpty(team.postReceiveScripts)) {
                    scripts.addAll(team.postReceiveScripts);
                }
            }
        }
        return new ArrayList<String>(scripts);
    }
 
    /**
     * Returns the list of unused Groovy post-receive push hook scripts that are
     * not already inherited by the repository. Script files must have .groovy
     * extension
     *
     * @param repository
     *            optional parameter
     * @return list of available hook scripts
     */
    @Override
    public List<String> getPostReceiveScriptsUnused(RepositoryModel repository) {
        Set<String> inherited = new TreeSet<String>(getPostReceiveScriptsInherited(repository));
 
        // create list of available scripts by excluding inherited scripts
        List<String> scripts = new ArrayList<String>();
        for (String script : getAllScripts()) {
            if (!inherited.contains(script)) {
                scripts.add(script);
            }
        }
        return scripts;
    }
 
    /**
     * Search the specified repositories using the Lucene query.
     *
     * @param query
     * @param page
     * @param pageSize
     * @param repositories
     * @return
     */
    @Override
    public List<SearchResult> search(String query, int page, int pageSize, List<String> repositories) {
        List<SearchResult> srs = luceneExecutor.search(query, page, pageSize, repositories);
        return srs;
    }
 
    protected void configureLuceneIndexing() {
        luceneExecutor = new LuceneService(settings, this, filestoreManager);
        String frequency = settings.getString(Keys.web.luceneFrequency, "2 mins");
        int mins = TimeUtils.convertFrequencyToMinutes(frequency, 2);
        scheduledExecutor.scheduleAtFixedRate(luceneExecutor, 1, mins,  TimeUnit.MINUTES);
        logger.info("Lucene will process indexed branches every {} minutes.", mins);
    }
 
    protected void configureGarbageCollector() {
        // schedule gc engine
        gcExecutor = new GarbageCollectorService(settings, this);
        if (gcExecutor.isReady()) {
            logger.info("Garbage Collector (GC) will scan repositories every 24 hours.");
            Calendar c = Calendar.getInstance();
            c.set(Calendar.HOUR_OF_DAY, settings.getInteger(Keys.git.garbageCollectionHour, 0));
            c.set(Calendar.MINUTE, 0);
            c.set(Calendar.SECOND, 0);
            c.set(Calendar.MILLISECOND, 0);
            Date cd = c.getTime();
            Date now = new Date();
            int delay = 0;
            if (cd.before(now)) {
                c.add(Calendar.DATE, 1);
                cd = c.getTime();
            }
            delay = (int) ((cd.getTime() - now.getTime())/TimeUtils.MIN);
            String when = delay + " mins";
            if (delay > 60) {
                when = MessageFormat.format("{0,number,0.0} hours", delay / 60f);
            }
            logger.info(MessageFormat.format("Next scheculed GC scan is in {0}", when));
            scheduledExecutor.scheduleAtFixedRate(gcExecutor, delay, 60 * 24, TimeUnit.MINUTES);
        } else {
            logger.info("Garbage Collector (GC) is disabled.");
        }
    }
 
    protected void configureMirrorExecutor() {
        mirrorExecutor = new MirrorService(settings, this);
        if (mirrorExecutor.isReady()) {
            int mins = TimeUtils.convertFrequencyToMinutes(settings.getString(Keys.git.mirrorPeriod, "30 mins"), 5);
            int delay = 1;
            scheduledExecutor.scheduleAtFixedRate(mirrorExecutor, delay, mins,  TimeUnit.MINUTES);
            logger.info("Mirror service will fetch updates every {} minutes.", mins);
            logger.info("Next scheduled mirror fetch is in {} minutes", delay);
        } else {
            logger.info("Mirror service is disabled.");
        }
    }
 
    protected void configureJGit() {
        // Configure JGit
        WindowCacheConfig cfg = new WindowCacheConfig();
 
        cfg.setPackedGitWindowSize(settings.getFilesize(Keys.git.packedGitWindowSize, cfg.getPackedGitWindowSize()));
        cfg.setPackedGitLimit(settings.getFilesize(Keys.git.packedGitLimit, cfg.getPackedGitLimit()));
        cfg.setDeltaBaseCacheLimit(settings.getFilesize(Keys.git.deltaBaseCacheLimit, cfg.getDeltaBaseCacheLimit()));
        cfg.setPackedGitOpenFiles(settings.getFilesize(Keys.git.packedGitOpenFiles, cfg.getPackedGitOpenFiles()));
        cfg.setPackedGitMMAP(settings.getBoolean(Keys.git.packedGitMmap, cfg.isPackedGitMMAP()));
 
