James Moger
2012-10-31 40b07bca7d02438cd0d660f3b1713ffa86f6df76
src/com/gitblit/utils/JGitUtils.java
@@ -1,168 +1,556 @@
/*
 * Copyright 2011 gitblit.com.
 *
 * Licensed under the Apache License, Version 2.0 (the "License");
 * you may not use this file except in compliance with the License.
 * You may obtain a copy of the License at
 *
 *     http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0
 *
 * Unless required by applicable law or agreed to in writing, software
 * distributed under the License is distributed on an "AS IS" BASIS,
 * WITHOUT WARRANTIES OR CONDITIONS OF ANY KIND, either express or implied.
 * See the License for the specific language governing permissions and
 * limitations under the License.
 */
package com.gitblit.utils;
import java.io.ByteArrayOutputStream;
import java.io.File;
import java.io.IOException;
import java.io.InputStream;
import java.io.RandomAccessFile;
import java.text.DateFormat;
import java.text.ParseException;
import java.text.SimpleDateFormat;
import java.io.OutputStream;
import java.text.MessageFormat;
import java.util.ArrayList;
import java.util.Arrays;
import java.util.Collections;
import java.util.Date;
import java.util.HashMap;
import java.util.List;
import java.util.Map;
import java.util.Set;
import java.util.Map.Entry;
import java.util.regex.Pattern;
import java.util.zip.ZipEntry;
import java.util.zip.ZipOutputStream;
import org.eclipse.jgit.api.CloneCommand;
import org.eclipse.jgit.api.FetchCommand;
import org.eclipse.jgit.api.Git;
import org.eclipse.jgit.api.errors.GitAPIException;
import org.eclipse.jgit.diff.DiffEntry;
import org.eclipse.jgit.diff.DiffEntry.ChangeType;
import org.eclipse.jgit.diff.DiffFormatter;
import org.eclipse.jgit.diff.RawTextComparator;
import org.eclipse.jgit.errors.ConfigInvalidException;
import org.eclipse.jgit.lib.AnyObjectId;
import org.eclipse.jgit.errors.IncorrectObjectTypeException;
import org.eclipse.jgit.errors.MissingObjectException;
import org.eclipse.jgit.errors.StopWalkException;
import org.eclipse.jgit.lib.BlobBasedConfig;
import org.eclipse.jgit.lib.CommitBuilder;
import org.eclipse.jgit.lib.Constants;
import org.eclipse.jgit.lib.FileMode;
import org.eclipse.jgit.lib.ObjectId;
import org.eclipse.jgit.lib.ObjectInserter;
import org.eclipse.jgit.lib.ObjectLoader;
import org.eclipse.jgit.lib.PersonIdent;
import org.eclipse.jgit.lib.Ref;
import org.eclipse.jgit.lib.RefUpdate;
import org.eclipse.jgit.lib.RefUpdate.Result;
import org.eclipse.jgit.lib.Repository;
import org.eclipse.jgit.lib.StoredConfig;
import org.eclipse.jgit.lib.RepositoryCache.FileKey;
import org.eclipse.jgit.lib.TreeFormatter;
import org.eclipse.jgit.revwalk.RevBlob;
import org.eclipse.jgit.revwalk.RevCommit;
import org.eclipse.jgit.revwalk.RevObject;
import org.eclipse.jgit.revwalk.RevSort;
import org.eclipse.jgit.revwalk.RevTree;
import org.eclipse.jgit.revwalk.RevWalk;
import org.eclipse.jgit.revwalk.filter.CommitTimeRevFilter;
import org.eclipse.jgit.revwalk.filter.RevFilter;
import org.eclipse.jgit.storage.file.FileRepository;
import org.eclipse.jgit.transport.CredentialsProvider;
import org.eclipse.jgit.transport.FetchResult;
import org.eclipse.jgit.transport.RefSpec;
import org.eclipse.jgit.treewalk.TreeWalk;
import org.eclipse.jgit.treewalk.filter.AndTreeFilter;
import org.eclipse.jgit.treewalk.filter.OrTreeFilter;
import org.eclipse.jgit.treewalk.filter.PathFilter;
import org.eclipse.jgit.treewalk.filter.PathFilterGroup;
import org.eclipse.jgit.treewalk.filter.PathSuffixFilter;
import org.eclipse.jgit.treewalk.filter.TreeFilter;
import org.eclipse.jgit.util.FS;
import org.eclipse.jgit.util.io.DisabledOutputStream;
import org.slf4j.Logger;
import org.slf4j.LoggerFactory;
import com.gitblit.wicket.models.Metric;
import com.gitblit.wicket.models.PathModel;
import com.gitblit.wicket.models.RefModel;
import com.gitblit.wicket.models.TicketModel;
import com.gitblit.wicket.models.TicketModel.Comment;
import com.gitblit.models.GitNote;
import com.gitblit.models.PathModel;
import com.gitblit.models.PathModel.PathChangeModel;
import com.gitblit.models.RefModel;
import com.gitblit.models.SubmoduleModel;
/**
 * Collection of static methods for retrieving information from a repository.
 *
 * @author James Moger
 *
 */
public class JGitUtils {
   /** Prefix for notes refs */
   public static final String R_NOTES = "refs/notes/";
   static final Logger LOGGER = LoggerFactory.getLogger(JGitUtils.class);
   /** Standard notes ref */
   public static final String R_NOTES_COMMITS = R_NOTES + "commits";
   /**
    * Log an error message and exception.
    *
    * @param t
    * @param repository
    *            if repository is not null it MUST be the {0} parameter in the
    *            pattern.
    * @param pattern
    * @param objects
    */
   private static void error(Throwable t, Repository repository, String pattern, Object... objects) {
      List<Object> parameters = new ArrayList<Object>();
      if (objects != null && objects.length > 0) {
         for (Object o : objects) {
            parameters.add(o);
         }
      }
      if (repository != null) {
         parameters.add(0, repository.getDirectory().getAbsolutePath());
      }
      LOGGER.error(MessageFormat.format(pattern, parameters.toArray()), t);
   }
   private final static Logger LOGGER = LoggerFactory.getLogger(JGitUtils.class);
   /**
    * Returns the displayable name of the person in the form "Real Name <email
    * address>".  If the email address is empty, just "Real Name" is returned.
    *
    * @param person
    * @return "Real Name <email address>" or "Real Name"
    */
   public static String getDisplayName(PersonIdent person) {
      if (StringUtils.isEmpty(person.getEmailAddress())) {
         return person.getName();
      }
      final StringBuilder r = new StringBuilder();
      r.append(person.getName());
      r.append(" <");
      r.append(person.getEmailAddress());
      r.append('>');
      return r.toString().trim();
   }
   public static List<String> getRepositoryList(File repositoriesFolder, boolean exportAll, boolean readNested) {
   /**
    * Encapsulates the result of cloning or pulling from a repository.
    */
   public static class CloneResult {
      public String name;
      public FetchResult fetchResult;
      public boolean createdRepository;
   }
   /**
    * Clone or Fetch a repository. If the local repository does not exist,
    * clone is called. If the repository does exist, fetch is called. By
    * default the clone/fetch retrieves the remote heads, tags, and notes.
    *
    * @param repositoriesFolder
    * @param name
    * @param fromUrl
    * @return CloneResult
    * @throws Exception
    */
   public static CloneResult cloneRepository(File repositoriesFolder, String name, String fromUrl)
         throws Exception {
      return cloneRepository(repositoriesFolder, name, fromUrl, true, null);
   }
   /**
    * Clone or Fetch a repository. If the local repository does not exist,
    * clone is called. If the repository does exist, fetch is called. By
    * default the clone/fetch retrieves the remote heads, tags, and notes.
    *
    * @param repositoriesFolder
    * @param name
    * @param fromUrl
    * @param bare
    * @param credentialsProvider
    * @return CloneResult
    * @throws Exception
    */
   public static CloneResult cloneRepository(File repositoriesFolder, String name, String fromUrl,
         boolean bare, CredentialsProvider credentialsProvider) throws Exception {
      CloneResult result = new CloneResult();
      if (bare) {
         // bare repository, ensure .git suffix
         if (!name.toLowerCase().endsWith(Constants.DOT_GIT_EXT)) {
            name += Constants.DOT_GIT_EXT;
         }
      } else {
         // normal repository, strip .git suffix
         if (name.toLowerCase().endsWith(Constants.DOT_GIT_EXT)) {
            name = name.substring(0, name.indexOf(Constants.DOT_GIT_EXT));
         }
      }
      result.name = name;
      File folder = new File(repositoriesFolder, name);
      if (folder.exists()) {
         File gitDir = FileKey.resolve(new File(repositoriesFolder, name), FS.DETECTED);
         FileRepository repository = new FileRepository(gitDir);
         result.fetchResult = fetchRepository(credentialsProvider, repository);
         repository.close();
      } else {
         CloneCommand clone = new CloneCommand();
         clone.setBare(bare);
         clone.setCloneAllBranches(true);
         clone.setURI(fromUrl);
         clone.setDirectory(folder);
         if (credentialsProvider != null) {
            clone.setCredentialsProvider(credentialsProvider);
         }
         Repository repository = clone.call().getRepository();
         // Now we have to fetch because CloneCommand doesn't fetch
         // refs/notes nor does it allow manual RefSpec.
         result.createdRepository = true;
         result.fetchResult = fetchRepository(credentialsProvider, repository);
         repository.close();
      }
      return result;
   }
   /**
    * Fetch updates from the remote repository. If refSpecs is unspecifed,
    * remote heads, tags, and notes are retrieved.
