Strip folder name and .git from repo links in the project view

James Moger

2012-09-10 fabe060d3a435f116128851f828e35c2af5fde67

 src/com/gitblit/GitBlit.java

@@ -30,18 +30,21 @@
import java.util.Collections;

import java.util.Date;

import java.util.HashMap;

import java.util.LinkedHashMap;

import java.util.LinkedHashSet;

import java.util.List;

import java.util.Map;

import java.util.Map.Entry;

import java.util.Set;

import java.util.TimeZone;

import java.util.TreeMap;

import java.util.TreeSet;

import java.util.concurrent.ConcurrentHashMap;

import java.util.concurrent.Executors;

import java.util.concurrent.ScheduledExecutorService;

import java.util.concurrent.TimeUnit;

import java.util.concurrent.atomic.AtomicInteger;

import java.util.concurrent.atomic.AtomicReference;



import javax.mail.Message;

import javax.mail.MessagingException;

@@ -55,6 +58,10 @@
import org.eclipse.jgit.lib.Repository;

import org.eclipse.jgit.lib.RepositoryCache.FileKey;

import org.eclipse.jgit.lib.StoredConfig;

import org.eclipse.jgit.storage.file.FileBasedConfig;

import org.eclipse.jgit.storage.file.WindowCache;

import org.eclipse.jgit.storage.file.WindowCacheConfig;

import org.eclipse.jgit.transport.ServiceMayNotContinueException;

import org.eclipse.jgit.transport.resolver.FileResolver;

import org.eclipse.jgit.transport.resolver.RepositoryResolver;

import org.eclipse.jgit.transport.resolver.ServiceNotAuthorizedException;

@@ -65,6 +72,7 @@
import org.slf4j.LoggerFactory;



import com.gitblit.Constants.AccessRestrictionType;

import com.gitblit.Constants.AuthorizationControl;

import com.gitblit.Constants.FederationRequest;

import com.gitblit.Constants.FederationStrategy;

import com.gitblit.Constants.FederationToken;

@@ -72,7 +80,9 @@
import com.gitblit.models.FederationProposal;

import com.gitblit.models.FederationSet;

import com.gitblit.models.Metric;

import com.gitblit.models.ProjectModel;

import com.gitblit.models.RepositoryModel;

import com.gitblit.models.SearchResult;

import com.gitblit.models.ServerSettings;

import com.gitblit.models.ServerStatus;

import com.gitblit.models.SettingModel;

@@ -80,6 +90,8 @@
import com.gitblit.models.UserModel;

import com.gitblit.utils.ArrayUtils;

import com.gitblit.utils.ByteFormat;

import com.gitblit.utils.ContainerUtils;

import com.gitblit.utils.DeepCopier;

import com.gitblit.utils.FederationUtils;

import com.gitblit.utils.JGitUtils;

import com.gitblit.utils.JsonUtils;

@@ -119,6 +131,12 @@
   private final ObjectCache<Long> repositorySizeCache = new ObjectCache<Long>();



   private final ObjectCache<List<Metric>> repositoryMetricsCache = new ObjectCache<List<Metric>>();

	
   private final Map<String, RepositoryModel> repositoryListCache = new ConcurrentHashMap<String, RepositoryModel>();

	
   private final Map<String, ProjectModel> projectCache = new ConcurrentHashMap<String, ProjectModel>();

	
   private final AtomicReference<String> repositoryListSettingsChecksum = new AtomicReference<String>("");



   private RepositoryResolver<Void> repositoryResolver;



@@ -136,7 +154,11 @@


   private MailExecutor mailExecutor;

   

   private LuceneExecutor luceneExecutor;

	
   private TimeZone timezone;

	
   private FileBasedConfig projectConfigs;



   public GitBlit() {

      if (gitblit == null) {

@@ -182,6 +204,16 @@
      }

      return self().timezone;

   }

	
   /**

    * Returns the user-defined blob encodings.

    * 
    * @return an array of encodings, may be empty

    */

   public static String [] getEncodings() {

      return getStrings(Keys.web.blobEncodings).toArray(new String[0]);

   }

	


   /**

    * Returns the boolean value for the specified key. If the key does not

@@ -248,6 +280,17 @@
    */

   public static List<String> getStrings(String key) {

      return self().settings.getStrings(key);

   }



   /**

    * Returns a map of space-separated key-value pairs from the specified key.