        try {
            cfg.install();
            logger.debug(MessageFormat.format("{0} = {1,number,0}", Keys.git.packedGitWindowSize, cfg.getPackedGitWindowSize()));
            logger.debug(MessageFormat.format("{0} = {1,number,0}", Keys.git.packedGitLimit, cfg.getPackedGitLimit()));
            logger.debug(MessageFormat.format("{0} = {1,number,0}", Keys.git.deltaBaseCacheLimit, cfg.getDeltaBaseCacheLimit()));
            logger.debug(MessageFormat.format("{0} = {1,number,0}", Keys.git.packedGitOpenFiles, cfg.getPackedGitOpenFiles()));
            logger.debug(MessageFormat.format("{0} = {1}", Keys.git.packedGitMmap, cfg.isPackedGitMMAP()));
        } catch (IllegalArgumentException e) {
            logger.error("Failed to configure JGit parameters!", e);
        }
 
        try {
            // issue-486/ticket-151: UTF-9 & UTF-18
            // issue-560/ticket-237: 'UTF8'
            Field field = RawParseUtils.class.getDeclaredField("encodingAliases");
            field.setAccessible(true);
            Map<String, Charset> encodingAliases = (Map<String, Charset>) field.get(null);
            encodingAliases.put("'utf8'", RawParseUtils.UTF8_CHARSET);
            encodingAliases.put("utf-9", RawParseUtils.UTF8_CHARSET);
            encodingAliases.put("utf-18", RawParseUtils.UTF8_CHARSET);
            logger.info("Alias 'UTF8', UTF-9 & UTF-18 encodings as UTF-8 in JGit");
        } catch (Throwable t) {
            logger.error("Failed to inject UTF-9 & UTF-18 encoding aliases into JGit", t);
        }
    }
 
    protected void configureCommitCache() {
        int daysToCache = settings.getInteger(Keys.web.activityCacheDays, 14);
        if (daysToCache <= 0) {
            logger.info("Commit cache is disabled");
        } else {
            long start = System.nanoTime();
            long repoCount = 0;
            long commitCount = 0;
            logger.info(MessageFormat.format("Preparing {0} day commit cache. please wait...", daysToCache));
            CommitCache.instance().setCacheDays(daysToCache);
            Date cutoff = CommitCache.instance().getCutoffDate();
            for (String repositoryName : getRepositoryList()) {
                RepositoryModel model = getRepositoryModel(repositoryName);
                if (model != null && model.hasCommits && model.lastChange.after(cutoff)) {
                    repoCount++;
                    Repository repository = getRepository(repositoryName);
                    for (RefModel ref : JGitUtils.getLocalBranches(repository, true, -1)) {
                        if (!ref.getDate().after(cutoff)) {
                            // branch not recently updated
                            continue;
                        }
                        List<?> commits = CommitCache.instance().getCommits(repositoryName, repository, ref.getName());
                        if (commits.size() > 0) {
                            logger.info(MessageFormat.format("  cached {0} commits for {1}:{2}",
                                    commits.size(), repositoryName, ref.getName()));
                            commitCount += commits.size();
                        }
                    }
                    repository.close();
                }
            }
            logger.info(MessageFormat.format("built {0} day commit cache of {1} commits across {2} repositories in {3} msecs",
                    daysToCache, commitCount, repoCount, TimeUnit.NANOSECONDS.toMillis(System.nanoTime() - start)));
        }
    }
 
    protected void confirmWriteAccess() {
        try {
            if (!getRepositoriesFolder().exists()) {
                getRepositoriesFolder().mkdirs();
            }
            File file = File.createTempFile(".test-", ".txt", getRepositoriesFolder());
            file.delete();
        } catch (Exception e) {
            logger.error("");
            logger.error(Constants.BORDER2);
            logger.error("Please check filesystem permissions!");
            logger.error("FAILED TO WRITE TO REPOSITORIES FOLDER!!", e);
            logger.error(Constants.BORDER2);
            logger.error("");
        }
    }
}