    *
    * @param credentialsProvider
    * @param repository
    * @param refSpecs
    * @return FetchResult
    * @throws Exception
    */
   public static FetchResult fetchRepository(CredentialsProvider credentialsProvider,
         Repository repository, RefSpec... refSpecs) throws Exception {
      Git git = new Git(repository);
      FetchCommand fetch = git.fetch();
      List<RefSpec> specs = new ArrayList<RefSpec>();
      if (refSpecs == null || refSpecs.length == 0) {
         specs.add(new RefSpec("+refs/heads/*:refs/remotes/origin/*"));
         specs.add(new RefSpec("+refs/tags/*:refs/tags/*"));
         specs.add(new RefSpec("+refs/notes/*:refs/notes/*"));
      } else {
         specs.addAll(Arrays.asList(refSpecs));
      }
      if (credentialsProvider != null) {
         fetch.setCredentialsProvider(credentialsProvider);
      }
      fetch.setRefSpecs(specs);
      FetchResult fetchRes = fetch.call();
      return fetchRes;
   }
   /**
    * Creates a bare repository.
    *
    * @param repositoriesFolder
    * @param name
    * @return Repository
    */
   public static Repository createRepository(File repositoriesFolder, String name) {
      try {
         Git git = Git.init().setDirectory(new File(repositoriesFolder, name)).setBare(true).call();
         return git.getRepository();
      } catch (GitAPIException e) {
         throw new RuntimeException(e);
      }
   }
   /**
    * Returns a list of repository names in the specified folder.
    *
    * @param repositoriesFolder
    * @param onlyBare
    *            if true, only bare repositories repositories are listed. If
    *            false all repositories are included.
    * @param searchSubfolders
    *            recurse into subfolders to find grouped repositories
    * @param depth
    *            optional recursion depth, -1 = infinite recursion
    * @param exclusions
    *            list of regex exclusions for matching to folder names
    * @return list of repository names
    */
   public static List<String> getRepositoryList(File repositoriesFolder, boolean onlyBare,
         boolean searchSubfolders, int depth, List<String> exclusions) {
      List<String> list = new ArrayList<String>();
      list.addAll(getNestedRepositories(repositoriesFolder, repositoriesFolder, exportAll, readNested));
      Collections.sort(list);
      if (repositoriesFolder == null || !repositoriesFolder.exists()) {
         return list;
      }
      List<Pattern> patterns = new ArrayList<Pattern>();
      if (!ArrayUtils.isEmpty(exclusions)) {
         for (String regex : exclusions) {
            patterns.add(Pattern.compile(regex));
         }
      }
      list.addAll(getRepositoryList(repositoriesFolder.getAbsolutePath(), repositoriesFolder,
            onlyBare, searchSubfolders, depth, patterns));
      StringUtils.sortRepositorynames(list);
      return list;
   }
   public static List<String> getNestedRepositories(File repositoriesFolder, File folder, boolean exportAll, boolean readNested) {
      String basefile = repositoriesFolder.getAbsolutePath();
   /**
    * Recursive function to find git repositories.
    *
    * @param basePath
    *            basePath is stripped from the repository name as repositories
    *            are relative to this path
    * @param searchFolder
    * @param onlyBare
    *            if true only bare repositories will be listed. if false all
    *            repositories are included.
    * @param searchSubfolders
    *            recurse into subfolders to find grouped repositories
    * @param depth
    *            recursion depth, -1 = infinite recursion
    * @param patterns
    *            list of regex patterns for matching to folder names
    * @return
    */
   private static List<String> getRepositoryList(String basePath, File searchFolder,
         boolean onlyBare, boolean searchSubfolders, int depth, List<Pattern> patterns) {
      File baseFile = new File(basePath);
      List<String> list = new ArrayList<String>();
      for (File file : folder.listFiles()) {
         if (file.isDirectory() && !file.getName().equalsIgnoreCase(Constants.DOT_GIT)) {
            // if this is a git repository add it to the list
            File gitFolder = new File(file, Constants.DOT_GIT);
            boolean isGitRepository = gitFolder.exists() && gitFolder.isDirectory();
            boolean exportRepository = isGitRepository && (exportAll || new File(gitFolder, "git-daemon-export-ok").exists());
            if (exportRepository) {
               // determine repository name relative to repositories folder
               String filename = file.getAbsolutePath();
               String repo = filename.substring(basefile.length()).replace('\\', '/');
               if (repo.charAt(0) == '/') {
                  repo = repo.substring(1);
      if (depth == 0) {
         return list;
      }
      int nextDepth = (depth == -1) ? -1 : depth - 1;
      for (File file : searchFolder.listFiles()) {
         if (file.isDirectory()) {
            boolean exclude = false;
            for (Pattern pattern : patterns) {
               String path = FileUtils.getRelativePath(baseFile, file).replace('\\',  '/');
               if (pattern.matcher(path).matches()) {
                  LOGGER.debug(MessageFormat.format("excluding {0} because of rule {1}", path, pattern.pattern()));
                  exclude = true;
                  break;
               }
               list.add(repo);
            }
            if (exclude) {
               // skip to next file
               continue;
            }
            // look for nested repositories
            if (readNested) {
               list.addAll(getNestedRepositories(repositoriesFolder, file, exportAll, readNested));
            File gitDir = FileKey.resolve(new File(searchFolder, file.getName()), FS.DETECTED);
            if (gitDir != null) {
               if (onlyBare && gitDir.getName().equals(".git")) {
                  continue;
               }
               if (gitDir.equals(file) || gitDir.getParentFile().equals(file)) {
                  // determine repository name relative to base path
                  String repository = FileUtils.getRelativePath(baseFile, file);
                  list.add(repository);
               } else if (searchSubfolders && file.canRead()) {
                  // look for repositories in subfolders
                  list.addAll(getRepositoryList(basePath, file, onlyBare, searchSubfolders,
                        nextDepth, patterns));
               }
            } else if (searchSubfolders && file.canRead()) {
               // look for repositories in subfolders
               list.addAll(getRepositoryList(basePath, file, onlyBare, searchSubfolders,
                     nextDepth, patterns));
            }
         }
      }
      return list;
   }
   public static Date getLastChange(Repository r) {
      RevCommit commit = getCommit(r, Constants.HEAD);
      return getCommitDate(commit);
   }
   public static RevCommit getCommit(Repository r, String objectId) {
   /**
    * Returns the first commit on a branch. If the repository does not exist or
    * is empty, null is returned.
    *
    * @param repository
    * @param branch
    *            if unspecified, HEAD is assumed.
    * @return RevCommit
    */
   public static RevCommit getFirstCommit(Repository repository, String branch) {
      if (!hasCommits(repository)) {
         return null;
      }
      RevCommit commit = null;
      try {
         if (objectId == null || objectId.trim().length() == 0) {
            objectId = Constants.HEAD;
         // resolve branch
         ObjectId branchObject;
         if (StringUtils.isEmpty(branch)) {
            branchObject = getDefaultBranch(repository);
         } else {
            branchObject = repository.resolve(branch);
         }
         ObjectId object = r.resolve(objectId);
         RevWalk walk = new RevWalk(r);
         RevCommit rev = walk.parseCommit(object);
         commit = rev;
         RevWalk walk = new RevWalk(repository);
         walk.sort(RevSort.REVERSE);
         RevCommit head = walk.parseCommit(branchObject);
         walk.markStart(head);
         commit = walk.next();
         walk.dispose();
      } catch (Throwable t) {
         LOGGER.error("Failed to determine last change", t);
         error(t, repository, "{0} failed to determine first commit");
      }
      return commit;
   }
   public static Map<ObjectId, List<String>> getAllRefs(Repository r) {
      Map<ObjectId, List<String>> refs = new HashMap<ObjectId, List<String>>();
      Map<AnyObjectId, Set<Ref>> allRefs = r.getAllRefsByPeeledObjectId();
      for (AnyObjectId id : allRefs.keySet()) {
         List<String> list = new ArrayList<String>();
         for (Ref setRef : allRefs.get(id)) {
            String name = setRef.getName();
            list.add(name);
   /**
    * Returns the date of the first commit on a branch. If the repository does
    * not exist, Date(0) is returned. If the repository does exist bit is
    * empty, the last modified date of the repository folder is returned.
    *
    * @param repository
    * @param branch
    *            if unspecified, HEAD is assumed.
    * @return Date of the first commit on a branch
    */
   public static Date getFirstChange(Repository repository, String branch) {
      RevCommit commit = getFirstCommit(repository, branch);
      if (commit == null) {
         if (repository == null || !repository.getDirectory().exists()) {
            return new Date(0);
         }
         refs.put(id.toObjectId(), list);
         // fresh repository
         return new Date(repository.getDirectory().lastModified());
      }
      return refs;
   }
   public static Map<ObjectId, List<String>> getRefs(Repository r, String baseRef) {
      Map<ObjectId, List<String>> refs = new HashMap<ObjectId, List<String>>();
      Map<AnyObjectId, Set<Ref>> allRefs = r.getAllRefsByPeeledObjectId();
      for (AnyObjectId id : allRefs.keySet()) {
         List<String> list = new ArrayList<String>();
         for (Ref setRef : allRefs.get(id)) {
            String name = setRef.getName();
            if (name.startsWith(baseRef)) {
               list.add(name);
            }
         }
         refs.put(id.toObjectId(), list);
      }
      return refs;
      return getCommitDate(commit);
   }
   /**
    * Lookup an entry stored in a tree, failing if not present.
    * Determine if a repository has any commits. This is determined by checking
    * the for loose and packed objects.
    * 
    * @param tree
    *            the tree to search.
    * @param path
    *            the path to find the entry of.