    * 
    * @see IStoredSettings.getStrings(String key)

    * @param name

    * @return map of string, string

    */

   public static Map<String, String> getMap(String key) {

      return self().settings.getMap(key);

   }



   /**

@@ -373,6 +416,38 @@
      this.userService = userService;

      this.userService.setup(settings);

   }

	
   /**

    * 
    * @return true if the user service supports credential changes

    */

   public boolean supportsCredentialChanges() {

      return userService.supportsCredentialChanges();

   }



   /**

    * 
    * @return true if the user service supports display name changes

    */

   public boolean supportsDisplayNameChanges() {

      return userService.supportsDisplayNameChanges();

   }



   /**

    * 
    * @return true if the user service supports email address changes

    */

   public boolean supportsEmailAddressChanges() {

      return userService.supportsEmailAddressChanges();

   }



   /**

    * 
    * @return true if the user service supports team membership changes

    */

   public boolean supportsTeamMembershipChanges() {

      return userService.supportsTeamMembershipChanges();

   }



   /**

    * Authenticate a user based on a username and password.

@@ -453,13 +528,31 @@
            userCookie = new Cookie(Constants.NAME, "");

         } else {

            // set cookie for login

            char[] cookie = userService.getCookie(user);

            userCookie = new Cookie(Constants.NAME, new String(cookie));

            userCookie.setMaxAge(Integer.MAX_VALUE);

            String cookie = userService.getCookie(user);

            if (StringUtils.isEmpty(cookie)) {

               // create empty cookie

               userCookie = new Cookie(Constants.NAME, "");

            } else {

               // create real cookie

               userCookie = new Cookie(Constants.NAME, cookie);

               userCookie.setMaxAge(Integer.MAX_VALUE);

            }

         }

         userCookie.setPath("/");

         response.addCookie(userCookie);

      }

   }

	
   /**

    * Logout a user.

    * 
    * @param user

    */

   public void logout(UserModel user) {

      if (userService == null) {

         return;

      }

      userService.logout(user);

   }



   /**

@@ -644,15 +737,80 @@
   public boolean deleteTeam(String teamname) {

      return userService.deleteTeam(teamname);

   }

	
   /**

    * Adds the repository to the list of cached repositories if Gitblit is

    * configured to cache the repository list.

    * 
    * @param name

    */

   private void addToCachedRepositoryList(String name, RepositoryModel model) {

      if (settings.getBoolean(Keys.git.cacheRepositoryList, true)) {

         repositoryListCache.put(name, model);

      }

   }

	
   /**

    * Removes the repository from the list of cached repositories.

    * 
    * @param name

    */

   private void removeFromCachedRepositoryList(String name) {

      if (StringUtils.isEmpty(name)) {

         return;

      }

      repositoryListCache.remove(name);

   }



   /**

    * Clears all the cached data for the specified repository.

    * Clears all the cached metadata for the specified repository.

    * 

    * @param repositoryName

    */

   public void clearRepositoryCache(String repositoryName) {

   private void clearRepositoryMetadataCache(String repositoryName) {

      repositorySizeCache.remove(repositoryName);

      repositoryMetricsCache.remove(repositoryName);

   }

	
   /**

    * Resets the repository list cache.

    * 
    */

   public void resetRepositoryListCache() {

      logger.info("Repository cache manually reset");

      repositoryListCache.clear();

   }

	
   /**

    * Calculate the checksum of settings that affect the repository list cache.

    * @return a checksum

    */

   private String getRepositoryListSettingsChecksum() {

      StringBuilder ns = new StringBuilder();

      ns.append(settings.getString(Keys.git.cacheRepositoryList, "")).append('\n');

      ns.append(settings.getString(Keys.git.onlyAccessBareRepositories, "")).append('\n');

      ns.append(settings.getString(Keys.git.searchRepositoriesSubfolders, "")).append('\n');

      ns.append(settings.getString(Keys.git.searchRecursionDepth, "")).append('\n');

      ns.append(settings.getString(Keys.git.searchExclusions, "")).append('\n');

      String checksum = StringUtils.getSHA1(ns.toString());

      return checksum;

   }

	
   /**

    * Compare the last repository list setting checksum to the current checksum.

    * If different then clear the cache so that it may be rebuilt.

    * 
    * @return true if the cached repository list is valid since the last check

    */

   private boolean isValidRepositoryList() {

      String newChecksum = getRepositoryListSettingsChecksum();

      boolean valid = newChecksum.equals(repositoryListSettingsChecksum.get());

      repositoryListSettingsChecksum.set(newChecksum);

      if (!valid && settings.getBoolean(Keys.git.cacheRepositoryList,  true)) {

         logger.info("Repository list settings have changed. Clearing repository list cache.");

         repositoryListCache.clear();

      }

      return valid;