    * @return the parsed object entry at this path
    * @throws Exception
    * @param repository
    * @return true if the repository has commits
    */
   public static RevObject getRevObject(Repository r, final RevTree tree, final String path) {
      RevObject ro = null;
      RevWalk rw = new RevWalk(r);
      TreeWalk tw = new TreeWalk(r);
      tw.setFilter(PathFilterGroup.createFromStrings(Collections.singleton(path)));
   public static boolean hasCommits(Repository repository) {
      if (repository != null && repository.getDirectory().exists()) {
         return (new File(repository.getDirectory(), "objects").list().length > 2)
               || (new File(repository.getDirectory(), "objects/pack").list().length > 0);
      }
      return false;
   }
   /**
    * Returns the date of the most recent commit on a branch. If the repository
    * does not exist Date(0) is returned. If it does exist but is empty, the
    * last modified date of the repository folder is returned.
    *
    * @param repository
    * @return
    */
   public static Date getLastChange(Repository repository) {
      if (!hasCommits(repository)) {
         // null repository
         if (repository == null) {
            return new Date(0);
         }
         // fresh repository
         return new Date(repository.getDirectory().lastModified());
      }
      List<RefModel> branchModels = getLocalBranches(repository, true, -1);
      if (branchModels.size() > 0) {
         // find most recent branch update
         Date lastChange = new Date(0);
         for (RefModel branchModel : branchModels) {
            if (branchModel.getDate().after(lastChange)) {
               lastChange = branchModel.getDate();
            }
         }
         return lastChange;
      }
      // default to the repository folder modification date
      return new Date(repository.getDirectory().lastModified());
   }
   /**
    * Retrieves a Java Date from a Git commit.
    *
    * @param commit
    * @return date of the commit or Date(0) if the commit is null
    */
   public static Date getCommitDate(RevCommit commit) {
      if (commit == null) {
         return new Date(0);
      }
      return new Date(commit.getCommitTime() * 1000L);
   }
   /**
    * Retrieves a Java Date from a Git commit.
    *
    * @param commit
    * @return date of the commit or Date(0) if the commit is null
    */
   public static Date getAuthorDate(RevCommit commit) {
      if (commit == null) {
         return new Date(0);
      }
      return commit.getAuthorIdent().getWhen();
   }
   /**
    * Returns the specified commit from the repository. If the repository does
    * not exist or is empty, null is returned.
    *
    * @param repository
    * @param objectId
    *            if unspecified, HEAD is assumed.
    * @return RevCommit
    */
   public static RevCommit getCommit(Repository repository, String objectId) {
      if (!hasCommits(repository)) {
         return null;
      }
      RevCommit commit = null;
      try {
         // resolve object id
         ObjectId branchObject;
         if (StringUtils.isEmpty(objectId)) {
            branchObject = getDefaultBranch(repository);
         } else {
            branchObject = repository.resolve(objectId);
         }
         RevWalk walk = new RevWalk(repository);
         RevCommit rev = walk.parseCommit(branchObject);
         commit = rev;
         walk.dispose();
      } catch (Throwable t) {
         error(t, repository, "{0} failed to get commit {1}", objectId);
      }
      return commit;
   }
   /**
    * Retrieves the raw byte content of a file in the specified tree.
    *
    * @param repository
    * @param tree
    *            if null, the RevTree from HEAD is assumed.
    * @param path
    * @return content as a byte []
    */
   public static byte[] getByteContent(Repository repository, RevTree tree, final String path) {
      RevWalk rw = new RevWalk(repository);
      TreeWalk tw = new TreeWalk(repository);
      tw.setFilter(PathFilterGroup.createFromStrings(Collections.singleton(path)));
      byte[] content = null;
      try {
         if (tree == null) {
            ObjectId object = getDefaultBranch(repository);
            RevCommit commit = rw.parseCommit(object);
            tree = commit.getTree();
         }
         tw.reset(tree);
         while (tw.next()) {
            if (tw.isSubtree() && !path.equals(tw.getPathString())) {
@@ -171,267 +559,317 @@
            }
            ObjectId entid = tw.getObjectId(0);
            FileMode entmode = tw.getFileMode(0);
            ro = rw.lookupAny(entid, entmode.getObjectType());
            rw.parseBody(ro);
            if (entmode != FileMode.GITLINK) {
               RevObject ro = rw.lookupAny(entid, entmode.getObjectType());
               rw.parseBody(ro);
               ByteArrayOutputStream os = new ByteArrayOutputStream();
               ObjectLoader ldr = repository.open(ro.getId(), Constants.OBJ_BLOB);
               byte[] tmp = new byte[4096];
               InputStream in = ldr.openStream();
               int n;
               while ((n = in.read(tmp)) > 0) {
                  os.write(tmp, 0, n);
               }
               in.close();
               content = os.toByteArray();
            }
         }
      } catch (Throwable t) {
         LOGGER.error("Can't find " + path + " in tree " + tree.name(), t);
         error(t, repository, "{0} can't find {1} in tree {2}", path, tree.name());
      } finally {
         if (rw != null) {
            rw.dispose();
         }
         rw.dispose();
         tw.release();
      }
      return ro;
      return content;
   }
   public static byte[] getRawContent(Repository r, RevBlob blob) {
      ByteArrayOutputStream os = new ByteArrayOutputStream();
   /**
    * Returns the UTF-8 string content of a file in the specified tree.
    *
    * @param repository
    * @param tree
    *            if null, the RevTree from HEAD is assumed.
    * @param blobPath
    * @param charsets optional
    * @return UTF-8 string content
    */
   public static String getStringContent(Repository repository, RevTree tree, String blobPath, String... charsets) {
      byte[] content = getByteContent(repository, tree, blobPath);
      if (content == null) {
         return null;
      }
      return StringUtils.decodeString(content, charsets);
   }
   /**
    * Gets the raw byte content of the specified blob object.
    *
    * @param repository
    * @param objectId
    * @return byte [] blob content
    */
   public static byte[] getByteContent(Repository repository, String objectId) {
      RevWalk rw = new RevWalk(repository);
      byte[] content = null;
      try {
         ObjectLoader ldr = r.open(blob.getId(), Constants.OBJ_BLOB);
         byte[] tmp = new byte[1024];
         RevBlob blob = rw.lookupBlob(ObjectId.fromString(objectId));
         rw.parseBody(blob);
         ByteArrayOutputStream os = new ByteArrayOutputStream();
         ObjectLoader ldr = repository.open(blob.getId(), Constants.OBJ_BLOB);
         byte[] tmp = new byte[4096];
         InputStream in = ldr.openStream();
         int n;
         while ((n = in.read(tmp)) > 0) {
            os.write(tmp, 0, n);
         }
         in.close();
         content = os.toByteArray();
      } catch (Throwable t) {
         LOGGER.error("Failed to read raw content", t);
         error(t, repository, "{0} can't find blob {1}", objectId);
      } finally {
         rw.dispose();
      }
      return os.toByteArray();
      return content;
   }
   public static String getRawContentAsString(Repository r, RevBlob blob) {
      return new String(getRawContent(r, blob));
   /**
    * Gets the UTF-8 string content of the blob specified by objectId.
    *
    * @param repository
    * @param objectId
    * @param charsets optional
    * @return UTF-8 string content
    */
   public static String getStringContent(Repository repository, String objectId, String... charsets) {
      byte[] content = getByteContent(repository, objectId);
      if (content == null) {
         return null;
      }
      return StringUtils.decodeString(content, charsets);
   }
   public static String getRawContentAsString(Repository r, RevCommit commit, String blobPath) {
      RevObject obj = getRevObject(r, commit.getTree(), blobPath);
      return new String(getRawContent(r, (RevBlob) obj));
   }
   public static List<PathModel> getFilesInPath(Repository r, String basePath, String objectId) {
      RevCommit commit = getCommit(r, objectId);
      return getFilesInPath(r, basePath, commit);
   }
   public static List<PathModel> getFilesInPath(Repository r, String basePath, RevCommit commit) {
   /**
    * Returns the list of files in the specified folder at the specified
    * commit. If the repository does not exist or is empty, an empty list is
    * returned.
    *
    * @param repository
    * @param path
    *            if unspecified, root folder is assumed.
    * @param commit
    *            if null, HEAD is assumed.
    * @return list of files in specified path
    */
   public static List<PathModel> getFilesInPath(Repository repository, String path,
         RevCommit commit) {
      List<PathModel> list = new ArrayList<PathModel>();
      final TreeWalk walk = new TreeWalk(r);
      if (!hasCommits(repository)) {
         return list;
      }
      if (commit == null) {
         commit = getCommit(repository, null);
      }
      final TreeWalk tw = new TreeWalk(repository);
      try {
         walk.addTree(commit.getTree());
         if (basePath != null && basePath.length() > 0) {
            PathFilter f = PathFilter.create(basePath);
            walk.setFilter(f);
            walk.setRecursive(false);
         tw.addTree(commit.getTree());
         if (!StringUtils.isEmpty(path)) {
            PathFilter f = PathFilter.create(path);
            tw.setFilter(f);
            tw.setRecursive(false);
            boolean foundFolder = false;
            while (walk.next()) {
               if (!foundFolder && walk.isSubtree()) {
                  walk.enterSubtree();
            while (tw.next()) {
               if (!foundFolder && tw.isSubtree()) {
                  tw.enterSubtree();
               }
               if (walk.getPathString().equals(basePath)) {
               if (tw.getPathString().equals(path)) {
                  foundFolder = true;
                  continue;
               }
               if (foundFolder) {
                  list.add(getPathModel(walk, basePath, commit));
                  list.add(getPathModel(tw, path, commit));
               }
            }
         } else {
            walk.setRecursive(false);
            while (walk.next()) {
               list.add(getPathModel(walk, null, commit));
            tw.setRecursive(false);
            while (tw.next()) {
               list.add(getPathModel(tw, null, commit));
            }
         }
      } catch (IOException e) {
         LOGGER.error("Failed to get files for commit " + commit.getName(), e);
         error(e, repository, "{0} failed to get files for commit {1}", commit.getName());
      } finally {
         walk.release();
         tw.release();
      }
      Collections.sort(list);
      return list;
   }
   public static List<PathModel> getFilesInCommit(Repository r, String commitId) {
      RevCommit commit = getCommit(r, commitId);
      return getFilesInCommit(r, commit);
   }
   public static List<PathModel> getFilesInCommit(Repository r, RevCommit commit) {
      List<PathModel> list = new ArrayList<PathModel>();
   /**
    * Returns the list of files changed in a specified commit. If the
    * repository does not exist or is empty, an empty list is returned.
    *
    * @param repository
    * @param commit
    *            if null, HEAD is assumed.
    * @return list of files changed in a commit
    */
   public static List<PathChangeModel> getFilesInCommit(Repository repository, RevCommit commit) {
      List<PathChangeModel> list = new ArrayList<PathChangeModel>();
      if (!hasCommits(repository)) {
         return list;
      }
      RevWalk rw = new RevWalk(repository);
      try {
         final RevWalk rw = new RevWalk(r);
         RevCommit parent = rw.parseCommit(commit.getParent(0).getId());
         RevTree parentTree = parent.getTree();
         RevTree commitTree = commit.getTree();
         if (commit == null) {
            ObjectId object = getDefaultBranch(repository);
            commit = rw.parseCommit(object);
         }
         final TreeWalk walk = new TreeWalk(r);
         walk.reset();
         walk.setRecursive(true);
         walk.addTree(parentTree);
         walk.addTree(commitTree);
         walk.setFilter(TreeFilter.ANY_DIFF);
         if (commit.getParentCount() == 0) {
            TreeWalk tw = new TreeWalk(repository);
            tw.reset();
            tw.setRecursive(true);
            tw.addTree(commit.getTree());
            while (tw.next()) {
               list.add(new PathChangeModel(tw.getPathString(), tw.getPathString(), 0, tw
                     .getRawMode(0), tw.getObjectId(0).getName(), commit.getId().getName(),
                     ChangeType.ADD));
            }
            tw.release();
         } else {
            RevCommit parent = rw.parseCommit(commit.getParent(0).getId());
            DiffFormatter df = new DiffFormatter(DisabledOutputStream.INSTANCE);
            df.setRepository(repository);
            df.setDiffComparator(RawTextComparator.DEFAULT);
            df.setDetectRenames(true);
            List<DiffEntry> diffs = df.scan(parent.getTree(), commit.getTree());
            for (DiffEntry diff : diffs) {
               String objectId = null;
               if (FileMode.GITLINK.equals(diff.getNewMode())) {
                  objectId = diff.getNewId().name();
               }
         RawTextComparator cmp = RawTextComparator.DEFAULT;
         DiffFormatter df = new DiffFormatter(DisabledOutputStream.INSTANCE);
         df.setRepository(r);
         df.setDiffComparator(cmp);
         df.setDetectRenames(true);
         List<DiffEntry> diffs = df.scan(parentTree, commitTree);
         for (DiffEntry diff : diffs) {
            list.add(new PathModel(diff.getNewPath(), diff.getNewPath(), 0, diff.getNewMode().getBits(), commit.getId().getName()));
               if (diff.getChangeType().equals(ChangeType.DELETE)) {
                  list.add(new PathChangeModel(diff.getOldPath(), diff.getOldPath(), 0, diff
                        .getNewMode().getBits(), objectId, commit.getId().getName(), diff
                        .getChangeType()));
               } else if (diff.getChangeType().equals(ChangeType.RENAME)) {
                  list.add(new PathChangeModel(diff.getOldPath(), diff.getNewPath(), 0, diff
                        .getNewMode().getBits(), objectId, commit.getId().getName(), diff
                        .getChangeType()));
               } else {
                  list.add(new PathChangeModel(diff.getNewPath(), diff.getNewPath(), 0, diff
                        .getNewMode().getBits(), objectId, commit.getId().getName(), diff
                        .getChangeType()));
               }
            }
         }
      } catch (Throwable t) {
         LOGGER.error("failed to determine files in commit!", t);
         error(t, repository, "{0} failed to determine files in commit!");
      } finally {
         rw.dispose();
      }
      return list;
   }
   public static String getCommitDiff(Repository r, RevCommit commit, boolean outputHtml) {
      return getCommitDiff(r, null, commit, null, outputHtml);
   /**
    * Returns the list of files in the repository on the default branch that
    * match one of the specified extensions. This is a CASE-SENSITIVE search.
    * If the repository does not exist or is empty, an empty list is returned.
    *
    * @param repository
    * @param extensions
    * @return list of files in repository with a matching extension
    */
   public static List<PathModel> getDocuments(Repository repository, List<String> extensions) {
      return getDocuments(repository, extensions, null);
   }
   public static String getCommitDiff(Repository r, RevCommit commit, String path, boolean outputHtml) {
      return getCommitDiff(r, null, commit, path, outputHtml);
   }
   public static String getCommitDiff(Repository r, RevCommit baseCommit, RevCommit commit, boolean outputHtml) {
      return getCommitDiff(r, baseCommit, commit, null, outputHtml);
   }
   public static String getCommitDiff(Repository r, RevCommit baseCommit, RevCommit commit, String path, boolean outputHtml) {
   /**
    * Returns the list of files in the repository in the specified commit that
    * match one of the specified extensions. This is a CASE-SENSITIVE search.
    * If the repository does not exist or is empty, an empty list is returned.
    *
    * @param repository
    * @param extensions
    * @param objectId
    * @return list of files in repository with a matching extension
    */
   public static List<PathModel> getDocuments(Repository repository, List<String> extensions,
         String objectId) {
      List<PathModel> list = new ArrayList<PathModel>();
      if (!hasCommits(repository)) {
         return list;
      }
      RevCommit commit = getCommit(repository, objectId);
      final TreeWalk tw = new TreeWalk(repository);
      try {
         RevTree baseTree;
         if (baseCommit == null) {
            final RevWalk rw = new RevWalk(r);
            RevCommit parent = rw.parseCommit(commit.getParent(0).getId());
            rw.dispose();
            baseTree = parent.getTree();
         } else {
            baseTree = baseCommit.getTree();
         }
         RevTree commitTree = commit.getTree();
         final TreeWalk walk = new TreeWalk(r);
         walk.reset();
         walk.setRecursive(true);
         walk.addTree(baseTree);
         walk.addTree(commitTree);
         walk.setFilter(TreeFilter.ANY_DIFF);
         final ByteArrayOutputStream os = new ByteArrayOutputStream();
         RawTextComparator cmp = RawTextComparator.DEFAULT;
         DiffFormatter df;
         if (outputHtml) {
            df = new HtmlDiffFormatter(os);
         } else {
            df = new DiffFormatter(os);
         }
         df.setRepository(r);
         df.setDiffComparator(cmp);
         df.setDetectRenames(true);
         List<DiffEntry> diffs = df.scan(baseTree, commitTree);
         if (path != null && path.length() > 0) {
            for (DiffEntry diff : diffs) {
               if (diff.getNewPath().equalsIgnoreCase(path)) {
                  df.format(diff);
                  break;
         tw.addTree(commit.getTree());
         if (extensions != null && extensions.size() > 0) {
            List<TreeFilter> suffixFilters = new ArrayList<TreeFilter>();
            for (String extension : extensions) {
               if (extension.charAt(0) == '.') {
                  suffixFilters.add(PathSuffixFilter.create("\\" + extension));
               } else {
                  // escape the . since this is a regexp filter
                  suffixFilters.add(PathSuffixFilter.create("\\." + extension));
               }
            }
         } else {
            df.format(diffs);
         }
         String diff;
         if (outputHtml) {
            // workaround for complex private methods in DiffFormatter
            diff = ((HtmlDiffFormatter) df).getHtml();
         } else {
            diff = os.toString();
         }
         df.flush();
         return diff;
      } catch (Throwable t) {
         LOGGER.error("failed to generate commit diff!", t);
      }
      return null;
   }
   public static String getCommitPatch(Repository r, RevCommit commit) {
      return getCommitPatch(r, commit);
   }
   public static String getCommitPatch(Repository r, RevCommit commit, String path) {
      return getCommitPatch(r, null, commit, path);
   }
   public static String getCommitPatch(Repository r, RevCommit baseCommit, RevCommit commit, String path) {
      try {
         RevTree baseTree;
         if (baseCommit == null) {
            final RevWalk rw = new RevWalk(r);
            RevCommit parent = rw.parseCommit(commit.getParent(0).getId());
            baseTree = parent.getTree();
         } else {
            baseTree = baseCommit.getTree();
         }
         RevTree commitTree = commit.getTree();
         final TreeWalk walk = new TreeWalk(r);
         walk.reset();
         walk.setRecursive(true);
         walk.addTree(baseTree);
         walk.addTree(commitTree);
         walk.setFilter(TreeFilter.ANY_DIFF);
         final ByteArrayOutputStream os = new ByteArrayOutputStream();
         RawTextComparator cmp = RawTextComparator.DEFAULT;
         PatchFormatter df = new PatchFormatter(os);
         df.setRepository(r);
         df.setDiffComparator(cmp);
         df.setDetectRenames(true);
         List<DiffEntry> diffs = df.scan(baseTree, commitTree);
         if (path != null && path.length() > 0) {
            for (DiffEntry diff : diffs) {
               if (diff.getNewPath().equalsIgnoreCase(path)) {
                  df.format(diff);
                  break;
               }
            TreeFilter filter;
            if (suffixFilters.size() == 1) {
               filter = suffixFilters.get(0);
            } else {
               filter = OrTreeFilter.create(suffixFilters);
            }
         } else {
            df.format(diffs);
            tw.setFilter(filter);
            tw.setRecursive(true);
         }
         String diff = df.getPatch(commit);
         df.flush();
         return diff;
      } catch (Throwable t) {
         LOGGER.error("failed to generate commit diff!", t);
         while (tw.next()) {
            list.add(getPathModel(tw, null, commit));
         }
      } catch (IOException e) {
         error(e, repository, "{0} failed to get documents for commit {1}", commit.getName());
      } finally {
         tw.release();
      }
      return null;
      Collections.sort(list);
      return list;
   }
   private static PathModel getPathModel(TreeWalk walk, String basePath, RevCommit commit) {
   /**
    * Returns a path model of the current file in the treewalk.