   }



   /**

@@ -662,9 +820,48 @@
    * @return list of all repositories

    */

   public List<String> getRepositoryList() {

      return JGitUtils.getRepositoryList(repositoriesFolder, 
            settings.getBoolean(Keys.git.onlyAccessBareRepositories, false),

            settings.getBoolean(Keys.git.searchRepositoriesSubfolders, true));

      if (repositoryListCache.size() == 0 || !isValidRepositoryList()) {

         // we are not caching OR we have not yet cached OR the cached list is invalid

         long startTime = System.currentTimeMillis();

         List<String> repositories = JGitUtils.getRepositoryList(repositoriesFolder, 
               settings.getBoolean(Keys.git.onlyAccessBareRepositories, false),

               settings.getBoolean(Keys.git.searchRepositoriesSubfolders, true),

               settings.getInteger(Keys.git.searchRecursionDepth, -1),

               settings.getStrings(Keys.git.searchExclusions));



         if (!settings.getBoolean(Keys.git.cacheRepositoryList,  true)) {

            // we are not caching

            StringUtils.sortRepositorynames(repositories);

            return repositories;

         } else {

            // we are caching this list

            String msg = "{0} repositories identified in {1} msecs";



            // optionally (re)calculate repository sizes

            if (getBoolean(Keys.web.showRepositorySizes, true)) {

               msg = "{0} repositories identified with calculated folder sizes in {1} msecs";

               for (String repository : repositories) {

                  RepositoryModel model = getRepositoryModel(repository);

                  if (!model.skipSizeCalculation) {

                     calculateSize(model);

                  }

               }

            } else {

               // update cache

               for (String repository : repositories) {

                  getRepositoryModel(repository);

               }

            }

				
            long duration = System.currentTimeMillis() - startTime;

            logger.info(MessageFormat.format(msg, repositoryListCache.size(), duration));

         }

      }

		
      // return sorted copy of cached list

      List<String> list = new ArrayList<String>(repositoryListCache.keySet());		
      StringUtils.sortRepositorynames(list);

      return list;

   }



   /**

@@ -706,6 +903,12 @@
            logger.error("GitBlit.getRepository(String) failed to find "

                  + new File(repositoriesFolder, repositoryName).getAbsolutePath(), e);

         }

      } catch (ServiceMayNotContinueException e) {

         r = null;

         if (logError) {

            logger.error("GitBlit.getRepository(String) failed to find "

                  + new File(repositoriesFolder, repositoryName).getAbsolutePath(), e);

         }

      }

      return r;

   }

@@ -717,6 +920,7 @@
    * @return list of repository models accessible to user

    */

   public List<RepositoryModel> getRepositoryModels(UserModel user) {

      long methodStart = System.currentTimeMillis();

      List<String> list = getRepositoryList();

      List<RepositoryModel> repositories = new ArrayList<RepositoryModel>();

      for (String repo : list) {

@@ -736,9 +940,15 @@
            }

         }

         long duration = System.currentTimeMillis() - startTime;

         logger.info(MessageFormat.format("{0} repository sizes calculated in {1} msecs",

         if (duration > 250) {

            // only log calcualtion time if > 250 msecs

            logger.info(MessageFormat.format("{0} repository sizes calculated in {1} msecs",

               repoCount, duration));

         }

      }

      long duration = System.currentTimeMillis() - methodStart;

      logger.info(MessageFormat.format("{0} repository models loaded for {1} in {2} msecs",

            repositories.size(), user == null ? "anonymous" : user.username, duration));

      return repositories;

   }



@@ -773,6 +983,203 @@
    * @return repository model or null

    */

   public RepositoryModel getRepositoryModel(String repositoryName) {

      if (!repositoryListCache.containsKey(repositoryName)) {

         RepositoryModel model = loadRepositoryModel(repositoryName);

         if (model == null) {

            return null;

         }

         addToCachedRepositoryList(repositoryName, model);			
         return model;

      }

		
      // cached model

      RepositoryModel model = repositoryListCache.get(repositoryName);

		
      // check for updates

      Repository r = getRepository(repositoryName);

      if (r == null) {

         // repository is missing

         removeFromCachedRepositoryList(repositoryName);

         logger.error(MessageFormat.format("Repository \"{0}\" is missing! Removing from cache.", repositoryName));

         return null;

      }

		
      FileBasedConfig config = (FileBasedConfig) getRepositoryConfig(r);

      if (config.isOutdated()) {

         // reload model

         logger.info(MessageFormat.format("Config for \"{0}\" has changed. Reloading model and updating cache.", repositoryName));

         model = loadRepositoryModel(repositoryName);

         removeFromCachedRepositoryList(repositoryName);

         addToCachedRepositoryList(repositoryName, model);

      } else {

         // update a few repository parameters 
         if (!model.hasCommits) {

            // update hasCommits, assume a repository only gains commits :)

            model.hasCommits = JGitUtils.hasCommits(r);

         }



         model.lastChange = JGitUtils.getLastChange(r);

      }

      r.close();

		
      // return a copy of the cached model

      return DeepCopier.copy(model);

   }

	
	
   /**

    * Returns the map of project config.  This map is cached and reloaded if

    * the underlying projects.conf file changes.

    * 
    * @return project config map

    */

   private Map<String, ProjectModel> getProjectConfigs() {

      if (projectConfigs.isOutdated()) {

			
         try {

            projectConfigs.load();

         } catch (Exception e) {

         }



         // project configs

         String rootName = GitBlit.getString(Keys.web.repositoryRootGroupName, "main");

         ProjectModel rootProject = new ProjectModel(rootName, true);



         Map<String, ProjectModel> configs = new HashMap<String, ProjectModel>();

         // cache the root project under its alias and an empty path

         configs.put("", rootProject);

         configs.put(rootProject.name.toLowerCase(), rootProject);



         for (String name : projectConfigs.getSubsections("project")) {

            ProjectModel project;

            if (name.equalsIgnoreCase(rootName)) {

               project = rootProject;

            } else {

               project = new ProjectModel(name);

            }

            project.title = projectConfigs.getString("project", name, "title");

            project.description = projectConfigs.getString("project", name, "description");

            // TODO add more interesting metadata

            // project manager?

            // commit message regex?

            // RW+

            // RW

            // R

            configs.put(name.toLowerCase(), project);				
         }

         projectCache.clear();

         projectCache.putAll(configs);

      }

      return projectCache;

   }

	
   /**

    * Returns a list of project models for the user.

    * 
    * @param user

    * @return list of projects that are accessible to the user

    */

   public List<ProjectModel> getProjectModels(UserModel user) {

      Map<String, ProjectModel> configs = getProjectConfigs();



      // per-user project lists, this accounts for security and visibility

      Map<String, ProjectModel> map = new TreeMap<String, ProjectModel>();

      // root project

      map.put("", configs.get(""));

		
      for (RepositoryModel model : getRepositoryModels(user)) {

         String rootPath = StringUtils.getRootPath(model.name).toLowerCase();			
         if (!map.containsKey(rootPath)) {

            ProjectModel project;

            if (configs.containsKey(rootPath)) {

               // clone the project model because it's repository list will

               // be tailored for the requesting user

               project = DeepCopier.copy(configs.get(rootPath));

            } else {

               project = new ProjectModel(rootPath);

            }

            map.put(rootPath, project);

         }

         map.get(rootPath).addRepository(model);

      }

		
      // sort projects, root project first

      List<ProjectModel> projects = new ArrayList<ProjectModel>(map.values());

      Collections.sort(projects);

      projects.remove(map.get(""));

      projects.add(0, map.get(""));

      return projects;

   }

	
   /**

    * Returns the project model for the specified user.

    * 
    * @param name

    * @param user

    * @return a project model, or null if it does not exist

    */

   public ProjectModel getProjectModel(String name, UserModel user) {

      for (ProjectModel project : getProjectModels(user)) {

         if (project.name.equalsIgnoreCase(name)) {

            return project;

         }

      }

      return null;

   }

	
   /**

    * Returns a project model for the Gitblit/system user.

    * 
    * @param name a project name

    * @return a project model or null if the project does not exist

    */

   public ProjectModel getProjectModel(String name) {

      Map<String, ProjectModel> configs = getProjectConfigs();

      ProjectModel project = configs.get(name.toLowerCase());

      if (project == null) {

         return null;

      }

      // clone the object

      project = DeepCopier.copy(project);

      String folder = name.toLowerCase() + "/";

      for (String repository : getRepositoryList()) {

         if (repository.toLowerCase().startsWith(folder)) {

            project.addRepository(repository);

         }

      }

      return project;

   }

	
   /**

    * Workaround JGit.  I need to access the raw config object directly in order

    * to see if the config is dirty so that I can reload a repository model.

    * If I use the stock JGit method to get the config it already reloads the

    * config.  If the config changes are made within Gitblit this is fine as

    * the returned config will still be flagged as dirty.  BUT... if the config

    * is manipulated outside Gitblit then it fails to recognize this as dirty.

    *  
    * @param r

    * @return a config

    */

   private StoredConfig getRepositoryConfig(Repository r) {

      try {

         Field f = r.getClass().getDeclaredField("repoConfig");

         f.setAccessible(true);

         StoredConfig config = (StoredConfig) f.get(r);

         return config;

      } catch (Exception e) {

         logger.error("Failed to retrieve \"repoConfig\" via reflection", e);

      }

      return r.getConfig();

   }

	
   /**

    * Create a repository model from the configuration and repository data.