    *
    * @param tw
    * @param basePath
    * @param commit
    * @return a path model of the current file in the treewalk
    */
   private static PathModel getPathModel(TreeWalk tw, String basePath, RevCommit commit) {
      String name;
      long size = 0;
      if (basePath == null) {
         name = walk.getPathString();
      if (StringUtils.isEmpty(basePath)) {
         name = tw.getPathString();
      } else {
         try {
            name = walk.getPathString().substring(basePath.length() + 1);
         } catch (Throwable t) {
            name = walk.getPathString();
         }
         name = tw.getPathString().substring(basePath.length() + 1);
      }
      ObjectId objectId = tw.getObjectId(0);
      try {
         if (!walk.isSubtree()) {
            size = walk.getObjectReader().getObjectSize(walk.getObjectId(0), Constants.OBJ_BLOB);
         if (!tw.isSubtree() && (tw.getFileMode(0) != FileMode.GITLINK)) {
            size = tw.getObjectReader().getObjectSize(objectId, Constants.OBJ_BLOB);
         }
      } catch (Throwable t) {
         LOGGER.error("Failed to retrieve blob size", t);
         error(t, null, "failed to retrieve blob size for " + tw.getPathString());
      }
      return new PathModel(name, walk.getPathString(), size, walk.getFileMode(0).getBits(), commit.getName());
      return new PathModel(name, tw.getPathString(), size, tw.getFileMode(0).getBits(),
            objectId.getName(), commit.getName());
   }
   /**
    * Returns a permissions representation of the mode bits.
    *
    * @param mode
    * @return string representation of the mode bits
    */
   public static String getPermissionsFromMode(int mode) {
      if (FileMode.TREE.equals(mode)) {
         return "drwxr-xr-x";
@@ -440,46 +878,130 @@
      } else if (FileMode.EXECUTABLE_FILE.equals(mode)) {
         return "-rwxr-xr-x";
      } else if (FileMode.SYMLINK.equals(mode)) {
         // FIXME symlink permissions
         return "symlink";
      } else if (FileMode.GITLINK.equals(mode)) {
         // FIXME gitlink permissions
         return "gitlink";
      } else if (FileMode.MISSING.equals(mode)) {
         // FIXME missing permissions
         return "missing";
         return "submodule";
      }
      return "" + mode;
      return "missing";
   }
   public static boolean isTreeFromMode(int mode) {
      return FileMode.TREE.equals(mode);
   }
   public static List<RevCommit> getRevLog(Repository r, int maxCount) {
      return getRevLog(r, Constants.HEAD, 0, maxCount);
   }
   public static List<RevCommit> getRevLog(Repository r, String objectId, int offset, int maxCount) {
      return getRevLog(r, objectId, null, offset, maxCount);
   }
   public static List<RevCommit> getRevLog(Repository r, String objectId, String path, int offset, int maxCount) {
   /**
    * Returns a list of commits since the minimum date starting from the
    * specified object id.
    *
    * @param repository
    * @param objectId
    *            if unspecified, HEAD is assumed.
    * @param minimumDate
    * @return list of commits
    */
   public static List<RevCommit> getRevLog(Repository repository, String objectId, Date minimumDate) {
      List<RevCommit> list = new ArrayList<RevCommit>();
      if (!hasCommits(repository)) {
         return list;
      }
      try {
         if (objectId == null || objectId.trim().length() == 0) {
            objectId = Constants.HEAD;
         // resolve branch
         ObjectId branchObject;
         if (StringUtils.isEmpty(objectId)) {
            branchObject = getDefaultBranch(repository);
         } else {
            branchObject = repository.resolve(objectId);
         }
         RevWalk walk = new RevWalk(r);
         ObjectId object = r.resolve(objectId);
         walk.markStart(walk.parseCommit(object));
         RevWalk rw = new RevWalk(repository);
         rw.markStart(rw.parseCommit(branchObject));
         rw.setRevFilter(CommitTimeRevFilter.after(minimumDate));
         Iterable<RevCommit> revlog = rw;
         for (RevCommit rev : revlog) {
            list.add(rev);
         }
         rw.dispose();
      } catch (Throwable t) {
         error(t, repository, "{0} failed to get {1} revlog for minimum date {2}", objectId,
               minimumDate);
      }
      return list;
   }
   /**
    * Returns a list of commits starting from HEAD and working backwards.
    *
    * @param repository
    * @param maxCount
    *            if < 0, all commits for the repository are returned.
    * @return list of commits
    */
   public static List<RevCommit> getRevLog(Repository repository, int maxCount) {
      return getRevLog(repository, null, 0, maxCount);
   }
   /**
    * Returns a list of commits starting from the specified objectId using an
    * offset and maxCount for paging. This is similar to LIMIT n OFFSET p in
    * SQL. If the repository does not exist or is empty, an empty list is
    * returned.
    *
    * @param repository
    * @param objectId
    *            if unspecified, HEAD is assumed.
    * @param offset
    * @param maxCount
    *            if < 0, all commits are returned.
    * @return a paged list of commits
    */
   public static List<RevCommit> getRevLog(Repository repository, String objectId, int offset,
         int maxCount) {
      return getRevLog(repository, objectId, null, offset, maxCount);
   }
   /**
    * Returns a list of commits for the repository or a path within the
    * repository. Caller may specify ending revision with objectId. Caller may
    * specify offset and maxCount to achieve pagination of results. If the
    * repository does not exist or is empty, an empty list is returned.
    *
    * @param repository
    * @param objectId
    *            if unspecified, HEAD is assumed.
    * @param path
    *            if unspecified, commits for repository are returned. If
    *            specified, commits for the path are returned.
    * @param offset
    * @param maxCount
    *            if < 0, all commits are returned.
    * @return a paged list of commits
    */
   public static List<RevCommit> getRevLog(Repository repository, String objectId, String path,
         int offset, int maxCount) {
      List<RevCommit> list = new ArrayList<RevCommit>();
      if (maxCount == 0) {
         return list;
      }
      if (!hasCommits(repository)) {
         return list;
      }
      try {
         // resolve branch
         ObjectId branchObject;
         if (StringUtils.isEmpty(objectId)) {
            branchObject = getDefaultBranch(repository);
         } else {
            branchObject = repository.resolve(objectId);
         }
         if (branchObject == null) {
            return list;
         }
         RevWalk rw = new RevWalk(repository);
         rw.markStart(rw.parseCommit(branchObject));
         if (!StringUtils.isEmpty(path)) {
            TreeFilter filter = AndTreeFilter.create(PathFilterGroup
                  .createFromStrings(Collections.singleton(path)),
            TreeFilter filter = AndTreeFilter.create(
                  PathFilterGroup.createFromStrings(Collections.singleton(path)),
                  TreeFilter.ANY_DIFF);
            walk.setTreeFilter(filter);
            rw.setTreeFilter(filter);
         }
         Iterable<RevCommit> revlog = walk;
         Iterable<RevCommit> revlog = rw;
         if (offset > 0) {
            int count = 0;
            for (RevCommit rev : revlog) {
@@ -499,243 +1021,772 @@
               }
            }
         }
         walk.dispose();
         rw.dispose();
      } catch (Throwable t) {
         LOGGER.error("Failed to determine last change", t);
         error(t, repository, "{0} failed to get {1} revlog for path {2}", objectId, path);
      }
      return list;
   }
   public static List<RefModel> getTags(Repository r, int maxCount) {
      return getRefs(r, Constants.R_TAGS, maxCount);
   }
   public static List<RefModel> getLocalBranches(Repository r, int maxCount) {
      return getRefs(r, Constants.R_HEADS, maxCount);
   }
   public static List<RefModel> getRemoteBranches(Repository r, int maxCount) {
      return getRefs(r, Constants.R_REMOTES, maxCount);
   }
   public static List<RefModel> getRefs(Repository r, String refs, int maxCount) {
      List<RefModel> list = new ArrayList<RefModel>();
   /**
    * Returns a list of commits for the repository within the range specified
    * by startRangeId and endRangeId. If the repository does not exist or is
    * empty, an empty list is returned.
    *
    * @param repository
    * @param startRangeId
    *            the first commit (not included in results)
    * @param endRangeId
    *            the end commit (included in results)
    * @return a list of commits
    */
   public static List<RevCommit> getRevLog(Repository repository, String startRangeId,
         String endRangeId) {
      List<RevCommit> list = new ArrayList<RevCommit>();
      if (!hasCommits(repository)) {
         return list;
      }
      try {
         Map<String, Ref> map = r.getRefDatabase().getRefs(refs);
         for (String name : map.keySet()) {
            Ref ref = map.get(name);
            RevCommit commit = getCommit(r, ref.getObjectId().getName());
            list.add(new RefModel(name, ref, commit));
         ObjectId endRange = repository.resolve(endRangeId);
         ObjectId startRange = repository.resolve(startRangeId);
         RevWalk rw = new RevWalk(repository);
         rw.markStart(rw.parseCommit(endRange));
         if (startRange.equals(ObjectId.zeroId())) {
            // maybe this is a tag or an orphan branch
            list.add(rw.parseCommit(endRange));
            rw.dispose();
            return list;
         } else {
            rw.markUninteresting(rw.parseCommit(startRange));
         }
         Iterable<RevCommit> revlog = rw;
         for (RevCommit rev : revlog) {
            list.add(rev);
         }
         rw.dispose();
      } catch (Throwable t) {
         error(t, repository, "{0} failed to get revlog for {1}..{2}", startRangeId, endRangeId);
      }
      return list;
   }
   /**
    * Search the commit history for a case-insensitive match to the value.