    * 
    * @param repositoryName

    * @return a repositoryModel or null if the repository does not exist

    */

   private RepositoryModel loadRepositoryModel(String repositoryName) {

      Repository r = getRepository(repositoryName);

      if (r == null) {

         return null;

@@ -780,16 +1187,19 @@
      RepositoryModel model = new RepositoryModel();

      model.name = repositoryName;

      model.hasCommits = JGitUtils.hasCommits(r);

      model.lastChange = JGitUtils.getLastChange(r, null);

      model.lastChange = JGitUtils.getLastChange(r);

      model.isBare = r.isBare();

      StoredConfig config = JGitUtils.readConfig(r);

		
      StoredConfig config = r.getConfig();

      if (config != null) {

         model.description = getConfig(config, "description", "");

         model.owner = getConfig(config, "owner", "");

         model.useTickets = getConfig(config, "useTickets", false);

         model.useDocs = getConfig(config, "useDocs", false);

         model.accessRestriction = AccessRestrictionType.fromName(getConfig(config,

               "accessRestriction", null));

               "accessRestriction", settings.getString(Keys.git.defaultAccessRestriction, null)));

         model.authorizationControl = AuthorizationControl.fromName(getConfig(config,

               "authorizationControl", settings.getString(Keys.git.defaultAuthorizationControl, null)));

         model.showRemoteBranches = getConfig(config, "showRemoteBranches", false);

         model.isFrozen = getConfig(config, "isFrozen", false);

         model.showReadme = getConfig(config, "showReadme", false);

@@ -798,20 +1208,48 @@
         model.federationStrategy = FederationStrategy.fromName(getConfig(config,

               "federationStrategy", null));

         model.federationSets = new ArrayList<String>(Arrays.asList(config.getStringList(

               "gitblit", null, "federationSets")));

               Constants.CONFIG_GITBLIT, null, "federationSets")));

         model.isFederated = getConfig(config, "isFederated", false);

         model.origin = config.getString("remote", "origin", "url");

         model.preReceiveScripts = new ArrayList<String>(Arrays.asList(config.getStringList(

               "gitblit", null, "preReceiveScript")));

               Constants.CONFIG_GITBLIT, null, "preReceiveScript")));

         model.postReceiveScripts = new ArrayList<String>(Arrays.asList(config.getStringList(

               "gitblit", null, "postReceiveScript")));

               Constants.CONFIG_GITBLIT, null, "postReceiveScript")));

         model.mailingLists = new ArrayList<String>(Arrays.asList(config.getStringList(

               "gitblit", null, "mailingList")));

               Constants.CONFIG_GITBLIT, null, "mailingList")));

         model.indexedBranches = new ArrayList<String>(Arrays.asList(config.getStringList(

               Constants.CONFIG_GITBLIT, null, "indexBranch")));

			
         // Custom defined properties

         model.customFields = new LinkedHashMap<String, String>();

         for (String aProperty : config.getNames(Constants.CONFIG_GITBLIT, Constants.CONFIG_CUSTOM_FIELDS)) {

            model.customFields.put(aProperty, config.getString(Constants.CONFIG_GITBLIT, Constants.CONFIG_CUSTOM_FIELDS, aProperty));

         }

      }

      model.HEAD = JGitUtils.getHEADRef(r);

      model.availableRefs = JGitUtils.getAvailableHeadTargets(r);

      r.close();

      return model;

   }

	
   /**

    * Determines if this server has the requested repository.

    * 
    * @param name

    * @return true if the repository exists

    */

   public boolean hasRepository(String repositoryName) {

      if (settings.getBoolean(Keys.git.cacheRepositoryList, true)) {

         // if we are caching use the cache to determine availability

         // otherwise we end up adding a phantom repository to the cache

         return repositoryListCache.containsKey(repositoryName);

      }		
      Repository r = getRepository(repositoryName, false);

      if (r == null) {

         return false;

      }

      r.close();

      return true;

   }



   /**

@@ -866,6 +1304,9 @@
            repository.close();

         }

      }

		
      // close any open index writer/searcher in the Lucene executor

      luceneExecutor.close(repositoryName);

   }



   /**

@@ -882,7 +1323,7 @@
      if (repositoryMetricsCache.hasCurrent(model.name, model.lastChange)) {

         return new ArrayList<Metric>(repositoryMetricsCache.getObject(model.name));

      }

      List<Metric> metrics = MetricUtils.getDateMetrics(repository, null, true, null);

      List<Metric> metrics = MetricUtils.getDateMetrics(repository, null, true, null, getTimezone());

      repositoryMetricsCache.updateObject(model.name, model.lastChange, metrics);

      return new ArrayList<Metric>(metrics);

   }

@@ -897,7 +1338,7 @@
    * @return field value or defaultValue

    */

   private String getConfig(StoredConfig config, String field, String defaultValue) {

      String value = config.getString("gitblit", null, field);

      String value = config.getString(Constants.CONFIG_GITBLIT, null, field);

      if (StringUtils.isEmpty(value)) {

         return defaultValue;

      }

@@ -905,7 +1346,7 @@
   }



   /**

    * Returns the gitblit boolean vlaue for the specified key. If key is not

    * Returns the gitblit boolean value for the specified key. If key is not

    * set, returns defaultValue.