    * Search results require a specified SearchType of AUTHOR, COMMITTER, or
    * COMMIT. Results may be paginated using offset and maxCount. If the
    * repository does not exist or is empty, an empty list is returned.
    *
    * @param repository
    * @param objectId
    *            if unspecified, HEAD is assumed.
    * @param value
    * @param type
    *            AUTHOR, COMMITTER, COMMIT
    * @param offset
    * @param maxCount
    *            if < 0, all matches are returned
    * @return matching list of commits
    */
   public static List<RevCommit> searchRevlogs(Repository repository, String objectId,
         String value, final com.gitblit.Constants.SearchType type, int offset, int maxCount) {
      final String lcValue = value.toLowerCase();
      List<RevCommit> list = new ArrayList<RevCommit>();
      if (maxCount == 0) {
         return list;
      }
      if (!hasCommits(repository)) {
         return list;
      }
      try {
         // resolve branch
         ObjectId branchObject;
         if (StringUtils.isEmpty(objectId)) {
            branchObject = getDefaultBranch(repository);
         } else {
            branchObject = repository.resolve(objectId);
         }
         RevWalk rw = new RevWalk(repository);
         rw.setRevFilter(new RevFilter() {
            @Override
            public RevFilter clone() {
               // FindBugs complains about this method name.
               // This is part of JGit design and unrelated to Cloneable.
               return this;
            }
            @Override
            public boolean include(RevWalk walker, RevCommit commit) throws StopWalkException,
                  MissingObjectException, IncorrectObjectTypeException, IOException {
               boolean include = false;
               switch (type) {
               case AUTHOR:
                  include = (commit.getAuthorIdent().getName().toLowerCase().indexOf(lcValue) > -1)
                        || (commit.getAuthorIdent().getEmailAddress().toLowerCase()
                              .indexOf(lcValue) > -1);
                  break;
               case COMMITTER:
                  include = (commit.getCommitterIdent().getName().toLowerCase()
                        .indexOf(lcValue) > -1)
                        || (commit.getCommitterIdent().getEmailAddress().toLowerCase()
                              .indexOf(lcValue) > -1);
                  break;
               case COMMIT:
                  include = commit.getFullMessage().toLowerCase().indexOf(lcValue) > -1;
                  break;
               }
               return include;
            }
         });
         rw.markStart(rw.parseCommit(branchObject));
         Iterable<RevCommit> revlog = rw;
         if (offset > 0) {
            int count = 0;
            for (RevCommit rev : revlog) {
               count++;
               if (count > offset) {
                  list.add(rev);
                  if (maxCount > 0 && list.size() == maxCount) {
                     break;
                  }
               }
            }
         } else {
            for (RevCommit rev : revlog) {
               list.add(rev);
               if (maxCount > 0 && list.size() == maxCount) {
                  break;
               }
            }
         }
         rw.dispose();
      } catch (Throwable t) {
         error(t, repository, "{0} failed to {1} search revlogs for {2}", type.name(), value);
      }
      return list;
   }
   /**
    * Returns the default branch to use for a repository. Normally returns
    * whatever branch HEAD points to, but if HEAD points to nothing it returns
    * the most recently updated branch.
    *
    * @param repository
    * @return the objectid of a branch
    * @throws Exception
    */
   public static ObjectId getDefaultBranch(Repository repository) throws Exception {
      ObjectId object = repository.resolve(Constants.HEAD);
      if (object == null) {
         // no HEAD
         // perhaps non-standard repository, try local branches
         List<RefModel> branchModels = getLocalBranches(repository, true, -1);
         if (branchModels.size() > 0) {
            // use most recently updated branch
            RefModel branch = null;
            Date lastDate = new Date(0);
            for (RefModel branchModel : branchModels) {
               if (branchModel.getDate().after(lastDate)) {
                  branch = branchModel;
                  lastDate = branch.getDate();
               }
            }
            object = branch.getReferencedObjectId();
         }
      }
      return object;
   }
   /**
    * Returns the target of the symbolic HEAD reference for a repository.
    * Normally returns a branch reference name, but when HEAD is detached,
    * the commit is matched against the known tags. The most recent matching
    * tag ref name will be returned if it references the HEAD commit. If
    * no match is found, the SHA1 is returned.
    *
    * @param repository
    * @return the ref name or the SHA1 for a detached HEAD
    */
   public static String getHEADRef(Repository repository) {
      String target = null;
      try {
         target = repository.getFullBranch();
         if (!target.startsWith(Constants.R_HEADS)) {
            // refers to an actual commit, probably a tag
            // find latest tag that matches the commit, if any
            List<RefModel> tagModels = getTags(repository, true, -1);
            if (tagModels.size() > 0) {
               RefModel tag = null;
               Date lastDate = new Date(0);
               for (RefModel tagModel : tagModels) {
                  if (tagModel.getReferencedObjectId().getName().equals(target) &&
                        tagModel.getDate().after(lastDate)) {
                     tag = tagModel;
                     lastDate = tag.getDate();
                  }
               }
               target = tag.getName();
            }
         }
      } catch (Throwable t) {
         error(t, repository, "{0} failed to get symbolic HEAD target");
      }
      return target;
   }
   /**
    * Sets the symbolic ref HEAD to the specified target ref. The
    * HEAD will be detached if the target ref is not a branch.
    *
    * @param repository
    * @param targetRef
    * @return true if successful
    */
   public static boolean setHEADtoRef(Repository repository, String targetRef) {
      try {
          // detach HEAD if target ref is not a branch
         boolean detach = !targetRef.startsWith(Constants.R_HEADS);
         RefUpdate.Result result;
         RefUpdate head = repository.updateRef(Constants.HEAD, detach);
         if (detach) { // Tag
            RevCommit commit = getCommit(repository, targetRef);
            head.setNewObjectId(commit.getId());
            result = head.forceUpdate();
         } else {
            result = head.link(targetRef);
         }
         switch (result) {
         case NEW:
         case FORCED:
         case NO_CHANGE:
         case FAST_FORWARD:
            return true;
         default:
            LOGGER.error(MessageFormat.format("{0} HEAD update to {1} returned result {2}",
                  repository.getDirectory().getAbsolutePath(), targetRef, result));
         }
      } catch (Throwable t) {
         error(t, repository, "{0} failed to set HEAD to {1}", targetRef);
      }
      return false;
   }
   /**
    * Sets the local branch ref to point to the specified commit id.
    *
    * @param repository
    * @param branch
    * @param commitId
    * @return true if successful
    */
   public static boolean setBranchRef(Repository repository, String branch, String commitId) {
      String branchName = branch;
      if (!branchName.startsWith(Constants.R_HEADS)) {
         branchName = Constants.R_HEADS + branch;
      }
      try {
         RefUpdate refUpdate = repository.updateRef(branchName, false);
         refUpdate.setNewObjectId(ObjectId.fromString(commitId));
         RefUpdate.Result result = refUpdate.forceUpdate();
         switch (result) {
         case NEW:
         case FORCED:
         case NO_CHANGE:
         case FAST_FORWARD:
            return true;
         default:
            LOGGER.error(MessageFormat.format("{0} {1} update to {2} returned result {3}",
                  repository.getDirectory().getAbsolutePath(), branchName, commitId, result));
         }
      } catch (Throwable t) {
         error(t, repository, "{0} failed to set {1} to {2}", branchName, commitId);
      }
      return false;
   }
   /**
    * Deletes the specified branch ref.
    *
    * @param repository
    * @param branch
    * @return true if successful
    */
   public static boolean deleteBranchRef(Repository repository, String branch) {
      String branchName = branch;
      if (!branchName.startsWith(Constants.R_HEADS)) {
         branchName = Constants.R_HEADS + branch;
      }
      try {
         RefUpdate refUpdate = repository.updateRef(branchName, false);
         refUpdate.setForceUpdate(true);
         RefUpdate.Result result = refUpdate.delete();
         switch (result) {
         case NEW:
         case FORCED:
         case NO_CHANGE:
         case FAST_FORWARD:
            return true;
         default:
            LOGGER.error(MessageFormat.format("{0} failed to delete to {1} returned result {2}",
                  repository.getDirectory().getAbsolutePath(), branchName, result));
         }
      } catch (Throwable t) {
         error(t, repository, "{0} failed to delete {1}", branchName);
      }
      return false;
   }
   /**
    * Get the full branch and tag ref names for any potential HEAD targets.
    *
    * @param repository
    * @return a list of ref names
    */
   public static List<String> getAvailableHeadTargets(Repository repository) {
      List<String> targets = new ArrayList<String>();
      for (RefModel branchModel : JGitUtils.getLocalBranches(repository, true, -1)) {
         targets.add(branchModel.getName());
      }
      for (RefModel tagModel : JGitUtils.getTags(repository, true, -1)) {
         targets.add(tagModel.getName());
      }
      return targets;
   }
   /**
    * Returns all refs grouped by their associated object id.
    *
    * @param repository
    * @return all refs grouped by their referenced object id
    */
   public static Map<ObjectId, List<RefModel>> getAllRefs(Repository repository) {
      return getAllRefs(repository, true);
   }
   /**
    * Returns all refs grouped by their associated object id.