    * 

    * @param config

@@ -914,7 +1355,7 @@
    * @return field value or defaultValue

    */

   private boolean getConfig(StoredConfig config, String field, boolean defaultValue) {

      return config.getBoolean("gitblit", field, defaultValue);

      return config.getBoolean(Constants.CONFIG_GITBLIT, field, defaultValue);

   }



   /**

@@ -986,7 +1427,7 @@
            }



            // clear the cache

            clearRepositoryCache(repositoryName);

            clearRepositoryMetadataCache(repositoryName);

         }



         // load repository

@@ -999,6 +1440,8 @@
            logger.error("Service not authorized", e);

         } catch (ServiceNotEnabledException e) {

            logger.error("Service not enabled", e);

         } catch (ServiceMayNotContinueException e) {

            logger.error("Service may not continue", e);

         }

      }



@@ -1012,15 +1455,20 @@
                  repository.name, currentRef, repository.HEAD));

            if (JGitUtils.setHEADtoRef(r, repository.HEAD)) {

               // clear the cache

               clearRepositoryCache(repository.name);

               clearRepositoryMetadataCache(repository.name);

            }

         }



         // close the repository object

         r.close();

      }

		
      // update repository cache

      removeFromCachedRepositoryList(repositoryName);

      // model will actually be replaced on next load because config is stale

      addToCachedRepositoryList(repository.name, repository);

   }



	
   /**

    * Updates the Gitblit configuration for the specified repository.

    * 

@@ -1030,35 +1478,60 @@
    *            the Gitblit repository model

    */

   public void updateConfiguration(Repository r, RepositoryModel repository) {

      StoredConfig config = JGitUtils.readConfig(r);

      config.setString("gitblit", null, "description", repository.description);

      config.setString("gitblit", null, "owner", repository.owner);

      config.setBoolean("gitblit", null, "useTickets", repository.useTickets);

      config.setBoolean("gitblit", null, "useDocs", repository.useDocs);

      config.setString("gitblit", null, "accessRestriction", repository.accessRestriction.name());

      config.setBoolean("gitblit", null, "showRemoteBranches", repository.showRemoteBranches);

      config.setBoolean("gitblit", null, "isFrozen", repository.isFrozen);

      config.setBoolean("gitblit", null, "showReadme", repository.showReadme);

      config.setBoolean("gitblit", null, "skipSizeCalculation", repository.skipSizeCalculation);

      config.setBoolean("gitblit", null, "skipSummaryMetrics", repository.skipSummaryMetrics);

      config.setStringList("gitblit", null, "federationSets", repository.federationSets);

      config.setString("gitblit", null, "federationStrategy",

      StoredConfig config = r.getConfig();

      config.setString(Constants.CONFIG_GITBLIT, null, "description", repository.description);

      config.setString(Constants.CONFIG_GITBLIT, null, "owner", repository.owner);

      config.setBoolean(Constants.CONFIG_GITBLIT, null, "useTickets", repository.useTickets);

      config.setBoolean(Constants.CONFIG_GITBLIT, null, "useDocs", repository.useDocs);

      config.setString(Constants.CONFIG_GITBLIT, null, "accessRestriction", repository.accessRestriction.name());

      config.setString(Constants.CONFIG_GITBLIT, null, "authorizationControl", repository.authorizationControl.name());

      config.setBoolean(Constants.CONFIG_GITBLIT, null, "showRemoteBranches", repository.showRemoteBranches);

      config.setBoolean(Constants.CONFIG_GITBLIT, null, "isFrozen", repository.isFrozen);

      config.setBoolean(Constants.CONFIG_GITBLIT, null, "showReadme", repository.showReadme);

      config.setBoolean(Constants.CONFIG_GITBLIT, null, "skipSizeCalculation", repository.skipSizeCalculation);

      config.setBoolean(Constants.CONFIG_GITBLIT, null, "skipSummaryMetrics", repository.skipSummaryMetrics);

      config.setString(Constants.CONFIG_GITBLIT, null, "federationStrategy",

            repository.federationStrategy.name());

      config.setBoolean("gitblit", null, "isFederated", repository.isFederated);

      if (!ArrayUtils.isEmpty(repository.preReceiveScripts)) {

         config.setStringList("gitblit", null, "preReceiveScript", repository.preReceiveScripts);

      config.setBoolean(Constants.CONFIG_GITBLIT, null, "isFederated", repository.isFederated);



      updateList(config, "federationSets", repository.federationSets);

      updateList(config, "preReceiveScript", repository.preReceiveScripts);

      updateList(config, "postReceiveScript", repository.postReceiveScripts);

      updateList(config, "mailingList", repository.mailingLists);

      updateList(config, "indexBranch", repository.indexedBranches);