    *
    * @param repository
    * @param includeRemoteRefs
    * @return all refs grouped by their referenced object id
    */
   public static Map<ObjectId, List<RefModel>> getAllRefs(Repository repository, boolean includeRemoteRefs) {
      List<RefModel> list = getRefs(repository, org.eclipse.jgit.lib.RefDatabase.ALL, true, -1);
      Map<ObjectId, List<RefModel>> refs = new HashMap<ObjectId, List<RefModel>>();
      for (RefModel ref : list) {
         if (!includeRemoteRefs && ref.getName().startsWith(Constants.R_REMOTES)) {
            continue;
         }
         ObjectId objectid = ref.getReferencedObjectId();
         if (!refs.containsKey(objectid)) {
            refs.put(objectid, new ArrayList<RefModel>());
         }
         refs.get(objectid).add(ref);
      }
      return refs;
   }
   /**
    * Returns the list of tags in the repository. If repository does not exist
    * or is empty, an empty list is returned.
    *
    * @param repository
    * @param fullName
    *            if true, /refs/tags/yadayadayada is returned. If false,
    *            yadayadayada is returned.
    * @param maxCount
    *            if < 0, all tags are returned
    * @return list of tags
    */
   public static List<RefModel> getTags(Repository repository, boolean fullName, int maxCount) {
      return getRefs(repository, Constants.R_TAGS, fullName, maxCount);
   }
   /**
    * Returns the list of local branches in the repository. If repository does
    * not exist or is empty, an empty list is returned.
    *
    * @param repository
    * @param fullName
    *            if true, /refs/heads/yadayadayada is returned. If false,
    *            yadayadayada is returned.
    * @param maxCount
    *            if < 0, all local branches are returned
    * @return list of local branches
    */
   public static List<RefModel> getLocalBranches(Repository repository, boolean fullName,
         int maxCount) {
      return getRefs(repository, Constants.R_HEADS, fullName, maxCount);
   }
   /**
    * Returns the list of remote branches in the repository. If repository does
    * not exist or is empty, an empty list is returned.
    *
    * @param repository
    * @param fullName
    *            if true, /refs/remotes/yadayadayada is returned. If false,
    *            yadayadayada is returned.
    * @param maxCount
    *            if < 0, all remote branches are returned
    * @return list of remote branches
    */
   public static List<RefModel> getRemoteBranches(Repository repository, boolean fullName,
         int maxCount) {
      return getRefs(repository, Constants.R_REMOTES, fullName, maxCount);
   }
   /**
    * Returns the list of note branches. If repository does not exist or is
    * empty, an empty list is returned.
    *
    * @param repository
    * @param fullName
    *            if true, /refs/notes/yadayadayada is returned. If false,
    *            yadayadayada is returned.
    * @param maxCount
    *            if < 0, all note branches are returned
    * @return list of note branches
    */
   public static List<RefModel> getNoteBranches(Repository repository, boolean fullName,
         int maxCount) {
      return getRefs(repository, Constants.R_NOTES, fullName, maxCount);
   }
   /**
    * Returns a list of references in the repository matching "refs". If the
    * repository is null or empty, an empty list is returned.
    *
    * @param repository
    * @param refs
    *            if unspecified, all refs are returned
    * @param fullName
    *            if true, /refs/something/yadayadayada is returned. If false,
    *            yadayadayada is returned.
    * @param maxCount
    *            if < 0, all references are returned
    * @return list of references
    */
   private static List<RefModel> getRefs(Repository repository, String refs, boolean fullName,
         int maxCount) {
      List<RefModel> list = new ArrayList<RefModel>();
      if (maxCount == 0) {
         return list;
      }
      if (!hasCommits(repository)) {
         return list;
      }
      try {
         Map<String, Ref> map = repository.getRefDatabase().getRefs(refs);
         RevWalk rw = new RevWalk(repository);
         for (Entry<String, Ref> entry : map.entrySet()) {
            Ref ref = entry.getValue();
            RevObject object = rw.parseAny(ref.getObjectId());
            String name = entry.getKey();
            if (fullName && !StringUtils.isEmpty(refs)) {
               name = refs + name;
            }
            list.add(new RefModel(name, ref, object));
         }
         rw.dispose();
         Collections.sort(list);
         Collections.reverse(list);
         if (maxCount > 0 && list.size() > maxCount) {
            list = new ArrayList<RefModel>(list.subList(0, maxCount));
         }
      } catch (IOException e) {
         LOGGER.error("Failed to retrieve " + refs, e);
         error(e, repository, "{0} failed to retrieve {1}", refs);
      }
      return list;
   }
   public static Ref getRef(Repository r, String id) {
   /**
    * Returns a RefModel for the gh-pages branch in the repository. If the
    * branch can not be found, null is returned.
    *
    * @param repository
    * @return a refmodel for the gh-pages branch or null
    */
   public static RefModel getPagesBranch(Repository repository) {
      return getBranch(repository, "gh-pages");
   }
   /**
    * Returns a RefModel for a specific branch name in the repository. If the
    * branch can not be found, null is returned.
    *
    * @param repository
    * @return a refmodel for the branch or null
    */
   public static RefModel getBranch(Repository repository, String name) {
      RefModel branch = null;
      try {
         Map<String, Ref> map = r.getRefDatabase().getRefs(id);
         for (String name : map.keySet()) {
            return map.get(name);
         }
      } catch (IOException e) {
         LOGGER.error("Failed to retrieve ref " + id, e);
      }
      return null;
   }
   public static Date getCommitDate(RevCommit commit) {
      return new Date(commit.getCommitTime() * 1000l);
   }
   public static String getDisplayName(PersonIdent person) {
      final StringBuilder r = new StringBuilder();
      r.append(person.getName());
      r.append(" <");
      r.append(person.getEmailAddress());
      r.append(">");
      return r.toString();
   }
   public static String getRepositoryDescription(Repository r) {
      File dir = r.getDirectory();
      if (dir.exists()) {
         File description = new File(dir, "description");
         if (description.exists() && description.length() > 0) {
            RandomAccessFile raf = null;
            try {
               raf = new RandomAccessFile(description, "r");
               byte[] buffer = new byte[(int) description.length()];
               raf.readFully(buffer);
               return new String(buffer);
            } catch (Throwable t) {
            } finally {
               try {
                  raf.close();
               } catch (Throwable t) {
               }
            }
         }
      }
      return "";
   }
   public static String getRepositoryOwner(Repository r) {
      StoredConfig c = readConfig(r);
      if (c == null) {
         return "";
      }
      String o = c.getString("gitweb", null, "owner");
      return o == null ? "" : o;
   }
   private static StoredConfig readConfig(Repository r) {
      StoredConfig c = r.getConfig();
      if (c != null) {
         try {
            c.load();
         } catch (ConfigInvalidException cex) {
            LOGGER.error("Repository configuration is invalid!", cex);
         } catch (IOException cex) {
            LOGGER.error("Could not open repository configuration!", cex);
         }
         return c;
      }
      return null;
   }
   public static List<Metric> getDateMetrics(Repository r) {
      final List<RefModel> tags = getTags(r, -1);
      final Map<String, Metric> map = new HashMap<String, Metric>();
      try {
         DateFormat df = new SimpleDateFormat("yyyy-MM");
         RevWalk walk = new RevWalk(r);
         ObjectId object = r.resolve(Constants.HEAD);
         walk.markStart(walk.parseCommit(object));
         Iterable<RevCommit> revlog = walk;
         for (RevCommit rev : revlog) {
            Date d = getCommitDate(rev);
            String p = df.format(d);
            if (!map.containsKey(p))
               map.put(p, new Metric(p));
            map.get(p).count++;
         }
      } catch (Throwable t) {
         LOGGER.error("Failed to mine log history for metrics", t);
      }
      List<String> keys = new ArrayList<String>(map.keySet());
      Collections.sort(keys);
      List<Metric> metrics = new ArrayList<Metric>();
      for (String key : keys) {
         metrics.add(map.get(key));
      }
      return metrics;
   }
   public static RefModel getTicketsBranch(Repository r) {
      RefModel ticgitBranch = null;
      try {
         // search for ticgit branch in local heads
         for (RefModel ref : getLocalBranches(r, -1)) {
            if (ref.getDisplayName().endsWith("ticgit")) {
               ticgitBranch = ref;
         // search for the branch in local heads
         for (RefModel ref : JGitUtils.getLocalBranches(repository, false, -1)) {
            if (ref.displayName.endsWith(name)) {
               branch = ref;
               break;
            }
         }
         // search for ticgit branch in remote heads
         if (ticgitBranch == null) {
            for (RefModel ref : getRemoteBranches(r, -1)) {
               if (ref.getDisplayName().endsWith("ticgit")) {
                  ticgitBranch = ref;
         // search for the branch in remote heads
         if (branch == null) {
            for (RefModel ref : JGitUtils.getRemoteBranches(repository, false, -1)) {
               if (ref.displayName.endsWith(name)) {
                  branch = ref;
                  break;
               }
            }
         }
      } catch (Throwable t) {
         LOGGER.error("Failed to find ticgit branch!", t);
         LOGGER.error(MessageFormat.format("Failed to find {0} branch!", name), t);
      }
      return ticgitBranch;
      return branch;
   }
   public static List<TicketModel> getTickets(Repository r) {
      RefModel ticgitBranch = getTicketsBranch(r);
      List<PathModel> paths = getFilesInPath(r, null, ticgitBranch.getCommit());
      List<TicketModel> tickets = new ArrayList<TicketModel>();
      for (PathModel ticketFolder : paths) {
         if (ticketFolder.isTree()) {
            try {
               TicketModel t = new TicketModel(ticketFolder.name);
               readTicketContents(r, ticgitBranch, t);
               tickets.add(t);
            } catch (Throwable t) {
               LOGGER.error("Failed to get a ticket!", t);
            }
   /**
    * Returns the list of submodules for this repository.