		
      // User Defined Properties

      if (repository.customFields != null) {

         if (repository.customFields.size() == 0) {

            // clear section

            config.unsetSection(Constants.CONFIG_GITBLIT, Constants.CONFIG_CUSTOM_FIELDS);

         } else {

            for (Entry<String, String> property : repository.customFields.entrySet()) {

               // set field

               String key = property.getKey();

               String value = property.getValue();

               config.setString(Constants.CONFIG_GITBLIT, Constants.CONFIG_CUSTOM_FIELDS, key, value);

            }

         }

      }

      if (!ArrayUtils.isEmpty(repository.postReceiveScripts)) {

         config.setStringList("gitblit", null, "postReceiveScript",

               repository.postReceiveScripts);

      }

      if (!ArrayUtils.isEmpty(repository.mailingLists)) {

         config.setStringList("gitblit", null, "mailingList", repository.mailingLists);

      }



      try {

         config.save();

      } catch (IOException e) {

         logger.error("Failed to save repository config!", e);

      }

   }

	
   private void updateList(StoredConfig config, String field, List<String> list) {

      // a null list is skipped, not cleared

      // this is for RPC administration where an older manager might be used

      if (list == null) {

         return;

      }

      if (ArrayUtils.isEmpty(list)) {

         config.unset(Constants.CONFIG_GITBLIT, null, field);

      } else {

         config.setStringList(Constants.CONFIG_GITBLIT, null, field, list);

      }

   }



@@ -1083,16 +1556,18 @@
   public boolean deleteRepository(String repositoryName) {

      try {

         closeRepository(repositoryName);

         // clear the repository cache

         clearRepositoryMetadataCache(repositoryName);

         removeFromCachedRepositoryList(repositoryName);



         File folder = new File(repositoriesFolder, repositoryName);

         if (folder.exists() && folder.isDirectory()) {

            FileUtils.delete(folder, FileUtils.RECURSIVE | FileUtils.RETRY);

            if (userService.deleteRepositoryRole(repositoryName)) {

               logger.info(MessageFormat.format("Repository \"{0}\" deleted", repositoryName));

               return true;

            }

         }



         // clear the repository cache

         clearRepositoryCache(repositoryName);

      } catch (Throwable t) {

         logger.error(MessageFormat.format("Failed to delete repository {0}", repositoryName), t);

      }

@@ -1643,6 +2118,20 @@
      }

      return scripts;

   }

	
   /**

    * Search the specified repositories using the Lucene query.

    * 
    * @param query

    * @param page

    * @param pageSize

    * @param repositories

    * @return

    */

   public List<SearchResult> search(String query, int page, int pageSize, List<String> repositories) {		
      List<SearchResult> srs = luceneExecutor.search(query, page, pageSize, repositories);

      return srs;

   }



   /**

    * Notify the administrators by email.

@@ -1703,9 +2192,13 @@
      // ensure that the current values are updated in the setting models

      for (String key : settings.getAllKeys(null)) {

         SettingModel setting = settingsModel.get(key);

         if (setting != null) {

            setting.currentValue = settings.getString(key, "");

         if (setting == null) {

            // unreferenced setting, create a setting model

            setting = new SettingModel();

            setting.name = key;

            settingsModel.add(setting);

         }

         setting.currentValue = settings.getString(key, "");			
      }

      settingsModel.pushScripts = getAllScripts();

      return settingsModel;

@@ -1720,6 +2213,10 @@
    */

   private ServerSettings loadSettingModels() {

      ServerSettings settingsModel = new ServerSettings();

      settingsModel.supportsCredentialChanges = userService.supportsCredentialChanges();

      settingsModel.supportsDisplayNameChanges = userService.supportsDisplayNameChanges();

      settingsModel.supportsEmailAddressChanges = userService.supportsEmailAddressChanges();

      settingsModel.supportsTeamMembershipChanges = userService.supportsTeamMembershipChanges();

      try {

         // Read bundled Gitblit properties to extract setting descriptions.