    *
    * @param repository
    * @param commit
    * @return list of submodules
    */
   public static List<SubmoduleModel> getSubmodules(Repository repository, String commitId) {
      RevCommit commit = getCommit(repository, commitId);
      return getSubmodules(repository, commit.getTree());
   }
   /**
    * Returns the list of submodules for this repository.
    *
    * @param repository
    * @param commit
    * @return list of submodules
    */
   public static List<SubmoduleModel> getSubmodules(Repository repository, RevTree tree) {
      List<SubmoduleModel> list = new ArrayList<SubmoduleModel>();
      byte [] blob = getByteContent(repository, tree, ".gitmodules");
      if (blob == null) {
         return list;
      }
      try {
         BlobBasedConfig config = new BlobBasedConfig(repository.getConfig(), blob);
         for (String module : config.getSubsections("submodule")) {
            String path = config.getString("submodule", module, "path");
            String url = config.getString("submodule", module, "url");
            list.add(new SubmoduleModel(module, path, url));
         }
      } catch (ConfigInvalidException e) {
         LOGGER.error("Failed to load .gitmodules file for " + repository.getDirectory(), e);
      }
      Collections.sort(tickets);
      Collections.reverse(tickets);
      return tickets;
      return list;
   }
   public static TicketModel getTicket(Repository r, String ticketFolder) {
      RefModel ticketsBranch = getTicketsBranch(r);
      if (ticketsBranch != null) {
         try {
            TicketModel ticket = new TicketModel(ticketFolder);
            readTicketContents(r, ticketsBranch, ticket);
            return ticket;
         } catch (Throwable t) {
            LOGGER.error("Failed to get ticket " + ticketFolder, t);
   /**
    * Returns the submodule definition for the specified path at the specified
    * commit.  If no module is defined for the path, null is returned.
    *
    * @param repository
    * @param commit
    * @param path
    * @return a submodule definition or null if there is no submodule
    */
   public static SubmoduleModel getSubmoduleModel(Repository repository, String commitId, String path) {
      for (SubmoduleModel model : getSubmodules(repository, commitId)) {
         if (model.path.equals(path)) {
            return model;
         }
      }
      return null;
   }
   private static void readTicketContents(Repository r, RefModel ticketsBranch, TicketModel ticket) {
      List<PathModel> ticketFiles = getFilesInPath(r, ticket.name, ticketsBranch.getCommit());
      for (PathModel file : ticketFiles) {
         String content = getRawContentAsString(r, ticketsBranch.getCommit(), file.path).trim();
         if (file.name.equals("TICKET_ID")) {
            ticket.id = content;
         } else if (file.name.equals("TITLE")) {
            ticket.title = content;
         } else {
            String[] chunks = file.name.split("_");
            if (chunks[0].equals("ASSIGNED")) {
               ticket.handler = content;
            } else if (chunks[0].equals("COMMENT")) {
               try {
                  Comment c = new Comment(file.name, content);
                  ticket.comments.add(c);
               } catch (ParseException e) {
                  e.printStackTrace();
               }
            } else if (chunks[0].equals("TAG")) {
               if (content.startsWith("TAG_")) {
                  ticket.tags.add(content.substring(4));
               } else {
                  ticket.tags.add(content);
               }
            } else if (chunks[0].equals("STATE")) {
               ticket.state = content;
            }
   /**
    * Returns the list of notes entered about the commit from the refs/notes
    * namespace. If the repository does not exist or is empty, an empty list is
    * returned.
    *
    * @param repository
    * @param commit
    * @return list of notes
    */
   public static List<GitNote> getNotesOnCommit(Repository repository, RevCommit commit) {
      List<GitNote> list = new ArrayList<GitNote>();
      if (!hasCommits(repository)) {
         return list;
      }
      List<RefModel> noteBranches = getNoteBranches(repository, true, -1);
      for (RefModel notesRef : noteBranches) {
         RevTree notesTree = JGitUtils.getCommit(repository, notesRef.getName()).getTree();
         // flat notes list
         String notePath = commit.getName();
         String text = getStringContent(repository, notesTree, notePath);
         if (!StringUtils.isEmpty(text)) {
            List<RevCommit> history = getRevLog(repository, notesRef.getName(), notePath, 0, -1);
            RefModel noteRef = new RefModel(notesRef.displayName, null, history.get(history
                  .size() - 1));
            GitNote gitNote = new GitNote(noteRef, text);
            list.add(gitNote);
            continue;
         }
         // folder structure
         StringBuilder sb = new StringBuilder(commit.getName());
         sb.insert(2, '/');
         notePath = sb.toString();
         text = getStringContent(repository, notesTree, notePath);
         if (!StringUtils.isEmpty(text)) {
            List<RevCommit> history = getRevLog(repository, notesRef.getName(), notePath, 0, -1);
            RefModel noteRef = new RefModel(notesRef.displayName, null, history.get(history
                  .size() - 1));
            GitNote gitNote = new GitNote(noteRef, text);
            list.add(gitNote);
         }
      }
      Collections.sort(ticket.comments);
      return list;
   }
   public static String getTicketContent(Repository r, String filePath) {
      RefModel ticketsBranch = getTicketsBranch(r);
      if (ticketsBranch != null) {
         return getRawContentAsString(r, ticketsBranch.getCommit(), filePath);
   /**
    * Create an orphaned branch in a repository.
    *
    * @param repository
    * @param branchName
    * @param author
    *            if unspecified, Gitblit will be the author of this new branch
    * @return true if successful
    */
   public static boolean createOrphanBranch(Repository repository, String branchName,
         PersonIdent author) {
      boolean success = false;
      String message = "Created branch " + branchName;
      if (author == null) {
         author = new PersonIdent("Gitblit", "gitblit@localhost");
      }
      return "";
      try {
         ObjectInserter odi = repository.newObjectInserter();
         try {
            // Create a blob object to insert into a tree
            ObjectId blobId = odi.insert(Constants.OBJ_BLOB,
                  message.getBytes(Constants.CHARACTER_ENCODING));
            // Create a tree object to reference from a commit
            TreeFormatter tree = new TreeFormatter();
            tree.append(".branch", FileMode.REGULAR_FILE, blobId);
            ObjectId treeId = odi.insert(tree);
            // Create a commit object
            CommitBuilder commit = new CommitBuilder();
            commit.setAuthor(author);
            commit.setCommitter(author);
            commit.setEncoding(Constants.CHARACTER_ENCODING);
            commit.setMessage(message);
            commit.setTreeId(treeId);
            // Insert the commit into the repository
            ObjectId commitId = odi.insert(commit);
            odi.flush();
            RevWalk revWalk = new RevWalk(repository);
            try {
               RevCommit revCommit = revWalk.parseCommit(commitId);
               if (!branchName.startsWith("refs/")) {
                  branchName = "refs/heads/" + branchName;
               }
               RefUpdate ru = repository.updateRef(branchName);
               ru.setNewObjectId(commitId);
               ru.setRefLogMessage("commit: " + revCommit.getShortMessage(), false);
               Result rc = ru.forceUpdate();
               switch (rc) {
               case NEW:
               case FORCED:
               case FAST_FORWARD:
                  success = true;
                  break;
               default:
                  success = false;
               }
            } finally {
               revWalk.release();
            }
         } finally {
            odi.release();
         }
      } catch (Throwable t) {
         error(t, repository, "Failed to create orphan branch {1} in repository {0}", branchName);
      }
      return success;
   }
   /**
    * Zips the contents of the tree at the (optionally) specified revision and
    * the (optionally) specified basepath to the supplied outputstream.
    *
    * @param repository
    * @param basePath
    *            if unspecified, entire repository is assumed.
    * @param objectId
    *            if unspecified, HEAD is assumed.
    * @param os
    * @return true if repository was successfully zipped to supplied output
    *         stream
    */
   public static boolean zip(Repository repository, String basePath, String objectId,
         OutputStream os) {
      RevCommit commit = getCommit(repository, objectId);
      if (commit == null) {
         return false;
      }
      boolean success = false;
      RevWalk rw = new RevWalk(repository);
      TreeWalk tw = new TreeWalk(repository);
      try {
         tw.addTree(commit.getTree());
         ZipOutputStream zos = new ZipOutputStream(os);
         zos.setComment("Generated by Gitblit");
         if (!StringUtils.isEmpty(basePath)) {
            PathFilter f = PathFilter.create(basePath);
            tw.setFilter(f);
         }
         tw.setRecursive(true);
         while (tw.next()) {
            if (tw.getFileMode(0) == FileMode.GITLINK) {
               continue;
            }
            ZipEntry entry = new ZipEntry(tw.getPathString());
            entry.setSize(tw.getObjectReader().getObjectSize(tw.getObjectId(0),
                  Constants.OBJ_BLOB));
            entry.setComment(commit.getName());
            zos.putNextEntry(entry);
            ObjectId entid = tw.getObjectId(0);
            FileMode entmode = tw.getFileMode(0);
            RevBlob blob = (RevBlob) rw.lookupAny(entid, entmode.getObjectType());
            rw.parseBody(blob);
            ObjectLoader ldr = repository.open(blob.getId(), Constants.OBJ_BLOB);
            byte[] tmp = new byte[4096];
            InputStream in = ldr.openStream();
            int n;
            while ((n = in.read(tmp)) > 0) {
               zos.write(tmp, 0, n);
            }
            in.close();
         }
         zos.finish();
         success = true;
      } catch (IOException e) {
         error(e, repository, "{0} failed to zip files from commit {1}", commit.getName());
      } finally {
         tw.release();
         rw.dispose();
      }
      return success;
   }
}