         // This copy is pristine and only used for populating the setting

@@ -1789,6 +2286,15 @@
      repositoriesFolder = getRepositoriesFolder();

      logger.info("Git repositories folder " + repositoriesFolder.getAbsolutePath());

      repositoryResolver = new FileResolver<Void>(repositoriesFolder, true);



      // calculate repository list settings checksum for future config changes

      repositoryListSettingsChecksum.set(getRepositoryListSettingsChecksum());



      // build initial repository list

      if (settings.getBoolean(Keys.git.cacheRepositoryList,  true)) {

         logger.info("Identifying available repositories...");

         getRepositoryList();

      }

      

      logTimezone("JVM", TimeZone.getDefault());

      logTimezone(Constants.NAME, getTimezone());

@@ -1804,15 +2310,48 @@
         loginService = new GitblitUserService();

      }

      setUserService(loginService);

		
      // load and cache the project metadata

      projectConfigs = new FileBasedConfig(getFileOrFolder(Keys.web.projectsFile, "projects.conf"), FS.detect());

      getProjectConfigs();

		
      mailExecutor = new MailExecutor(settings);

      if (mailExecutor.isReady()) {

         logger.info("Mail executor is scheduled to process the message queue every 2 minutes.");

         scheduledExecutor.scheduleAtFixedRate(mailExecutor, 1, 2, TimeUnit.MINUTES);

      } else {

         logger.warn("Mail server is not properly configured.  Mail services disabled.");

      }

      luceneExecutor = new LuceneExecutor(settings, repositoriesFolder);

      logger.info("Lucene executor is scheduled to process indexed branches every 2 minutes.");

      scheduledExecutor.scheduleAtFixedRate(luceneExecutor, 1, 2, TimeUnit.MINUTES);

      if (startFederation) {

         configureFederation();

      }		
      }

		
      // Configure JGit

      WindowCacheConfig cfg = new WindowCacheConfig();

		
      cfg.setPackedGitWindowSize(settings.getFilesize(Keys.git.packedGitWindowSize, cfg.getPackedGitWindowSize()));

      cfg.setPackedGitLimit(settings.getFilesize(Keys.git.packedGitLimit, cfg.getPackedGitLimit()));

      cfg.setDeltaBaseCacheLimit(settings.getFilesize(Keys.git.deltaBaseCacheLimit, cfg.getDeltaBaseCacheLimit()));

      cfg.setPackedGitOpenFiles(settings.getFilesize(Keys.git.packedGitOpenFiles, cfg.getPackedGitOpenFiles()));

      cfg.setStreamFileThreshold(settings.getFilesize(Keys.git.streamFileThreshold, cfg.getStreamFileThreshold()));

      cfg.setPackedGitMMAP(settings.getBoolean(Keys.git.packedGitMmap, cfg.isPackedGitMMAP()));

		
      try {

         WindowCache.reconfigure(cfg);

         logger.debug(MessageFormat.format("{0} = {1,number,0}", Keys.git.packedGitWindowSize, cfg.getPackedGitWindowSize()));

         logger.debug(MessageFormat.format("{0} = {1,number,0}", Keys.git.packedGitLimit, cfg.getPackedGitLimit()));

         logger.debug(MessageFormat.format("{0} = {1,number,0}", Keys.git.deltaBaseCacheLimit, cfg.getDeltaBaseCacheLimit()));

         logger.debug(MessageFormat.format("{0} = {1,number,0}", Keys.git.packedGitOpenFiles, cfg.getPackedGitOpenFiles()));

         logger.debug(MessageFormat.format("{0} = {1,number,0}", Keys.git.streamFileThreshold, cfg.getStreamFileThreshold()));

         logger.debug(MessageFormat.format("{0} = {1}", Keys.git.packedGitMmap, cfg.isPackedGitMMAP()));

      } catch (IllegalArgumentException e) {

         logger.error("Failed to configure JGit parameters!", e);

      }



      ContainerUtils.CVE_2007_0450.test();

   }

   

   private void logTimezone(String type, TimeZone zone) {

@@ -1831,7 +2370,6 @@
   @Override

   public void contextInitialized(ServletContextEvent contextEvent) {

      servletContext = contextEvent.getServletContext();

      settingsModel = loadSettingModels();

      if (settings == null) {

         // Gitblit WAR is running in a servlet container

         ServletContext context = contextEvent.getServletContext();

@@ -1870,7 +2408,8 @@
            }

         }

      }



		
      settingsModel = loadSettingModels();

      serverStatus.servletContainer = servletContext.getServerInfo();

   }



@@ -1882,5 +2421,6 @@
   public void contextDestroyed(ServletContextEvent contextEvent) {

      logger.info("Gitblit context destroyed by servlet container.");

      scheduledExecutor.shutdownNow();

      luceneExecutor.close();

   }

}